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憲政の原則に反する「非国会議員」の国政主導
吉村氏は大阪府知事として地方行政を担う立場であり、国会議員選挙で国民から国政の信任を得ていないため、国レベルの連立協議を主導するのは不適切であり、国策は国民投票で選ばれた国会議員が決定すべき
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過去の発言との矛盾と一貫性の欠如
昨年5月頃、吉村氏は自民党の裏金問題や統一教会問題を挙げ、「自民との連立は考えない」と断言
しかし、わずか1年半で連立協議に踏み込み、一貫性がまったくなく維新は自民を「既得権側」と批判してきたのに、急転直下の姿勢転換には不信感しかない。
特に、企業・団体献金の禁止を連立条件の優先順位トップ5に入れなかった理由について、吉村氏は「自分らも上手いことやりたいから」と説明したのだが、これは自己利益優先だろう。
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維新の支持基盤（大阪）との対立解消の難しさ
維新の強固な支持基盤である大阪では、自民党と議席争いで長年対立しており、連立が実現すれば地方選挙で混乱を招き、吉村氏自身が大阪府知事として自民批判を繰り返してきたため、支持者は裏切りと感じるだろう。
大阪維新の会幹部は「自民の地方組織との選挙協力は難しい」との懸念を漏らしており、維新支持者からも「維新支持者や投票した皆さんはこれを望んでいたのでしょうか…」という失望の声。
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維新内部の分裂と党の存続リスク
連立協議で、維新は議員定数削減を「絶対条件」に急に追加し、これが党内反発を招いている。
吉村氏の判断で「仲間を切る」形で進めたとの指摘もあり、党の消滅リスクを自認する発言まで出ており、前原誠司維新顧問も「当面は選挙協力しない方がいい」と異論を唱え、党内結束の綻びが露呈。
橋下徹氏（元維新代表）の「吉村さんは政策実現のために仲間を切る判断をした」という分析が、吉村氏の独断を象徴している
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政策実現の不透明さと野党としての役割放棄
維新は「改革政党」を標榜し、自民批判を武器に野党として機能してきたが、連立でこれを放棄すれば、支持者の期待裏切りにつながり、議員定数削減や副首都構想を条件に掲げるが「自己利益だけの『なんちゃって身を切る改革』」との揺さぶりが、国民全体の利益より党利党略優先と見なされている
野党側からも「維新がいま自民との連立協議に踏み込む『事情』…裏切られた過去」との指摘があり、公明党離脱後の自民の「新たなパートナー」探しに乗じた形が、維新の「闘う野党」イメージを損なっている