女性から高い人気をもつ化粧品・バス用品メーカー「リリアドロップ」。
同社の経理部に勤めるOL・八重島麻子は重度の汗っかきであることがコンプレックスで、制汗や消臭に気を使う日々を送っていた。
そんな麻子はある日、同社の商品開発部に勤めるプランナー・名取香太郎から「君のにおいを嗅ぐとインスピレーションが湧く」と言われ、新商品開発のためにとにおいを嗅がれることとなる。
当初は香太郎の行動に困惑してばかりの麻子だったが、自身を必要としてくれる様子から次第に惹かれていき、香太郎もまたにおいを通して麻子に惹かれ、2人は体を重ねた後に交際を始める。
第1巻 - 第5巻（アニメ 第1期）
桐山零は、幼いころに交通事故で家族を失い、父の友人である棋士、幸田に内弟子として引き取られ、15歳でプロ棋士になった。
幸田の実子の香子たちとの軋轢もあり、六月町にて1人暮らしを始めた零は1年遅れで高校に編入するが、周囲に溶け込めず校内で孤立し、将棋の対局においても不調が続いていた。
自らの境遇を停滞していると感じていた零は、ある日先輩棋士に無理やり付き合わされたあげくに酔いつぶされ、倒れこんでいたところを川本あかりに介抱されたことがきっかけで、橋向かいの三月町に住む川本家と出会い、3姉妹と夕食を共にするなど交流を持つようになる。
そんな折、獅子王戦トーナメントにて、義姉の香子を巡る因縁を持つ棋士・後藤との対決に零は気炎を上げるが、それを意識するあまりに己の分を見失い、格上であるA級棋士の島田を侮っていたことを島田本人に見透かされて、大いに恥じる。
その後、島田と後藤の対局を見た零は、ひとつ自分の殻を破り、島田の研究会に参加する。
学校生活でも、担任の教師・林田の提案で将棋部を設立することになり、紆余曲折を経て放課後理科クラブと合体した放課後将棋科学部（将科部）に所属し、部活動を体験する。
こうした様々な人々に関わることで、少しずつ零の心境に変化が生じていった。
第5巻 - 第9巻（アニメ 第2期）
進級後しばらくして、零は川本家の次女・ひなたがいじめ問題に巻き込まれたことを知る。
いじめられていた同級生をかばったことで、今度は自身がいじめの標的になり、それでも自分がしたことは間違っていないと叫ぶひなたを見て、幼いころ抱えた心の傷から救われた零は、何があっても彼女を守ると誓う。
同じころ、新人王トーナメントの対局中に二海堂が倒れ、重い病気（慢性の腎臓病）を隠しながら将棋を指し続けていたことを知った零は、自身の力を尽くさず、千日手に持ち込んで二海堂を棄権に追いやった行為に怒りを燃やし、山崎を決勝で破り新人王になる。
その後、ひなたのいじめ問題も一応の解決を見、新人王を獲得して将科部の面々から祝福を受けた零は、名人位のタイトルホルダーである宗谷との記念対局に臨んだ。夏休みに入り、零が通う高校への進学を決意したひなたのため、零は家庭教師としてひなたの受験勉強を支援する。
ひなたは無事合格し、高校生活のスタートを切った。
第9巻 - 第11巻
入学後すぐに友人もでき、明るく楽しげなひなたの様子に、零は遠くから見守りつつ安堵する。
しかし、川本家の祖父・相米二が不整脈で入院した直後に、家を出て行ったはずの3姉妹の実父・誠二郎が突然姿を現し、一緒に暮らそうと提案する。
誠二郎の魂胆は、3姉妹を家から追い出し、そこに新たな妻子を移り住まわせることにあると、3姉妹の伯母・美咲から聞いた桐山は、教師の林田や先輩の野口の助けを借りて情報を集め、あまりに無責任な誠二郎の実態を知る。
誠二郎の目論みを阻止するため、零はそれを川本家に暴露したうえ、自分は「ひなたの婚約者」であると宣言する。誠二郎を一旦引き下がらせることには成功したものの、ひなたには零自身の想いが伝わっておらず、その後も足踏み状態が続くこととなる。
それでもあきらめない誠二郎は、零が大阪で藤本雷堂との対局の間に川本姉妹を言いくるめようとする。
対局を急戦で勝った零は、三月町に戻り誠二郎と会う。
誠二郎は川本姉妹の異母妹を連れてくるという強硬手段に出るものの、あかりとひなたからの絶縁宣言を受け入れざるをえず、異母妹とともに帰っていった。
第12巻 - 第16巻
相米二からあかりが抱える心の問題を聞かされた零は、解決策としてあかりの伴侶を探すことを思い立つ。
川本家の夏祭りの手伝いの中、その場に居合わせた島田と林田に、あかりの伴侶としての可能性を見いだした。
並行して、二海堂とともに東洋新聞社オープントーナメントの本戦に挑むが、絶好調の辻井に手も足も出ず早々に敗退してしまう。
それに対して、二海堂が宗谷名人相手に善戦したのを目の当たりにし、嫉妬を覚えるとともに名人の視界に留まるための修練を改めて誓った。
トーナメント戦の終了後、零は川本家との魚釣りに島田・林田を誘うなど、あかりとの接点を持たせようと立ち回る。
ひなたと仲良く振る舞う零であったが、当のひなたは零とあかりが付き合うべきと島田たちに漏らしてしまう。
林田らの職団戦と学校生活最後の文化祭が重なったことを残念に思う自分に気付いた零は、自分の世界がいつの間にか広がっていたことを自覚する。
ひなたは再度「おねいちゃんと零ちゃんはお似合い」と口にするが、それは父のときのように、零の心をあっけなく失うのではないかという恐れが言わせるものであった。
島田や横溝の計らいで文化祭後半に間に合った零は、後夜祭の中、ひなたに改めて自身の想いを告白。結婚宣言以来の互いの認識のズレを解き、告白を受け入れた彼女と、恋人同士としての交際を進めていく。
時を同じくして、獅子王戦の予選を勝ち進む零は、準決勝で野火止あづさ、決勝で彼の師匠の田中太一郎と対局する。辛くも両名を退けて本戦出場を決めるが、対局中「真っ暗な部屋」に放り込まれる感覚が、以前よりも早まっていることに恐怖を覚える。
零自身は、原因として「強い棋士と当たる機会が増えた」「他の棋士が、自分への研究を深めてきた」「『居場所を求めるが故の、将棋の神様との偽りの契約』に対する報い」「ひなたとの交際による心のバランスの変化」である、と考えた。
零は一人で解決しようとしていたが、ひなたに諫められ、二人で一緒に問題に向き合うことを約束する。
その後、「真っ暗な部屋」に放り込まれる感覚から解放された零は、島田研究会のメンバーがひしめき合う獅子王戦の決勝トーナメントで、二海堂との久々の公式戦に臨む。
世界的推理小説家の父を持つ高校生探偵・工藤新一。ある日、殺人現場で居合わせた謎の組織の取引現場を目撃する。
謎の組織の一員に口封じのために毒薬を飲まされた新一は命はとりとめたものの、薬の副作用によって小学1年生の姿になってしまう…。
こうして彼は江戸川コナンと名乗り、周囲で次々に起こる事件を持ち前の推理力で解決しながら、元の身体を取り戻すために謎に包まれた黒の組織の陰謀を追っていく事になった。
