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ramos2
@ramos2627406915月16日
凍結される前に資料おいとこ。ニ号だから別人だけども。
ま んさく
@mansakusenn5月16日
すみません。お手数をお掛けします。機械物理系の人間です。
どなたにお聞きしても他に聞いてくれとしか言われないので。感度・特異度の数値は、定義上どの時期のものでしょうか？①感染時、②発症時、③ウィルスを出し始めた時期、④その他、ご教示頂ければ幸いです。
ramos2
@ramos262740691
左の「検査能力として」と書いてるのが解析感度です。時期に関係なく。
右の「採取含めた実臨床」は、PCRは発症日から7日以内サンプル、鼻咽頭スワブです。根拠論文は右にURL
PCR以外の測定系は、どの時期のどんなサンプルであれ、PCR陽性検体に対する正答率で論文化されていますので、そこから算出
ramos2
@ramos262740691
しております。
Hiroshi Makita Ph.D.
@BB45_Colorado
これは理解できない人が医師どころか「ウィルス研究者」にもウヨウヨいますが、PCR法は、DNAかcDNAが1本でもあれば40Ctで必ず検出できます。
DNAかcDNAが無ければ検出しません。これが感度100%、特異度100%の意味です。
ところがこの対象がDNAかcDNAであってRNAではない事に要注意です。
ramos2
@ramos262740691
説明して頂きありがとうございますm(_ _)m
というか、これめっちゃ良スレと思う。
Hiroshi Makita Ph.D.
@BB45_Colorado
コロナウィルスのようなRNAウィルスの場合は、RNAを抽出してcDNAにする工程が入ります。
この工程でRNAが一個でもあれば検出とはなりません。RNAを抽出し、cDNAになるまでの工程で収率が必ず存在するからです。
この収率については僕は知りません。ラモスさんのように実際にやっている人なら常識です
Hiroshi Makita Ph.D.
@BB45_Colorado
一方で、人体から検体をとる際にそこにウィルスがいなければ当然ウィルスは取れませんが、いればかなりの分量が取れることが分かっています。
ウィルスが一個しかないというような架空の設定は考える必要が無いのです。
結果として上気道にウィルスがいる接触後平均3日後以降は鼻咽頭スワブで良いです
amos2
@ramos262740691
そうそう。これこれ。
抑制論者は、去年、「PCRは感度低い」が都合悪くなると、「感度高過ぎて1個でもくっついてたら偽陽性！」って言い出したんだけど(感度高いか悪いかどっちやねんw)
RNAの抽出工程でロスあるんすよね。そもそも抽出しない迅速診断試薬でもウイルス粒子溶かすとこで同。
Hiroshi Makita Ph.D.
@BB45_Colorado
唾液の場合は、上気道分泌物だけで無く唾液腺も感染するためにコロナウィルスの採取は、発症後9日以内なら採取できます。発症前も少なくとも1日前には採取できるようです。
このような期間と部位で検体採取をすれば、そこにコロナウィルスが居る限り、PCR検査では、ウィルスを検出に成功します。
Hiroshi Makita Ph.D.
@BB45_Colorado
ウィルスに感染し、不感期間経過後でしたら感染部位にウィルスは沢山いますので、そこから検体を採取したらそこにウィルスが一個と10個とかケチくさい量子しない事はあり得ず、RNA抽出とcDNA合成は成功します。
Hiroshi Makita Ph.D.
@BB45_Colorado
逆に「偶然空気中をウィルスが一個だけ浮いていてそれでコンタミしたら偽陽性」というありえない空想を持ち出してラモス氏と私にストーカーをしていたのが腐った魚卵＝イックラ〜＝医クラ（）に寄生しているテロリストーカーAHOです。
まずコンタミさせないのは品質保証、品質管理の基礎の基礎です。
Hiroshi Makita Ph.D.
@BB45_Colorado
テロリストーカーAHOもコンタミ医者もそうですが、地獄のような汚いラボで全く品証のなり立たない仕事をしているのでしょう。
仮にRNAウィルス一個が入ったとしてもRNA抽出工程で破壊されてお仕舞いですし、cDNA生成後のPCRプロセスには当然干渉できません。
極めてリアリティの乏しい素人の戯言です
Hiroshi Makita Ph.D.
