Z=1 - 12「プロローグ」
高校生の大木大樹は、以前より想いを馳せていた小川杠に自分の気持ちを告白しようとしていた。
その宣言を聞いた幼馴染の石神千空から心の籠っていない激励を受け、大樹は杠を学校のクスノキの木の前に呼び出して告白に臨む。
ところがその刹那、突如空が眩く発光し、地球上の全人類が一斉に石化するという怪現象に襲われてしまう。
五感を失い身動きが取れない大樹は、「杠への想い」だけを糧に長い年月を耐え続けた末に石化から復活するが、目前には樹木が生い茂り、風化した景色が広がっていた。
大樹は一足先に石化が解けて目覚めていた千空と再会を果たし、彼からこの世界が自分達の時代からおよそ3700年経過しているという現状、そして人類が消えて滅んだ世界で自力で文明を再建させるという決意を聞かされる。
自分達の石化が解けた原因が「石の腐食」であると考え、約半年に渡る実験を経て石化を解く「ナイタール」を完成させる。
早速、完成品を杠に使用しようとしていた矢先、野生のライオンの群れと遭遇してしまった二人は、逃走する途中“霊長類最強の高校生”と詠われていた格闘家である獅子王司を復活させて助けてもらい、危機を脱する。
しかし、司は自身の思想に合わない人間を容赦なく排除する危険人物だった。
司の本性を知った二人は杠を復活させ、司を倒すために一時的な逃走を図る。
司に対抗できる力を得るため、一同は千空の提案で、火薬の原料である硫黄確保に箱根へと向かうが、その動向を推察した司もまた箱根へと追跡に向かう。
箱根についた三人は遠くに上がる狼煙を見て、自分達以外にも生きている人間の存在を知るが、司に杠を人質に取られ、やむなく復活液のレシピを司に教える。
「科学文明の破棄」を目論む司は千空に科学文明を発展させないと約束を求めるが、純然たる科学の徒である千空は、最期まで彼の脅迫を頑なに断り続け、遂に頸椎を折られて殺害されてしまう。
大樹は友の死を嘆き、その遺体を抱えて杠と共に司から離れるが、千空の人格を知る大樹はそれゆえに「杠を庇って千空が死んだ」事実に疑問を抱く。
実は千空の首筋には石化が残っており、千空は石化解除時には治癒の効果もあるという仮説を立てていて、それによる蘇生に賭けたのだ。
その意図に気付いた大樹と杠は残された復活液をもって千空の蘇生を試みる。
Z=13 - 45「第一部 STONE WORLD THE BEGINNING」
復活に至るまでの間千空の意識は、自らが最初に石化から復活し、原始に戻ったこの世界に復活してからのことを夢に見ていた。
千空は地道な努力で石器・道具・炎・食料・服・住居を順番に手に入れていく。
そして石化した大樹を見つけた千空は彼を復活させるために、自然発生していた硝酸を用いてトライアンドエラーを繰り返していた。
夢の中で千空は大樹に復活するよう呼びかける。その叫びが現実における大樹の呼びかけとシンクロし、ついに千空は蘇生復活した。
千空は、自身の生存を司が知らないことを利用して大樹達に、司についていって監視するよう促し、自身は単独行動で司に対抗できる「科学王国」の建設を目論む。
大樹、杠としばしの別れを告げた千空は、狼煙を上げていた謎の少女コハクと出会い、彼女に案内されて集落の存在を知らされる。
しかし、集落の住民のほとんどは警戒心が強く、余所者である千空を村に入れようとはしなかった。
千空はコハクと、村の外れで妖術（科学）の研究をしている変わり者のクロム、無垢な子供のスイカ、村の番人である金狼・銀狼兄弟という協力者の力を借り、村人達に取り入って「科学王国」の人材（マンパワー）に手に入れよう画策する。
そこで猫じゃらしでラーメンを作って村人へ配り、その対価として労働力を提供してもらおうとした。
ところが、その現場にて村の近辺に潜み紛れ込んでいた司サイドのメンタリストあさぎりゲンと遭遇する。
しかし千空達がコハクの姉ルリを助けるためのサルファ剤を作る過程において発電を成功させる姿を見て、ゲンは千空側に寝返るか司側に留まるかで思いを揺らがせる。
だが、状況に迷い様子見を行っていたゲンは、村の覇権を得ることを願うマグマ一派に襲われて大怪我を負う。
間一髪のところを千空達に救われたゲンは「ささやかな願い」を口にし、千空は科学の力でそれを必ず叶えることを約束する。
