カベソンのグロサドから原曲を探したところ、原曲はミュンヘンのBayern Staatsbibliothekに所蔵されている"Secundus liber cum quinque vocibus"（1532）に収録されていました。困ったのはどちらも作曲者名が"Lupus"とだけしかなく、"Johannes Lupus Hellinck"と"Jean Lupi"（確実に別人のようです）のどっちか分からないのです。wikiの"Johannes Lupi"の項を見るとこの二人はよく混同されるみたいです。
Obras de Musicaにはもう一つLupusの作品として"Aiule vos sola verdura"があります。こちらの原曲は"Au joly bois sur la verdure"(綴りがめちゃめちゃスペイン語訛りで参りますね）です。CPDLのjean Lupiの項で見つけたのですが、出典はスザートの"Le 5iesme livre des Chansons"だそうです。残念ながら原典そのものはまだ入手していませんので作曲者名がどうなっているのか分かりませんが、スザートの他の曲集では"Io. Lupi"という表記があるのでおそらく同じとみていいと思います。
私に分かったのはここまでなので結局決着は付けられませんでした。なので今のところ、CPDLの作品目録を信頼して"In te Domine"は Lupus Hellinck, "Au joly"は Jean Lupiとしておきます。
http://aeolianconsort.chakin.com/Cabezon_A.htm#Mottetos_y_Cancions_a5_Cabezon
http://aeolianconsort.chakin.com/gakufu_main.htm#Hellinck