@BB45_Colorado
このRNA抽出工程に手間と時間かかる為一年前からラモス氏が推奨しているダイレクトPCRがあります。
RNA抽出工程を飛ばしてRNA分離、cDNA生成、PCR工程を一つにするもので唾液PCRではよく使われます。
cDNAの収率がやや低くプライマーの活動を試薬が阻害する可能性があって感度の低下が心配されました。
Hiroshi Makita Ph.D.
@BB45_Colorado
実際には、プライマーの活動を殆ど阻害しない優秀な試薬が開発されたために、ダイレクトPCRは、通常のRT-PCRにそれほど劣らないという事で実用上劣らないとのことです。
Hiroshi Makita Ph.D.
@BB45_Colorado
結局、主として用いられている鼻咽頭スワブと唾液ですが、発症直前直後、発症後一週間以内でしたら検体採取成功率は高く、検体採取に成功すればPCR法で100％検出できます。
検体採取成功率が95%前後とされています。これにPCR法の感度100%を掛けて「PCR検査の感度」95%となります。
Hiroshi Makita Ph.D.
@BB45_Colorado
まだ検体採取感度の高さが分かっていなかった頃は、感染研のマニュアルでは、唾液と鼻咽頭スワブと痰の三種類取り、さらには糞、尿ほかもできるだけとって欲しいとしていましたが、昨年7〜9月以降は、基本的に鼻咽頭スワブか唾という事になっています。
実際に検査を受けた人も採取は基本一箇所です。
Hiroshi Makita Ph.D.
@BB45_Colorado
PCR検査の感度95%という数字が検体採取成功率のことを示す以上、これは同じ手法で検体を採取する抗原検査も支配します。
抗原検査などPCR検査以外の手法の感度と特異度は、PCR検査で判定した検体をそれらの手法で検査してPCR検査と一致するか否かで評価されます。
Hiroshi Makita Ph.D.
@BB45_Colorado
返信先:
@BB45_Coloradoさん,
@ramos26274さん
@mansakusennさん
抗原検査の感度50%は、PCR検査で陽性と判明している検体のうち50％を陽性と判定できたという意味です。
従って、PCR検査と同じ基準ならばこれに検体採取成功率95%をかけねばなりません。結果この抗原検査の臨床感度は48%程度となります。
富士レビオのキットは37%の感度が実際には35%となります。
午前7:36 · 2021年5月18日·Twitter Web App
kentarotakahashi
@kentarotakahash
5月12日の成田ではインドからの乗客11人が検疫で引っかかっている。この日はデリーからの一便しかない。出発前72時間以内のPCR検査で陰性でなければ搭乗できない。それでも一便に11人。
kentarotakahashi
@kentarotakahash
抗原検査で引っかかったのが11人だとすると、すり抜けたのは何人くらいだろう？
kentarotakahashi
@kentarotakahash
え、ええ、じゃあ、富士レビオの抗原検査で11人見つけた時には、PCR検査で見つけられる19人くらいを見落としてるってこと？
Hiroshi Makita Ph.D.
@BB45_Colorado
返信先:
@kentarotakahashさん
空港検疫は富士レビオの定量抗原検査ですから感度50%なので、検疫で見つけた人と同数を漏らしていることになります。
但し実はこれでも過小評価を疑っています。
Hiroshi Makita Ph.D.
@BB45_Colorado
返信先:
@BB45_Coloradoさん,
@kentarotakahashさん
抗原検査はもともとPCR法に比べ感度が大幅に低く、PCR検査では10copyで検出できるところが1000copy必要とされます。
空港検疫は搭乗72時間以内のPCR検査陰性の方が受けますので、感染していてもウィルス量のまだ少ない人がその主体となります。もう一つは搭乗前検査陰性でウィルスの増えた人です。
午前9:53 · 2021年5月18日·Twitter Web App