その約束を信じたゲンは、司の元に戻り「千空は死んだ」と報告し、その生存を隠した。
一方で千空は村の凄腕職人カセキといった協力者を増やし、村の長を決める御前試合の前日には、ついに残る材料が「酒」のみとなった。
仲間の誰かが長とならなければルリへの薬の投与が実現しないため、御前試合に出る予定ではあったが、優勝すると薬の原料となる酒が手に入ることも知り、どんな手段をもってしても仲間を優勝させることを決意する。
その一方でマグマ一派も村長の座を得ようと画策していた。
千空達は自らの知恵と技術を駆使してマグマ一派との激突を制す。結果として千空が優勝、新しい村長となった。
そして、サルファ剤を完成させてルリの命を救うことに成功し、無事に病気から快癒した彼女から千空が聞かされたのは、自らの育ての父であり、宇宙飛行士であった石神百夜が宇宙にいたことによって石化を逃れて、この村を創り上げる始祖となるまでの物語『百物語 其之百 石神千空』であった。
物語に託されたメッセージにより、「科学復興・人類救出という願いが、正しく百夜の遺志である」と知らされた千空は改めて父の遺志を継ぐことを決意。
村人たちもまた千空を支えることこそが村の始祖の遺志であることを知り、石神村は新たなる結束の時を迎えた。
Z=46 - 82「第二部 STONE WARS」
石神村が新たなる結束を迎えたのも束の間、ついに獅子王司が武力による村の制圧に乗り出す。
そのことをゲンから知らされた千空は石神村の人々と共に、司軍の対策に乗り出す。
司の腹心・氷月を筆頭に襲撃してきた刺客を千空達は、日本刀により撃退する。
双方とも冬ごもりに入り、春の決戦に備えて千空は情報戦の重要性を説き、携帯電話（トランシーバー）を作り始める。
千空達はその過程で真空管の作成を始めるが、真空管の超高熱に耐えられるフィラメントを作れずに行き詰まる。
代用策を千空が考えている途中で年を越し、皆と初日の出を見ることになるが、クロムが集めた石の中よりスイカが見つけた灰重石─タングステンが、朝日が昇る一瞬の紫外線に反応する。
千空、クロム、マグマの三人組は電球とバッテリーを携え、タングステン採取のためにクロムが灰重石を拾った川の上流にある洞窟の中を探索、その途中でマグマが正式な仲間となり、洞窟の奥の鉱脈でタングステンを初めとした様々な種類の貴重な金属を採取することに成功する。
その後、石神村で千空に対し、ゲン発案でサプライズ誕生日プレゼントとして天文台が送られる。
携帯電話が完成した日、千空はルリが発した伝承の一言から、百夜が遺していたガラスのレコードを発見する。
レコードに封じられていたリリアンの歌声を聴いたゲンは、自身の声帯模写とレコードの歌を使って司帝国の人々に「アメリカは既に復興している」という偽の希望を持たせ、司帝国を瓦解させる作戦を立案する。
千空も作戦を了承し、ゲン、クロム、マグマが大樹、杠の元へ携帯電話を運ぶことになり、千空達は村を見張っていた氷月の部下・ほむらへの陽動を仕掛ける。
陽動と、電話のベルを使ったモールス信号による連携でほむらの捕縛に成功し、クロム達は大樹達が作った「千空の墓」に携帯を埋めることに成功する。
しかし、穴を掘るときの硬い岩盤を割った音を聞きつけた羽京に察知され、ゲンのみを逃がす。
無事、大樹達と連絡を取った千空とゲンにより、大樹達の監視をしていたニッキーを仲間に加えることに成功するが、一方でクロムは捕縛されてしまい、千空達は救出のため司帝国の近くに砦を作ることを決め、物資の運搬用に蒸気自動車を作る。
クロムの捕らえられている牢屋に突撃するため自動車を戦車に強化するが、司も千空が蒸気機関を作ることを想定し罠を張っていた。
罠に気付いたクロムは見張りの陽の隙を突き、有り合わせの物を用いて作り出した次亜塩素酸ナトリウムを使って牢を破り脱走。
千空達に合流した。さらに死者を出さないことを条件に、千空達の策略に気付いた羽京と手を結ぶことに成功する。
準備が整った千空達は奇跡の洞窟（硝酸の洞窟）を僅か20秒で制圧するが、そこに司と氷月が現れ、最後の戦いの幕が開いた。
圧倒的な強さを誇る二人に対し、コハク達が時間を稼いでいる間に千空は硫酸、硝酸、石鹸からニトログリセリンを調合、ダイナマイトを作り出して司と対等に交渉することに成功する。
