4拍子と3拍子が交互に繰り返される定型です。3拍子のほうが速めというやり方もそのままで差し支えありません。主題が一つと言いながら3拍子2箇所には出てこないのでここは間奏と解釈しておきましょう。各区切りは明確なので一回づつ完結させながらやっていけるので悩まなくて済みそうです。問題は63小節目前後の3連符ですね。3/2への移行を兼ねていると見られるので3/2のテンポを意識しながら馴らしていくしかないでしょう。MP3・MIDIを参考にして下さい。

http://aeolianconsort.chakin.com/Frescobaldi.htm#Fantasia_Seconda_Frescobaldi