今回アップした第二部は、30ページあたりからとなっていますので、リンク先にあるＰＤＦをスクロールの上、ぜひご覧ください！
ここでは、第二部で出てくる用語について補足していきます。
時間がある時に、随時追加もしていきます！
※ちなみに、この翻訳したPDF内では、私自身の言葉を書き加えたり、勝手に余計な何かを挿入したりしていません。原文通りに忠実に翻訳しています。原文内には、各種カッコの類のものが沢山ありますので、翻訳者が勝手にカッコを入れて追加しまくると、著者自身のカッコなのか翻訳者のカッコなのか分からず非常にカオスってくる恐れがありますので、日本人向けに補足した方がいいかもしれない部分は、すべてこのページ（or別ページ）にまとめていきます。
【第二部】 用語解説
第二部は、こちらのサイトにアップしてあります。
英語の原文は、こちらです。
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【ファン・ウーらによる「デウス・エクス・マキナ」】 30ページ
「デウス・エクス・マキナ」は、ウィキペディアにも載っている通り、わりと知られた概念とも言えそうなので、そのまま掲載してみました。とはいえ多角的な捉え方があるので、日本人にとってはちょっと分かりにくいかもしれないですね。特に、こちらの辞書の演劇用語を参照していただくと分かりやすいかもしれません。
これが、第二部の１つ目のサブタイトルになっているわけですが、もし私が日本語に変換するなら、「ファン・ウーらによる、お約束の出来レース」あるいは、「ファン・ウーらによる、マッチポンプ劇場」あたりかなと思います。ご参考ください
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【 アセンブリ 】 30ページ
アセンブリとは、「組み立て」や「構築」という意味があり、コンピューターのソフトウェアを使って部品となるデータを組み立てる作業を意味します。具体的には、配列を解析する際に、リード（＝短いDNAの断片の推定配列）をつないで、コンティグ（元々の長い塩基配列に復元したもの）求める作業のことを指します。
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【 急性熱性呼吸器疾患 】 31ページ
急性の発熱を伴う呼吸器疾患です。この疾患名は、ネット検索等ではほぼ出てきませんが、ウイルス学系の学術文献などにたまに出てきます。
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【 気管支肺胞洗浄液（BALF）】 32ページ
気管支内に生理食塩水を注人し、肺胞や末梢気道を洗浄した上で、それを回収した液のことです。回収後に、この液に含まれる細胞成分や液性成分を解析していくというわけです。
<参考資料>
https://www.jstage.jst.go.jp/article/jjsre/27/5/27_KJ00003705884/_pdf/-char/ja
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【 スピンカラムを用いた遠心分離 】 32ページ
ここでは、 キアゲン（Qiagen）社製の「RNeasy Plus Universal ミニキット」を使ったとのこと。このキットのプロトコルの日本語版は、こちらからダウンロードできます。
上記のプロコトルは素人には分かりにくいので、東京薬科大学 PCR 検査センターの、スピンカラムを用いた「新型コロナウイルス検出プロトコール」のリンクも、参考までに添付しておきます。
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【 リボソーム 】 32ページ
生物の細胞内に存在している構造物のこと。リボソームは、メッセンジャーRNA（mRNA）を鋳型として、タンパク質を合成する働きがあり、一個の細胞には、平均で数百万個のリボソームが存在すると言われています。細胞内にあるリボソームは、タンパク質とRNA分子からできている複合体で、生体内で最も大量に存在するRNAが、リボソームであると言われています。
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【 リボソームRNA（rRNA）】 32ページ
リボソームを構成しているRNAのことです。リボソームの重量のうち、60％がRNAで占められていると言われています。このリボソームRNA（rRNA）の配列情報が、分離されたと主張されるウイルスの同定、検出、解析などに活用（悪用）されるというわけです。
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【 リボソームRNAの除去
ヒトなどの真核生物では、全RNA（トータルRNA）のうち、80%以上が「リボソームRNA」であると言われています。そのため、サンプル中にウイルスがあるというのならば、そのウイルスの配列決定（解析）をする前の段階で、サンプル中に含まれている人体の構成物としてのリボソームRNAや、細菌のリボソームRNAを「除去」しておかないといけないわけです。そうでないと、ヒトや細菌の配列を検出しているだけなのに、ウイルスだと言って喜んでいる状態になってしまいます。そして、この論文では、まさにそのような状態に陥っていることが指摘されています（＝既知のヒトRNA配列との一致度が高い／32ページ）。
具体的なプロセスとしては、「トータルRNAから、リボソームRNA除去するキット」などの製品が各社から販売されています。リボソームRNAの除去は、枯渇のプロセスとも呼ばれることがあります。
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【 de novoアルゴリズムベースのアセンブリ 】 32ページ