司が文明崩壊前、“霊長類最強”のファイターとして格闘大会で戦うなどして賞金を稼いでいた理由は、臨床的脳死となった妹・未来の生命維持費を稼ぐためだったと推測した千空は、石化現象の修復作用なら未来を助けられる可能性を提示し、司も停戦に同意する。
発見した未来の石像に復活液をかけ、無事に未来の目を覚ますことに成功するも、司を殺す機会を窺っていた氷月が本性を現す。
司は槍で左胸を貫かれ、陽が脱走させたほむらにより奇跡の洞窟も崩壊してしまう。
千空と司は氷月の野望を阻止するためにタッグを組み、即席のスタンガンで氷月を破る。
戦争は終結し、千空は石化現象を逆用して重傷を負った司を助けるため、本格的に石化現象の解明に取り組むことを決意する。
Z=83 - 137「第三部 Dr.STONE」
千空は、司をコールドスリープさせて延命させるための冷蔵庫を制作し、一時的に司の命を止めた。
また、百夜の遺した情報から石化光線の出所が南米大陸だと掴んでいた千空は海を渡るため、船の建造を宣言。
村民と旧司帝国民の間で軋轢が起こることを危惧したゲンの提案により外洋航海船の設計コンペを開催し、千空の帆船が全会一致で採択される。
船の建造がはじまると共に、千空は司が復活者選定の情報源としていた南に、船長の心当たりを聞き、彼女の案内で七海龍水を復活させる。
船を一瞥した龍水が、材木の質に問題があることを指摘されるが千空はそれを予期しており、帆と動力ハイブリッドの機帆船とすることになるが、そのための燃料として石油を探すこととなった上、船長報酬として石油の所有権は全て龍水のものとなり、千空達は龍水から石油を購入する必要に迫られる。
千空達は現在の静岡県に位置する相良油田の捜索を開始するが、約3700年の間に発生した富士山の噴火に伴う天変地異が原因とみられる地形の激変が発覚。
新しい日本地図を制作する必要に迫られ、地図作りのために気球を制作することになる。
杠達の尽力により気球は完成、同時に余った麻布で作った洋服を売り出し、順調に軍資金も確保する。
気球からの地図製作と平行し、龍水の提案で長期航海用の保存食探索も始まり、ヤギや小麦を発見。
農耕を開始し、同時にパンを試作するもの、千空達の技術ではまともなパンを焼けなかったため、龍水の執事兼シェフであるフランソワを復活させ、無事パンの問題は解決。
復活液を提供した南との取引で制作したカメラで撮影した航空写真を見たコハクと、食材として捕らえた中にいた油くさいイノシシのおかげで、ついに油田を発見する。
石油を発見した千空達は、ガソリンとガソリンエンジンのテストとしてモーターボートを作り、さらに海上での正確な位置を知るためのGPS（無線方位信号所）を制作する。
ところが、GPSのテストの最中に謎の通信が入り、千空達以外の謎の存在がいることが判明する。
「ホワイマン」と名付けられたその存在に対抗するため、また航海のため千空はレーダーを制作。
それを見たクロムは、地中レーダーとして活用することを思いつき鉄鉱石の鉱脈を発見、不足しつつあった鉄の確保に成功する。
一方で帆船作りは、大型船建造の経験者がいなかったため行き詰ってしまう。
千空は計画を変更しようとするが、大型帆船製作を諦めない龍水は自ら模型を作り、それを正確に拡大することを提案し千空も了承する。
帆船の再建造に合わせて工業レベルの向上も行われ、西暦5741年9月10日、ついに科学船ペルセウスが完成する。
龍水の選抜した乗組員を乗せ出航した一行は、まず、かつて百夜達が不時着した島を目指すことを決める。
ルリから、百夜が伝承として残した百物語の全容を聞いていた千空は、鉱石に関する話の中に「宝箱」という単語が何度も出てくることに気付き、百夜達はダイヤモンドその他、希少な鉱石を宇宙船ソユーズの帰還船の中に、後に復活した人類のために保管したと推測。
宝箱の中に眠っているであろうプラチナを入手できれば、石化復活液の無限増産が可能になるという。
その話を聞いた名無しの村人は自身がその島の出身であり、幼いころに拾われたことと自身の名前が「ソユーズ」であることを明かす。
ソユーズの存在により島に石神村と分家した人々が住んでいることが発覚したため、嵐に紛れて島へと上陸する。
千空、コハク、ゲン、ソユーズが偵察隊として上陸した一方、船ではスイカが密航していたことが発覚して騒ぎになっていた。
