Python(7/4)データフレームの列名にある空白を除去する | バイオとDX

バイオとDX

バイオ医薬品とDX、データサイエンス

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# データの列名から空白を除く
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import os
import datetime
import pandas as pd

#from openpyxl import load_workbook
#from openpyxl.styles import Font
#from openpyxl.styles.alignment import Alignment

# 元になるエクセルファイルを読み込み
xls0 = 'bpv'
xls = str(xls0) +'.xlsx'
    
# エクセルの所定のシートを指定して、データフレームに読み込む
df11 = pd.read_excel(xls, sheet_name='Matched')

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# タイトルに含まれる半角スペースを除く
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# タイトル行をrenameする
df11.columns = ['ID', 
                'Analysis_Name', 
                'Data_File', 
                'Theoretical_Mono._Mass', 
                'RT', 
                'Theoretical_Mono._m/z', 
                'Observed_Mono._m/z', 
                'Error_(ppm)', 
                'Score', 
                '%_Peptide_Sequence_Coverage', 
                'Charge', 
                'XIC_Area', 
                'Auto-Validated', 
                'Use', 
                'Sequence', 
                'Modifications', 
                'Modification_%', 
                'Disulfide_Bonds', 
                'Disulfide_Bonds_Status', 
                'Peptide', 
                'AA_Index', 
                'Chains', 
                'Chain_Names', 
                ]
                      
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# 日付を得て、ディレクトリにフォルダを作成して保存
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# 日付取得/ファイル名のため
d_today = str(datetime.date.today())

# ディレクトリにフォルダ作成
dirname = d_today +'_' +xls0 +'-sp/'
if not os.path.exists(dirname):
    os.mkdir(dirname)   
    
# エクセルとして保存
filename11 = dirname +xls0 +'-sp.xlsx'
df11.to_excel(filename11)

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# エクセルの書式設定
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#wb = load_workbook(filename11)
#ws = wb.active

# set font  #【エクセル】フォント設定
#font = Font(name='Calibri', size=9)
#for row in ws:
#    for cell in row:
#        ws[cell.coordinate].font = font

# alignment  #【エクセル】タイトル行だけ左寄せ
#for row in ws['A1:AZ1']:
#    for cell in row:
#        cell.alignment = Alignment(horizontal='left')

#wb.save(filename11)    #【エクセル】書式整えたものを保存

    
# コードの終わり