日本の海上自衛隊の潜水艦が米軍の潜水艦と衝突し、沈没する事故が起きる。
実は日米共同で開発した原潜シーバットに極秘に乗組員を搭乗させる作戦であった。
潜水艦艦長の深町は事故に疑問に思い、独自の調査で海江田司郎艦長たち乗組員が生存していることを確認する。
一方、シーバットに乗り込んだ海江田は米軍に反旗を翻し、原潜シーバットを独立国家やまととしてを独立を宣言する。
日本政府はやまと奪還を深町に指示し、米軍はやまとの駆逐に行動する・・・
長い話の全くのプロローグ。
当然、一作で終わるとは思っていない。
キャスティングが非常に良かった。
気弱な総理大臣笹野高史、若くバイタリティーに溢れる官房長官、江口洋介、強気な女性防衛大臣、夏川結衣。（防衛大臣時代の小池百合子のイメージ？）、潜水艦の副艦長の水川あさみ、ソナー担当のユースケ・サンタマリアなど。
特に笹野高史とユースケ・サンタマリアの演技は秀逸。事故で亡くなる乗組員中村倫也とかはちょっともったいなかったかな。夏川結衣、役柄のせいか、不細工に映っていた。（あんなに顔ぱんぱんやったっけ？）こいつ誰みたいな。誰よみたいなのは水川あさみも、波瑠にしては歳いってるよなみたいな感じでわからなかった。
潜水艦の映画ってヒットする。
古くは「眼下の敵」、「Uボート」、「レッドオクトーバーを追え」、最近では「ハンターキラー」とか。「沈黙の艦隊」は発表からヒットするのは間違いなかった。
続編に期待。