（あらすじ ウィキペディア参考）
1558年、ヘンリー8世とその最初の妻キャサリン・オブ・アラゴンの娘である42歳のカトリック教徒 メアリー1世（イングランド王）が、おそらく子宮内の癌性腫瘍により死亡した。メアリーの推定相続人で25歳の異母妹、ヘンリーと2番目の妻アン・ブーリンの娘エリザベス・チューダーは、トーマス・ワイアット小の反乱への関与の疑いで自宅軟禁されていたが、投獄から解放されるそしてイングランド女王に 戴冠します。
顧問のウィリアム・セシル卿の説明によれば、エリザベスは借金、崩れかけたインフラ、敵対的な隣国、政権内の反逆的貴族たち、その筆頭である第4代ノーフォーク公トーマス・ハワードらに囲まれた苦境のイングランドを受け継いでいる。セシルはエリザベスに、結婚して跡継ぎを生み出し、統治を確保するようアドバイスする。求婚者たちに感銘を受けなかったエリザベスは決断を遅らせ、幼なじみのロバート・ダドリー卿との関係を続けます。セシルは、フランスから帰国した亡命プロテスタントのフランシス・ウォルシンガムをエリザベスのボディーガード兼顧問に任命する。
メアリー・オブ・ギーズはさらに4,000人のフランス軍を隣国スコットランドに上陸させた。軍事戦略に慣れておらず、軍議でノーフォークに威圧されたエリザベスは軍事的対応を命令するが、プロのフランス軍人が経験も訓練も不十分なイギリス軍を破り、悲惨な結果となった。ウォルシンガムはエリザベスに、カトリックの領主と司祭たちが意図的にエリザベスの軍隊から適切な兵士を奪い、彼らの敗北を利用してエリザベスの排除を主張したと語った。自分に対する陰謀の深さと、選択肢が減っていくことを悟ったエリザベスは、甥のアンジュー公アンリとの結婚を検討するというギーズのメアリーの条件を受け入れる。
エリザベスは統治を安定させ、イングランドの宗教分裂を癒すために、英国のキリスト教徒を英国国教会のもとに団結させ、バチカンとの関係を断つ統一法を提案する。この法の可決を受けて、バチカンはノーフォークとその一派によるエリザベス打倒の拡大する陰謀を支援するため司祭をイギリスに派遣する。その陰謀に気づかず、エリザベスはフランス王アンリに会うが、ロバート卿を支持して彼の誘いを無視する。ウィリアム・セシルは、結婚についての優柔不断なエリザベスを問い詰め、ロバート卿が既婚者であることを明かす。ヘンリーが女装家であることを知ったエリザベスは、ヘンリーのプロポーズを拒否し、ロバート卿に彼の秘密について問い詰め、二人の関係を破棄し、私室から彼を追放する。
エリザベスは暗殺未遂で生き残ったが、その証拠にメアリー・オブ・ギーズが関与していることが判明した。エリザベスは再びヘンリーとの結婚を計画していると見せかけて、ウォルシンガムをスコットランドで密かにメアリーと会うよう派遣する。代わりにウォルシンガムはギーズを暗殺し、エリザベスに対するフランスの敵意を煽る。ウィリアム・セシルがスペイン人との関係を強化するよう頼むと、エリザベスはセシルを任務から外し、代わりに自分の助言に従うことを選択する。
ウォルシンガムは、陰謀の手紙を持ったカトリック司祭が主導するエリザベス殺害の別の計画があると警告した。エリザベスの命令で司祭を逮捕すると、司祭は共謀者の名前と、スコットランド女王メアリーと結婚すればノーフォークをイングランド王冠に昇格させるというバチカンの合意を暴露する。ウォルシンガムはノーフォークを逮捕し、彼とロバート卿を除く共謀者全員を処刑する。エリザベスは、自分がいかに危険に近づいたかを自分に思い出させるために、ロバート卿に命を与える。
神からインスピレーションを得て、エリザベスは髪を切り、聖母マリアに倣って外見をモデル化します。彼女はイギリスとの結婚を宣言し、「処女女王」として王位に就く。