簡単に言いますと
よく分からん！
なので間違いが多いかと思われますので御了承ください
とりあえず、今のとこ分かった事を書いていきます
かなりまとまりのない長文で申し訳ないですが・・・ｗ
☆エンカウント調整の概要☆
エンカウント調整とは、あらかじめエンカを把握しておく事で
どこで何の敵が出るかを予測＆調整をする事
調整にはほぼリセットが必須のため
ＲＴＡにおいて１リセするたび１０秒くらいのロスはかかる
そのためリセットするときはメニューを開く場面が適切
どうしてもメニューを開く都合が無い場合や
逃げやすい敵がいるとこなどはエンカして調整も可能
たとえば、このまま行くとグランベヒーモスが出るという時に
あらかじめ手前で余計に歩きエンカウントをする事で回避できる
敵によるが煙玉で逃げるのとリセ１は同等くらい
通常は避けるような砂漠も避けなくてもいいかどうか分かります
ただし魔大陸だけは実機プレイと検索した結果
通常エンカ＋フレーム単位の乱数によるエンカが加わるため
調整することは難しい
どこでエンカするかと忍者が出にくいように調整はできます
つまりエンカウント調整とは総合的に早くなるようにする事で
山をまっすぐ登るより、くねくね登った方が早いみたいな感じ
急がば回れってやつですな
概要はこんな感じです
☆エンカウント調整の準備☆
まずソフトの電池を抜く必要があります
抜く方法は検索してもらえばすぐ分かります
これによってセーブデータが消えてしまうのが問題ですが
これをしないとエンカウント調整は難しい
ただしリセットの場合は消えないので問題ないです
もちろん電源を切れば消えますがｗ
ちなみにＦＦ６のソフトを数本買って試したのですが全て同じですた
おそらくソフトの違いは無いのかな？（確証はありません
エンカウントは計算でも出せるっぽいですが自分は把握していません
テーブルだけじゃなく歩数の計算もしないといけないので非常に大変
ある程度法則は見えてきたのですが、まだよく分かってません
☆エンカウントの仕組み☆
調整にはエンカウントの仕組みを理解しないといけません
ＦＦ６のエンカウントは１歩事に危険値が上昇し
ある一定の危険値まで達すると敵が出る
しかし実は次の敵が何歩で出るかは決まっています
ただ危険値はダンジョンなら一定ですが、フィールドの場合は
なるべく平原を歩いた方がいいです
はっきり分かりませんが平原が一番危険値が低い感じ
あと森は敵が多かったり砂漠は嫌な敵がいたりで
敵が出る場合は１歩下がってでも平原＆草原で出した方が早いです
細かい事言うと同じ平原でも危険値が微妙に違うことがありますが
そこまで気にするとかなり大変です
崩壊後になると平原が無くなるためほぼ一定になります
エンカテーブルは「ＲＴＡの崩壊後稼ぎ」で載せたように
ほとんどの場所で１番～４番の４種あり
フィールドは平原（草原）・森・砂漠によって違い
そこから更に地名によって変わります
ダンジョンの場合は画面が切り替わるごとにテーブルが変わって行き
ところどころ同じテーブルが使われています
たとえば、コルツ山だと洞窟内と外で違うという感じ
次に出る敵も歩数と同じで何番の敵がでるか決まっているので
平原で次に１番テーブルの敵が出るという時に
その状態から森でエンカすると森の１番テーブルが出るという感じ
エンカウントに関してはこんなとこかな
☆リセットとエンカウントの関係☆
エンカウント調整の基本はリセット
そのためリセットの事も理解しないとダメです
リセットして再開するたびにテーブル＆歩数が変わるわけだけど
その時に決まるテーブルも実は決まっています
たとえば、次にリセットすると最初に１番の敵が出る場合は
どこでリセットしても１番テーブルの敵が出る
もちろんその後のテーブルも同じ
