2006年〜4価のガーダシル（米国メルク社・MSD)が発売
2007年〜2価のサーバリックス（GSK社）が発売
日本では、2009年10月に女性へのサーバリックスの使用が承認され、
2010年に接種費用が公費によって負担されるようになり、
2011年にガーダシルの承認が続いた。
2013年4月に予防接種法に基づき予防摂取が制度化された。
2013年6月14日の専門家会議では、
接種のあと原因不明の体中の痛みを訴えるケースが30例以上報告され、
回復していない例もあるとして、
厚生労働省は定期接種としての公費接種は継続するものの、
全国の自治体に対して積極的な接種の呼びかけを中止するよう求めた。
2013年7月5日、世界保健機関 (WHO) は公式声明の中で、
「日本が報告する慢性疼痛の症例は、同様の徴候が他国で認められないことにより、
2013年時点ではHPVワクチンを原因として疑う根拠に乏しい」とコメントし
日本の方針転換を疑問視した。
WHOに独立した科学的助言を提供するためにWHOがメンバーを選出した
ワクチンの安全に関する国際委員会 (GACVS) の2014年3月の声明では、
日本の複合性局所疼痛症候群（CRPS）等の報告について言及し、
「2013年に検討したが因果関係は認められなかった」とした。
GACVSによる、2015年12月の声明では、
日本だけが接種の勧告を中止していることに関して日本を名指しで指摘し、
「若い女性が本来なら避けられるはずのHPVの脅威に暴露されている、
弱いエビデンスに基づく政策決定は、安全で有効なワクチンの使用を妨げ、
真の被害を招きうる」、と厳しい見解を示した。
日本国内で報告されている有害事象について、
日本の専門部会でも関連性を否定しているのに、
ワクチン接種推奨再開についての合意に至っていないとして、
国として科学的なエビデンスに従った判断を行い、
予防接種計画を遂行する必要性を強調した。