“de novo”はラテン語で「新たに」という意味。これは、参照配列が存在せず、未知のゲノム配列を決定する方法となります。未知のゲノムの解読を行うde novoに対して、既知のゲノ ム配列にリードを重ね合わせて配列決定するやり方は、マッピング（orアラインメント)と呼ばれます。
<参考資料>「次世代シーケンサー」
https://www.jstage.jst.go.jp/article/livestocktechnology/2016/735-Aug./2016_41/_pdf/-char/ja
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【 仮想上のオーバラップした配列 】 32ページ
以下の図の②にあるようなイメージです。（※図をクリックするとPDFの説明にジャンプします）
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【 構成概念 】 32ページ
一言で言うと、仮説的実体のことです。 現実的には「観測不可能」な、理論上の実体のことですね。「構成概念」は、日本ではほぼ心理学用語として使われることが多いですが、科学の分野でいう構成概念はと言うと、研究者によって人為的に構築された概念のこと指します。「科学哲学」の分野などでも議論されるテーマで、第一部で出てきたカール・ポパーの「反証可能性」に関わるような内容を深く掘り下げていくと、「構成概念」の考え方などに触れるようになるかと思います。（基本的な心理学用語として、また一般的な使われ方を理解するには、意外とこの動画が分かりやすいです。）
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【 偏性細胞内寄生体 】 33ページ
ほかの生物の細胞内でのみ増殖可能な存在で、それ自身が単独では増殖できない微生物のことを指します。
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【 配列アラインメント 】 33ページ
DNAやRNA、またはタンパク質配列において、2つ以上の配列を特定の順序で配置して、それらの間の類似した領域を識別するプロセスです。配列を要素ごとに対応づけて、配列間の類似度を計算します。配列を比較する際には、配列間の「一致／マッチ」、「不一致／ミスマッチ」、「ギャップ（進化上の置換や欠損が原因と言われる）」などのポイントを元に計算していきます。
このような作業を通して、比較に用いた架空のウイルスの配列との相同性（類似度）が高ければ、「そのウイルスとの類縁度も高い」などと考えられてしまいます。
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【 リファレンスゲノム reference genome】 33 ページ
ある生物種を代表する基準となるゲノム配列のこと。現在、ウイルス、バクテリア、菌類、植物、動物の複数の種に対するリファレンスゲノムが公開されている。リファレンスゲノムは、新しいゲノムをアセンブルする際のガイドとして利用される。
〈引用〉イルミナの用語解説 ：リファレンスゲノムは、新しいシーケンスリードがアライメントされ比較される足場として機能する、完全にシーケンスされ組み立てられたゲノム
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【アクセッション番号】 34ページ
データベース上に登録された塩基配列データに対して発行される番号のこと。
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【 縮重プライマー 】 34ページ
縮重（しゅくじゅう）プライマーと読みます。未知の遺伝子に対して、その配列を推定して増幅する場合に用いるPCRプライマーのことです。ここで使われた縮重プライマーの設計方法というのが、まさに「架空のウイルス配列A」と「架空のウイルス配列B」をもとに設計したものでした。架空のものを材料に、架空のプライマーを設計し、架空の産物を生み出して、証拠だと主張しているわけです。
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【 参照配列 reference sequence】 34 ページ
既知の配列のことで、リファレンス配列とも言う。配列を解析する際に「リファレンス」＝「参照の基準」となるべき配列データベースのことを指します。
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【シーケンス深度】 34ページ
ゲノム中のヌクレオチドが読み取られた回数。
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【 マルチプルアラインメント 】 34ページ
配列のアラインメントをする時に、複数の配列の類似する部分を縦に揃えて並べ合わせる操作のことで、３本以上になるとマルチプルアラインメントと呼ぶ。
<参考資料>
https://www.jstage.jst.go.jp/article/kagakutoseibutsu1962/44/2/44_2_102/_pdf/-char/ja
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【 キロベース(kb) 】 35ページ
核酸における塩基対の数をもとにした長さの単位です。「ベース（base）」は「塩基」という意味。コロナウイルスのゲノムサイズは、約30キロベース (kb)のRNAで構成されていると言われており、RNAウイルスの中では最大級という設定になっています。
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【ウェルカム・サンガー研究所】 35ページ
ヒトの健康と、疾患の遺伝学の世界的理解を促進するゲノム科学研究拠点。
