人口が１０万人以上である市又は特別区であって、骨髄移植等により免疫が失われた子がいる可能性が高く、免疫を失った子の再接種費用の助成事業の必要性が高いといえる254の市町村のうち、再接種費用の助成事業を実施している市区町村は、以下のように全部で247あり、全体の97%に達しています。
1 横浜市
2 大阪市
3 名古屋市
4 札幌市
5 福岡市
6 川崎市
7 神戸市
8 京都市
9 さいたま市
10 広島市
11 仙台市
14 北九州市
15 堺市
16 浜松市
17 新潟市
18 練馬区
19 大田区
20 熊本市
21 相模原市
22 岡山市
24 江戸川区
25 静岡市
26 船橋市
27 川口市
28 鹿児島市
29 杉並区
30 板橋区
31 八王子市
32 江東区
33 姫路市
34 宇都宮市
35 松山市
36 松戸市
37 市川市
38 東大阪市
39 西宮市
40 大分市
41 倉敷市
42 金沢市
43 葛飾区
44 尼崎市
45 福山市
46 藤沢市
47 町田市
48 柏市
49 品川区
50 豊田市
51 高松市
52 富山市
53 豊中市
54 岐阜市
55 長崎市
56 宮崎市
57 吹田市
58 枚方市
59 岡崎市
60 横須賀市
61 一宮市
62 高崎市
63 豊橋市
64 長野市
65 北区
66 新宿区
67 川越市
68 奈良市
69 高槻市
70 中野区
71 大津市
72 所沢市
73 越谷市
74 前橋市
75 いわき市
76 旭川市
77 郡山市
78 高知市
79 那覇市
80 春日井市
81 四日市市
82 秋田市
83 明石市
84 久留米市
85 豊島区
86 茨木市
87 目黒区
88 福島市
89 墨田区
90 水戸市
91 市原市
92 長岡市
93 八尾市
94 府中市
95 加古川市
96 港区
97 平塚市
98 徳島市
99 函館市
100 つくば市
101 草加市
102 調布市
103 富士市
104 大和市
105 文京区
106 茅ヶ崎市
107 松本市
108 佐世保市
109 佐賀市
110 上尾市
111 春日部市
112 寝屋川市
113 宝塚市
114 厚木市
115 太田市
116 荒川区
117 台東区
118 伊勢崎市
119 呉市
120 西東京市
121 流山市
122 八千代市
123 小平市
124 松江市
125 伊丹市
126 三鷹市
127 鈴鹿市
128 熊谷市
129 山口市
130 日野市
131 甲府市
132 小田原市
133 安城市
134 岸和田市
135 沼津市
136 鳥取市
137 上越市
138 立川市
139 豊川市
140 和泉市
141 宇治市
142 習志野市
143 日立市
144 出雲市
145 鎌倉市
146 中央区
147 浦安市
148 苫小牧市
149 西尾市
150 小山市
151 新座市
152 高岡市
153 磐田市
154 釧路市
155 都城市
156 松阪市
157 大垣市
158 刈谷市
159 野田市
160 上田市
161 川西市
162 武蔵野市
163 久喜市
164 狭山市
165 多摩市
166 米子市
167 朝霞市
168 小牧市
169 入間市
170 草津市
171 各務原市
172 守口市
173 足利市
174 沖縄市
175 三郷市
176 土浦市
177 深谷市
178 戸田市
179 海老名市
180 藤枝市
181 桑名市
182 古河市
183 石巻市
184 箕面市
185 周南市
186 木更津市
187 焼津市
188 稲沢市
189 諫早市
190 青梅市
191 国分寺市
192 座間市
193 我孫子市
194 成田市
195 瀬戸市
196 大崎市
197 小金井市
198 富士宮市
199 飯塚市
200 霧島市
201 伊勢市
202 八代市
203 江別市
204 門真市
205 大東市
206 半田市
207 生駒市
208 佐野市
209 延岡市
210 松原市
211 唐津市（佐賀県）
212 鴻巣市
213 昭島市
214 会津若松市
215 東久留米市
216 那須塩原市
217 新居浜市
218 別府市
219 廿日市市
220 掛川市
221 東海市
222 ふじみ野市
223 彦根市
224 東近江市
225 北見市
226 長浜市
227 富士見市
228 加須市
229 奥州市
230 春日市
231 白山市
232 鎌ヶ谷市
233 丸亀市
234 三田市
235 羽曳野市
236 富田林市
237 筑紫野市
238 取手市
239 三島市
240 小松市
241 多治見市
242 池田市
243 印西市
244 大野城市
245 伊勢原市
246 西条市
247 糸島市