しばらくして偵察隊からの無線に船が応答しなくなったため、不審に思ったゲンとソユーズが望遠鏡で船の様子を見ると、船にいた全員が石化してしまっていることが発覚する。
ソユーズが思い出した記憶から、島には人を石化する何かとそれに対抗する人々がいることが判明し、ほどなく一行は島の住人の少女を発見する。
その少女アマリリスの話によれば、「頭首」と呼ばれる支配者が、人々を石化させる爆弾で武力支配しており、幼いころに友人を石化されたアマリリスは頭首に対抗するため、後宮へ嫁いで石化爆弾を奪おうと考えていたという。
アマリリスに協力を持ち掛けれた千空達はコハクを一緒に潜入させることに決める。
頭首の軍勢が調査していた船から薬品を乗せたスチームゴリラ号を、石化を免れ線内に潜伏していた銀狼とスイカに回収させ、皆はアマリリスに案内された海蝕洞「サファイアの洞窟」に隠れた。
調合したシャンプーや化粧品で飾ったコハクとアマリリス、護衛として女装させた銀狼を、鉱石ラジオの原理で作ったインカムを持たせて後宮へ潜入させることに成功した千空は、次に石化爆弾を空中でキャッチするためにドローンの制作を宣言する。
頭首の棲む大木に絡めとられた宇宙船ソユーズを発見したコハクは、千空の作った無音爆弾で、ソユーズの内部保存のため百夜たちが作っていたコンクリートを破砕、保存されていたものを千空に届けることに成功する。
コハクの発見した砂金に紛れていたプラチナを入手した千空は硝酸製造機を作り、海に棄てられてしまったカセキの石像を探すため、まず潮の流れが読める龍水を復活させる。
龍水が発見し復活させた大樹の活躍もあり仲間達の石像は全て回収され、ドローン作りも佳境となった一方、コハク達は頭首の側近であるモズに正体を見破られてしまう。
また、銀狼は頭首がすでに石化して死亡しており、島の実権は宰相イバラが握っていることを知ってしまい、イバラに致命傷を負わされてしまう。
コハクは銀狼を助けるため、銀狼とともにわざと石化する。アマリリスはそれを伝えるため逃げ戻るが、モズに追跡されて隠れ家がバレてしまう。
しかし千空達はモズの不審な行動から、彼がイバラを殺そうとしていることに勘付き、石化武器を持っているのがもう一人の側近キリサメだけだと推測。
ゲンによる交渉の末、モズと一時的に同盟を結ぶことに成功する。
モズが攪乱を行っている隙に千空達はモズと敵対した時のために拳銃を制作、ドローンも完成させて準備を終え、海哭りの崖で決戦を挑む。
千空達はキリサメに石化装置を投げさせるが、コハクが持っていたインカムに目を付けていたイバラは千空達の作戦を盗み聞きしており、偽物でおびき寄せている間にペルセウスを奪って島全体を石化光線で包むことを画策していた。
イバラの策に気付いた千空達は二手に分かれ、一方は警備が手薄になった頭首像の奪取、一方は時間稼ぎを行う。
イバラによって破壊されていた頭首像を修復する間、追い詰められた千空は最後の手段として船内で拘束されたまま石化していた氷月を復活させ、氷月も千空側につく事を決める。
イバラがオオアラシを使って島全体を石化しようとした際、像回収チームによりイバラの悪事が明らかにされるも、イバラはキリサメを石化し、オオアラシに石化装置を飲み込ませて島の中央へと走らせる。
オオアラシを追う千空達だったが、あえなく石化装置は発動してしまった。
オオアラシの石像を破壊し石化装置を取り出したイバラだったが、千空はクロムの作戦により千空は生き残っており、最後の戦いにもつれ込む。
イバラが石化装置を投げた瞬間、千空が復活させていた龍水が予定通りドローンでキャッチし綱引き勝負となる。
千空はカウントに合わせて手を放すが、イバラも帽子を投げつけて石化を阻止する。
発動した石化装置に龍水が突っ込み、インカムを石化装置に取り付けてイバラの元へ届けると、千空は遠隔で石化装置を発動、イバラを石化させて勝利する。
Z=138 - 211「本章 石化の真相」
戦いを終え、仲間達を復活させた千空。
村に残ったルリからの通信を受けている最中、再び通信に割り込みが発生する。
それは千空と同じ声で石化装置を発動させ、地球全土を巻き込もうとする通信だった。
羽京は、通信の声はボーカロイドなどと同じ合成音声であると断言。
大樹が海底から回収してきた古い石像松風を復活させ、彼から石化装置は空から降ってきたという話を聞く。
