その周りでは不思議なことが起こったり、奇跡を行ったりしていたみたい。
以下はジョットーのフレスコ画とその説明。
フランチェスコが一人離れたところで祈っていたときのこと。
郊外の隠棲所に集まっていた修道士たちは、真夜中、
フランチェスコがきらめく炎の車に乗って家へ飛んでいき、
あばら家も眩しく輝いているのを見た。
寝ていた者まで目を覚まして驚いたという。 （UFO？）
ある修道士が幻に、天国に用意されている多くの椅子のなかに、
ひときわ立派なものがあるのを見た。
声がして、「この椅子の持主だった天使は傲慢の罪で追放された。
椅子は謙虚なフランチェスコに与えられる。」と告げた。
フランチェスコはアレッツォの街に悪魔が徘徊しているのを見て、
弟子のシルヴェストロに、行って門に立ち神の御名を叫んで
悪魔を追い払うように命じた。
弟子がその通りにすると、街に不和をもたらしていた悪魔は逃げだし、
市民の間に平和が蘇った。
祈りを捧げていたフランチェスコの体が地面から浮き上がるのを、
修道士たちが目撃した。
フランチェスコは両手を高く差し上げ、
光り輝く雲がその体を包み込んだ。
フランチェスコが、瀕死の傷を負って医者に見放された
ジョヴァンニ・ディ・イレルドという者の包帯をとって、
傷口を優しく撫でると、瞬時にして快癒した。
教皇グレゴリウスが聖痕に疑いを持ちながら眠ると、
夢にフランチェスコが現れて、「アンプルをよこしなさい。」と言った。
教皇が渡すと、フランチェスコはアンプルを脇から出る血で満たした。
（当時、聖痕という現象はあまり知られていなかったようです。）
（その他）
フランチェスコが神の御元に旅立ったとき、
星の形をした彼の魂が輝きながら天へ上っていくのを、
ある修道士が目撃した。
フランチェスコが息を引きとった瞬間、
重態で長い間昏睡状態だった修道院長のアゴスティーノは、
突然「お待ちください、パードレ。私もお供します。」と叫び、息絶えた。
サン・ミケーレ・アルカンジェロ山にいたアッシジ司教は、
「私は天に赴く。」と言うフランチェスコを見た。