雄英高校入学編（第1巻 - 第2巻）
中国の軽慶市での「発光する赤児」の報道以来世界各地で超常現象が報告され、世界総人口の約8割が超常能力“個性”を持つに至った超人社会。
“個性”を悪用する敵（ヴィラン）を“個性”を発揮して取り締まるヒーローは人々に讃えられていた。
主人公の緑谷出久も幼い頃から平和の象徴と謳われるヒーローオールマイトに憧れていた。
出久は超常能力が発現しない“無個性”だったが、ヒーローになるという夢を諦めきれず、偉大なヒーローを多く輩出してきた偏差値79の国立雄英高校の難関ヒーロー科への進学を目指すが、幼馴染みで優秀な“個性”を持つ爆豪勝己をはじめとした周囲からは「合格は絶望的」と馬鹿にされていた。
中学3年生時のある日、出久はヘドロ・ヴィランに襲われてオールマイトに救われる。
出久はオールマイトに“個性”がなくてもヒーローになれるかを質問。
その際、オールマイトは突然目の前で痩せ衰えた姿トゥルーフォームになってしまう。
オールマイトは約5年前に敵との戦いで重傷を負い、後遺症で“個性”の活動時間にも制限があるという秘密を明かし、出久に“個性”があっても命懸けの職務であるヒーローを諦めるよう促す。
その直後、出久はオールマイトから逃亡したヘドロ・ヴィランが、爆豪を人質にしている現場に遭遇する。
この時、自らを顧みず爆豪をなりふり構わず救おうとする「ヒーローとしての素質」を示したことで、出久はオールマイトに「君はヒーローになれる」と認められる。
そして出久は、他者に譲渡することが出来るオールマイトの“個性”のワン・フォー・オールの後継者に指名される。
オールマイトの指導の元、身体を鍛える努力の末に“個性”を受け継いだ出久は、高倍率の入学試験を突破し雄英高校への合格を果たす。
出久は、爆豪や入試で知り合った麗日お茶子や飯田天哉、推薦枠で入学した轟焦凍と共に1-Aクラスとなり、担任の相澤消太、教師として赴任したオールマイト、全員が現役のヒーローで構成された教師陣の下で、個性的な仲間たちと共にヒーローを目指す。
しかし、平和の象徴であるオールマイトの抹殺を目論む敵（ヴィラン）連合が、様々なヴィランを結集させて動き出していた。
USJ襲撃事件編（第2巻 - 第3巻）
入学したものの、出久は受け継いだ“個性”による強大なパワーを上手く使いこなせず、入試や授業の実技では“個性”を使用しては、力の反動で体に大きなダメージを負う状況を避けられずにいた。
そんな頃、死柄木弔の率いるヴィラン連合は、隔絶した施設である「ウソの災害や事故ルーム（USJ）」で初めての災害救助訓練授業中の1-Aの前に現れる。
ヴィラン連合はオールマイトを狙っての襲撃作戦だったが、活動限界の問題で予定を変更し不在だった。多勢のヴィランを相手に相澤や災害救助科目担当教師の13号が奮闘するが、改造怪人の脳無とワープゲートの黒霧に倒される。
少人数ずつに分断され、ヴィランの脅威にさらされた生徒たちは、それぞれで戦うことになる。
出久も「水難ゾーン」で蛙吹梅雨と峰田実の3人で協力してピンチを乗り切る。
高速で移動する“個性”を持つ飯田は、助けを求めるためにUSJを脱出する。
いち早く危機を察知して駆けつけたオールマイトは、「対オールマイト用」脳無と戦闘し撃退すると同時に、活動限界を迎えてしまう。
オールマイトは死柄木に追い詰められるが、出久が救けに割って入ったことと、飯田が呼んできた教師陣が到着したことで危機を脱する。
教師たちは死柄木が同伴した大勢のヴィランを捕縛するが、死柄木と黒霧に逃げられる。
オールマイトは出久に、今回の戦いで無理をしたため、活動限界はさらに短くなったと告げる。
雄英体育祭編（第3巻 - 第5巻）
USJの襲撃事件の2週間後に迫っていた雄英体育祭は、警備強化の上で予定通り行われることになる。
雄英体育祭は、日本のビックイベントの1つとまで言われるもので、全国のプロヒーローはスカウト目的で見るものでもあり、この場でプロに見込まれれば将来が拓けることになる。
そんな時、出久はオールマイトに呼び出され、自分の後継者として体育祭で名を轟かせてほしいと頼まれる。
障害物競争
体育祭当日は、USJの件もあり例年より1年ステージに注目が集まっていた。
1年ステージ主審のミッドナイトによる司会進行、実況はプレゼント・マイク、イレイザー・ヘッドの解説で始まり、今年の第1予選である第1競技は障害物競争で、スタジアム外周約4キロをコースを総勢11クラスが同時にスタートする。
スタートと同時に“個性”の「氷結」によって後続を妨害する轟がリードし、それを爆豪が追いかける展開になる。最終関門の地雷原には、この2人が先に突入し、遅れて入った出久は未だ調整できない自身の“個性”を使わずに、拾ったロボット装甲に乗って地雷源にダイブし爆発を利用し前へ飛ぶことでトップ2人を抜き、障害物競争を第1位でスタジアムに帰って来る。
