paleo diet の根拠のひとつは<a href="http://thepaleodiet.com/published-research-about-the-paleo-diet/?inf_contact_key=c8068336fc5e8cf5038a1f48acdd91a553782f53cb99016ca99b82630afd4c8f" target="_blank">以下の論文</a>でしょうか?
O’Keefe JH, Vogel R, Lavie CJ, Cordain L. Exercise Like a Hunter Gatherer: A Prescription for Organic Physical Fitness. Progress in Cardiovascular Disease, 2011;56:471-479.

とすると、
新石器時代での食生活に
遺伝子レベルでの適応がついていけないという
仮説に依拠しているのでしょうか?

それは仮説ですので証明されていないかとおもいます。