研究プログラムは、がんゲノミクス、単一細胞ヒト遺伝学、集団ヒト遺伝学、種の進化など。
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【 mock感染 】 35ページ
「モック感染」と読み、通常アルファベットでそのまま「mock」と表記されます。これには、「感染していない」または「ニセの」といった意味があり、ネガティブコントロールに近いものの、それとはまた別バージョンのタイプとして設定される実験グループです。非常に情報が少なく、日本で発表されている論文で「mock感染」を用いた実験を見てみても、どのような詳細で設定しているのか？というものは、ほぼ記述されていませんでした。海外の論文でもそんな感じだというインタビュー動画を見たことがあったのですが、この論文でもDr.ベイリーがそのように言っていますね（19ページ参照）。実験のデザインとして、「ちゃんと比較していますよ」というアピールのために設定されるようですが、根本的なところがズレているので、意味がないということだけは明らかです。
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【 近交系の機能障害のある新生仔 】 38ページ
新生仔（しんせいじ）とは、 ラットやマウスの赤ちゃんのことを意味します
動物実験のコントロールと、近交系のタイプについては以下の参考資料を添付させていただきます。
https://www.cc.okayama-u.ac.jp/~animal/library_main/iinkai/elementary_guide.pdf
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【 ホモジナイズ 】 38ページ
サンプル中には、粒子の大きさが異なる様々な物質が含まれているので、それらを細かく砕いて乳剤にする工程です。どのような方法でホモジナイズするかは、指定されたプロトコルに従います。ここでは、「腸内サンプルのホモジナイズ→遠心分離→濾過→ウイルスRNA抽出キットの使用」という流れが書かれていましたが、ホモジナイズ後に遠心分離にかけることで、サンプル中に含まれていた様々なヒト由来の細胞物質などを「あらかじめ分離していますよ」という理屈になっています。
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【 鋳型(いがた) 】 40ページ
PCRでは増幅の元となるDNA断片が「鋳型」となり、RT-PCRにおいては逆転写反応（相補的DNA合成）の元となるRNAが「鋳型」となります。 反応チューブの中に、鋳型となる材料を入れて、PCR装置にセットすることになります。
（鋳型は「テンプレート」と言われることもありますが、日本の学術文献では「鋳型」と表現されることが圧倒的に多いので、今回は「鋳型」に統一しました。あと、日本語のスラングの「テンプレート／テンプレ」と勘違いしてしまうと意味が違うので、誤解なきよう^^；）
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【 鶏伝染性気管支炎 】 40ページ
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【 相補的DNA 】 41ページ
逆転写酵素を用いて、mRNA から得られた合成の二本鎖 DNAのこと。
「相補的」を意味する「complementary」 の頭文字をとって、「cDNA」 と省略されることも多い。
※「相補的」の意味
DNA分子は、２本が螺旋状になって塩基の部分で結合しているモデルとなっていて、ＡはＴと、ＧはＣと、それぞれ対になります(＝塩基対）。こうして塩基対の組み合わせは決まっているので、片方の鎖の塩基配列が分かると、もう片方の鎖の塩基配列も自動的に分かることになり、こんな感じで対合する２本の核酸の配列が厳密に対応することを「相補的」であると言います。
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【 ゲノムの３’末端（さんダッシュまったん）の方向 】 41ページ
PCRでは、相補鎖が合成されていく（伸長されていく）方向性が決まっています。それが、５’（ごダッシュ）方向に向かうか？、それとも３’（さんダッシュ）方向に向かうか？という方向性です。もう少し知りたい方は、以下のPDF（特に10ページ前後）をご覧いただくとよいと思います。
http://isw3.naist.jp/IS/Kawabata-lab/LECDOC_KINDAI/2010/seqdb_10Apr13_print.pdf
また５’や３’というのは、原子に付けられた番号です。基礎から知りたい方は以下の動画が分かりやすいです。
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【 ボーデット株 】 41ページ
日本で、ボーデット株のことについて詳しく書かれいる資料は少ないですが、以下の特許資料には、「ボーデット株は、元々ボーデットおよびハドソンによって分離され、ニワトリ胚において数百回継代された。ニワトリ胚またはニワトリ卵に適応した株である」という内容が書かれています（41ページ目［0123］）。
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【 発育鶏卵 】 42ページ
いわゆる「鶏の有精卵」です。「ボーデット株を11日齢の発育鶏卵内で増殖させた」とありますので、産卵後11日のニワトリさんの有精卵にウイルス株と称するものを注入して、それを生きた細胞の供給源として増殖させたということです。参考までに、発育鶏卵を使ったインフルワクチンの製造方法をリンクします。
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【ベルケフェルト細菌濾過器】 42ページ