その話を聞き、電波の方向を計測した千空は、ホワイマンがいるのは月面である事を突き止め、月に行くためのロケットを作ることを宣言する。
手に入れた石化装置で司を復活させると、ロケットを作るためにコーンの街、超合金の街、アルミの街、数学の街、ゴムの町を作る計画を立案する。
まず、多くの人を石化から復活させるのに必要となるアルコールの原料になると同時に、食糧にもなるコーンの街を最初に作ることを決める。
そこでアメリカ種の良質なトウモロコシを手に入れるべく、ペルセウスで太平洋を横断して、カルフォルニア州サクラメントまで到達するが、そこには千空と同じ自力復活者のDr.ゼノが待ち構えていた。
ゼノの右腕であるスタンリーに飛行機で襲撃されるが、逆に飛行機を鹵獲し、武力で先行するゼノに対抗するためペルセウスを空母に改造し始める。
一方、ゲンが敵側に潜入するが、ゼノも医学生の少女ルーナをペルセウスへ潜入させ、スタンリーに千空を狙撃させる。
重症を負った千空は寝返ったルーナの治療を受けながら指示を出し、ゼノの居城への侵入はクロムに一任する。
2週間後、千空は改造した飛行機でのドッグファイトに勝利するも、密かに接近していた潜水艦より強襲してきた兵士にまたもペルセウスを占拠される。
しかしクロム達により司らはゼノを捕獲することに成功して千空たちと合流。
千空たちはボートを奪い、ペルセウスのメンバーの一部をコーンの街作りのため北米に残し、自分たちは追ってくるスタンリーをかわしながら南米へ向かう。
千空とゼノの知見を突き合わせ、石化光線の発信源がマナウスである事を突き止め、途中で出会った地理学者チェルシーの協力を得てバイクをクラフトして南米を縦断。
辿り着いたマナウスで見たのはピラミッドのごとくうず高く積み上げられた無数の石化装置の山だった。
千空はこれを利用して石化装置の解析を開始し、コーンシティーチームに時計技師のジョエルを復活させて分解させた結果、石化装置の動力源が小さなダイヤであることを発見する。
スタンリーを倒すために石化装置で自爆する戦法を使うことに決めるが、ダイヤ電池の制作が上手くいかず、次々と仲間たちが致命傷を負っていく。
千空はダイヤ電池の最後のピースが劈開面にあることに気付き、通信で話を聞いたジョエルがダイヤ電池を完成、ホワイマンが送り続けていた通信を利用して再び全世界を石化させて戦いに勝利する。
数か月後、事前に作っておいたショックキャノンを利用した自動装置で復活液の瓶が割れ、スイカだけが復活する。
スイカは千空が残していたメモに従い復活液の製造を始め、失敗を繰り返しながらも7年の歳月をかけて千空を復活させる。
順次仲間達も復活するが、明らかに死亡していた氷月が蘇生したことで石化装置は人間に永遠の命を与える力があることが判明。
この事が知れ渡れば、やがてディストピアが誕生すると考えた千空、司はゼノを目覚めさせ、協力を約束させる。
ゼノを仲間に加えた科学王国は、改めて世界中の人々を復活させるべくゼノが開発したロケットエンジンLv1を積んだ新型ペルセウスで世界を回る組、北米のコーンシティ復活組、残ってロケットエンジンの開発を続ける組に分かれる。
世界冒険組となった千空達は各地を復活させる中、ロケットの軌道計算を行う技師として龍水の兄七海SAIを復活させ、彼のためにコンピューターをクラフトする。
コンピューターを杠達に任せ、千空たちもロケット作りの資材集めが大詰めを迎えていた。
しかし、ここに至って千空は月でホワイマンと直接対決するメンバーは地球へ戻らず、石化装置で石化し、助けが来るまで待ち続けるという片道ロケット計画を公表。
これに反発したクロムはスイカと共にSAIの助けを借りながら往復用のロケットを設計しはじめる。
宝島を経由し、ついに日本へと帰還した一行は、出発前に千空が居残り組に課していた水力発電用のダムやロケット発射場を目にするのだった。
Z=212以降「終決章 STONE TO SPACE」
コーンシティでクラフトしていたコンピューターが届き、着々と準備が進む中、石化装置の劣化を防ぐため真空パックを行い金庫へ保管するが、突如石化装置が勝手に起動するという事件が発生する。
石化装置を監視することと月にいるホワイマンの所在を探るべく、千空はテレビカメラをクラフトし、人工衛星を打ち上げる計画を発表する。