仮に「１・２・３」っと出るのなら、どこでやっても「１・２・３」の順番になる
つまり何リセしたら何のテーブルになるという感じ
ただしリセットには通常リセットと半リセみたいなものがある
２リセする場合セーブしてリセット、データを選んで「はい」を選択
選択後リセットこれが通常リセットだけど
セーブしてリセット、データ画面が出たら再開しないでリセット
そうする事で通常２リセとは違うテーブルになります
どっちのやり方をやるかによってこの後のリセットまで影響されます
たとえば通常の２リセしたらエンカが「１・２・３・４」って出て
次にリセットしたら「４・３・２・１」
通常の３回リセットしてこうなったとします
１回だけ半リセを入れると
セーブしてリセット（１回目）データが出てリセット（２回目）
ここで戦うと「２・１・４・３」という感じに上記とは違うテーブルになり
次にリセットすると（３回目）「３・４・１・２」みたいな感じで
半リセ入れた事でテーブルがずれるような現象がおきます
ただ半リセのみができないので御注意を
半リセはしたあとオークションの乱数が劇的に変わった経験があるので
まだまだ検証する必要があるような気がします
リセットはこんな感じっす
☆エンカウント調整のまとめ☆
エンカウント調整する事によって前準備ができます
例えば聖水等を調整できたり
嫌な敵や逃げれないグランベヒーモスをカットできたり
崩壊後の稼ぎで経験値調整ができたりします
通常回収するアイテム・装備等をしなくてもいい場合もあります
気持ちの面でもなにが出るか分かっていると余裕が持てます
欠点は歩数が非常に大事で歩数を余計に歩いたりすると
予定したエンカじゃなくなったりする場合があるため
状況によっては非常に歩く事がシビアになることがあります
とは言え、逃げるような場合そこまで影響は無いです
あとはグダる要素が減るためユーザーの楽しみが減ります（ぁ
先が読めるので人によっては刺激が減りつまらないかもしれません
それでもボス戦やニンジャでグダる要素たっぷりですが・・・
４時間やって「なんなんだよこのクソ魚っ！」なんて普通ですから
ちなみにダンジョンの画面が変わるところや
町などの敵が出ないところ＆モルル装備の場合は危険値を拾わない
そのため敵の出ないところでは歩きミスしても問題ないです
まぁ最大の欠点はチャート作りがちょっとめんどくさい事ですかね
追記 : 御茶麒麟さんがエンカウント表を公開してます
歩数等の事も乗ってますが自分にはよく分かりませんｗｗｗ
ちなみに電池抜きの場合は１３の乱数テーブルからです
（自分が持ってる６本は全部同じでしたが違うのもあるかも）
１３はＢ，Ｃ，Ｂ，Ｂ，Ｂ，Ａ、Ｃ，Ｂ，Ａ、の順で出るとこです
（Ａ～Ｄは上記で言ってる１～４番テーブルの事です）
エンカが違う場合はしっかり放電できてないかもしれません
１リセするたびに１４進み半リセを加えると１ずれます
例：１３→１リセ→２７→２リセ→４１
１３→１リセ＋１半リセ→２８→１リセ→４２
１３→１リセ＋２半リセ→２９→１リセ→４３
＞御茶麒麟さんのエンカシュミレーター
エンカウント調整はチャート作りの一つの楽しみにもなって
個人差はあるでしょうがハマるとなかなか面白いです
歩数に関しては自分にはよく説明できないのですが
ただ敵の順番は同じなので狩りによる経験値調整などは大丈夫です
調整に関してボス戦やイベント戦も１戦とみなされるのでご注意を
☆エンカウント調整しそうな場面☆
・魔列車でボム祭りを引く
・獣ヶ原での逃げれないエンカカット
・ゾゾのベールダンス単体カット
・封魔壁での経験値調整＆リッチカット
・魔大陸のニンジャを出にくくする
・フィガロ洞窟のドゥドゥフェドゥカット
・崩壊後の稼ぎ調整
・瓦礫のグランベヒーモスカット