ドイツのハノーバーのベルケフェルト鉱山の珪藻土を主成分にした素焼きの磁器製の細菌濾過器のこと。
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【2019年新型コロナウイルス】 43ページ
新型コロナウイルスである「COVID-19」は、正式名称が確定する前は、当初「2019-nCoV」と呼ばれていました。日本語では、「2019 年新型コロナウイルス」でした。
※参考資料：COVID-19（旧称「2019 年新型コロナウイルス」、旧略称「2019-nCoV」）
https://health.hawaii.gov/docd/files/2020/02/COVID-19_FAQs_JAPANESE.pdf
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【 汚染 】 46ページ
通称「コンタミ」。コンタミネーション（汚染）の略です。
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【24ウェル中、1ウェルだけの細胞変性効果】 46ページ
細胞培養に使用するプレートを「ウェルプレート」と呼びます。ここで使用されたのは、液を入れる部分が24に分かれている、以下のようなプレートです。一つ一つを「ウェル」と数えますが、この24ウェルのうち、たった１ウェルしか細胞変性効果が見られなかったということです。
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【 カバレッジ 】 49ページ
カバレッジとは、配列の解析時に同じところを何回重ねて読んだかという指標で、詳しくは難しいので以下のページやこちらのPDFをご参照ください。カバレッジは、得られたデータの信頼性を考慮する上での目安となります。
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【MIQE(マイキー）ガイドライン】 50ページ
スティーブン・バスティン教授の「MIQEガイドライン：定量的リアルタイムPCR実験の公表に必要な最低限の情報」の日本語版は以下です。
※バイオテックカンパニー「ロシュ･ダイアグノスティックス株式会社」の翻訳によるものです。
https://www.gene-quantification.de/miqe-japanese-version-2013.pdf
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【ゴールドスタンダード】 50ページ
ある疾患を診断しようとする際、その診断を「確定」するだけの必要な基準を満たしている検査方法や評価手段のことを、「ゴールドスタンダード」と呼びます。（日本語だと「至適基準」と言いますが、「ゴールドスタンダード」と呼ばれる方が一般的になっています）
ゴールドスタンダードは、診断の決め手になるものだからこそ、精度が高いものとして認められたものでなくてはなりません。また、新しい検査法が開発された時にも、それを評価するために、「ゴールドスタンダードとの比較」の必要性が問われることになります。つまり、今回のPCR検査が巷に出てきた際には、いきなり実用化するのはご法度で、まずはこの新たな手法を、ゴールドスタンダードとなる既存の基準や評価方法と比較しないことには妥当性が全く検証できないというわけでした。で、ゴールドスタンダードがないなら、臨床での新たな判定の方法を検討しなければならないわけですが、それも行われませんでした。本当に何もしていない。
※ゴールドスタンダードの考え方について参考になる文献はこちら↓
https://www.jstage.jst.go.jp/article/mpta/18/1/18_1_31/_pdf
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【片利共生】 55ページ
共生における一つの形態を表現する言葉です。共生関係のうち、一方が共生によって利益を得るものの、もう片方にとっては特に利害が発生しない関係性のことです。
片利共生には、主に３つのタイプがあると言われていて、①移動するために他の動物にくっついていく「便乗」タイプ（例：イノシシにくっついていくダニ等)」、②他の生物を住み処として生活する「着生」タイプ（例：木のウロに住む鳥さん、木から生えるラン科の植物等)、③他の生物の死骸などを有効利用する「変態共生」タイプ（例：巻貝の殻を利用するヤドカリ等)があります。
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【ハイピュア ウイルスRNAキット】 55ページ
日本版HPにも、同様の商品ページがあります↓
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【 最終産物 】 56ページ
PCRの操作を行って、最終的に得られたものを「最終産物」と呼んだりします。
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【リンクについて】
◆32ページの91の注釈のリンクの二つ目は、現在見ることができません。ですが、ウェイバックマシーンを使うと、以下のように閲覧可能です。
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まだ追加する予定なのですが、すでに「文字数が規定を超えていて投稿できません」的な、アメブロさんからの通知が出てしまいました・・・逆に少し削ってみました。。
というわけで、第三部に向けて、用語解説専用ページへとさっさとまとめていった方がいいかもしれないですね。そんな感じでいってみます！
今日もお読みくださり、本当にありがとうどうございます
Bio Sinfonia
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