邪馬台国とヤマト政権（ヤマト王権）の関係は、日本の古代史最大の謎の一つである。
邪馬台国（３世紀・弥生時代後期～古墳時代初頭）と、後に日本を統一していくヤマト政権（４世紀以降・古墳時代）との関係は、「邪馬台国がどこにあったか（所在地論争）によって捉え方が大きく異なる。
「畿内説（近畿説）」と「九州説」の2つの視点から、以下のような関係性が議論されています。
１）畿内説：邪馬台国がそのままヤマト政権になった（連続・発展）
邪馬台国が近畿（奈良盆地）にあり、それが初期のヤマト政権そのものである。または直接発展してヤマト政権になったとする説です。
・シナリオ：３世紀に卑弥呼が首長連合（邪馬台国）をまとめ上げ、その政治的基盤が４世紀以降の広域なヤマト政権へと受け継がれた。
・考古学的な根拠：奈良県桜井市の「纒向（まきむく）遺跡」から、3世紀前半のものとされる巨大な大型建物跡や、全国各地の土器が出土しています。最古級の大型前方後円墳である「箸墓（はしはか）古墳」の存在。箸墓古墳の築造時期が卑弥呼の没年（２４８年頃）と重なることから、卑弥呼の墓ではないかと目されています。
・この説での関係性：邪馬台国 ＝ 初期のヤマト政権（またはその中枢）。
２）九州説：邪馬台国が九州にあったとする説では、九州の邪馬台国と畿内のヤマト政権は別々の勢力であり、その後の関係については２つの考え方があります。
・東遷説：九州にあった邪馬台国（またはその主力勢力）が東へ移動し、機内に定着してヤマト政権を樹立したという考え方です（記紀の「神武東征」伝承と結びつけて語られることもあります。
・滅亡・交代説：
九州の邪馬台国は衰退・滅亡し、それとは無関係に畿内で興った独立勢力（ヤマト政権）が日本列島の覇権を握ったという考え方です。
＜なぜ関係性が解明できないのか？＞
最大の理由は歴史資料上の「空白の４世紀にあります。中国の史書には、３世紀後半（２６６年の西晋への遣使）を最後に約１００年間、倭国に関する記述が途絶えます。再び中国の文献（『宋書』など）に「倭の五王」として登場する５世紀には、すでに畿内を中心とする強大な「ヤマト政権」が確立していました。この「約１００年間の空白期」に何が起きたのかを確定する資料がないため、現在も考古学の出土品をもとに論争が続けられています。
＜なぜ決着がつかないのか？（最大の矛盾）＞
もし邪馬台国がヤマト政権に直接つながっている（畿内説）のだとすれば、なぜヤマト政権が編纂した歴史書『古事記』や『日本書紀』に「卑弥呼」や「邪馬台国」の名が一切登場しないのかという大きな疑問が残ります。この矛盾を説明するために、「中国（魏）に朝貢していた女王の存在を、後の天皇中心の歴史観に都合が悪いため隠した」とする説や、「やはり九州の別勢力だったから書かれなかった」とする説など、いまも活発な研究が続けられています。
注）歴史用語の見直しのプロセスの中で、「朝廷」から「政権」や「王権」へと変わると同時に、漢字の「大和」からカタカナの「ヤマト」へ移行が進んだことを踏まえて、カタカナ表記にした。