予選通過は上位42名で、1位緑谷出久、2位轟焦凍、3位爆豪勝己となる。
騎馬戦
予選を通過した42名で行われる第2競技は騎馬戦。基本は普通のものと同じルールだが、騎馬が崩れてもアウトにはならず、第1競技の結果に応じて各自にポイントが振り分けられ、15分間に騎馬構成員の合計ポイントを記した鉢巻を奪い合って、獲得したポイントで勝敗を決し、上位4チームまでが決勝戦に進めるというもの。2位3位が200余ポイントであるのに対し、1位だった出久には飛び抜けた一千万ポイントが与えられたため、上位の人ほど狙われるルールの中で、チーム決めの交渉タイムで出久は避けられてしまう。
しかし、「仲良い人」という理由のお茶子と、目立つこと目当てのサポート科の発目明からチームを申し込まれる。
出久は飯田にも声をかけるが、飯田は出久に挑戦するとして断ったため、同じA組の常闇踏陰を加えた4人で騎馬戦に臨むことになる。
爆豪は切島鋭児郎、瀬呂範太、芦戸三奈と組み、轟は飯田、八百万百、上鳴電気と組んだ。
出久は、圧倒的なポイント数で周りから狙われるが、発目の自作したサポートアイテムやお茶子の“個性”で機動性を高め、常闇の“個性”黒影(ダークシャドウ)の全方位中距離防御で激しい攻撃をしのぐ。
その間、爆豪チームはB組の物間寧人のチームにポイントを奪われてしまう。
さらに激しい嫌味で煽られた爆豪は、物間の立てた作戦の合理性をも凌駕する勝利への強烈な執念で、物間の持つ全てのポイントを奪取してみせる。
一方、残り時間半分の時点で轟チームと対峙した出久チームは、残り1分まで攻勢を耐えていたが、これまで知らされていなかった飯田のレシプロ・バーストによってポイントを奪われてしまった。
残り20秒弱、出久がワン・フォー・オールを使ったことで動揺した轟から常闇が高ポイントの鉢巻を1枚奪い、結果は1位轟チーム、2位爆豪チーム、3位は普通科の心操人使チーム、4位緑谷チームとなった。
決勝戦は総勢16名からなるトーナメント形式の1対1の対戦方式。
ルールは相手を場外に落とすか、行動不能にするか、降参の意志を示させることが勝利の条件。
決勝1回戦
組み合わせが決定し第1回戦の第1試合、緑谷×心操のバトルが始まる。
心操の“個性”は、彼の問いかけに答えた者を言いなりにするという洗脳で、心操は出久を挑発し応答させることに成功する。
出久は洗脳によってライン際まで行ってしまうが、一瞬、指先だけ動き“個性”を暴発させて、その衝撃で洗脳を解いて心操を場外へ投げ出し勝利する。
第2試合は轟×瀬呂は轟の勝利。
第3試合は上鳴×B組の塩崎は塩崎の勝利。第4試合の飯田×発目は、発目が自分のサポートアイテムを宣伝しまくった後に、自ら場外に出て飯田の勝利。
第5試合の芦戸×青山は芦戸の勝利。
第6試合は常闇×八百万は常闇の勝利で、なすすべ無く瞬殺された推薦入学者である八百万は深く自信喪失する。
第7試合、切島×B組鉄哲は切島の勝利。
そして第8試合は爆豪×麗日。
出久はお茶子に策を授けようとするが、騎馬戦で出久に挑戦した飯田を見て、自分は出久に甘えていたのではないかと反省し、策を断り自力で闘う覚悟を決める。
お茶子の“個性”で浮かすには触れなければならないため速攻を行うが、爆豪は持ち前の運動神経で迎撃をしてお茶子を近づけさせない。
お茶子は低姿勢の突進し続けることで、爆豪の打点を下に集中させ爆破で瓦礫を発生させ、それを空中に浮かせて瓦礫の流星群を降らせることで出来るであろう隙に間合いを詰め浮かせようとするが、爆豪の最大火力の爆破で消し尽くされてしまう。
お茶子は限界がきて行動不能で爆豪の勝利となり、決勝第1回戦は終了する。
決勝2回戦
第2回戦第1試合は緑谷×轟。
出久はそのときに制御できる5％の出力ではなく、100％の力をもって迫ってくる轟の氷結を次々と破っていくが、あっという間に両手が壊れていく。
しかし轟も自身が冷気に耐えられる限度があるため、氷結が弱まり動きも鈍くなってくる。
轟は左から発生する“個性”で熱を使えば解決するものの、父から受け継いだ炎は使わずに父親の拘る1番になることで、母親を苦しめた父親のエンデヴァーを完全否定をしようとしていたため使おうとはしない。
轟の家庭の事情と決意を明かされていた出久は過去に縛られている轟を救うため、受け継いだ“個性”であっても、自らの力であることには違いがないと檄を飛ばす。
轟は出久の言葉によって自分の本来の望みや「なりたい自分になって」という母の願いを思い出し遂に炎をも使い両者が全力でぶつかり合う。
その結果出久は場外へ吹き飛ばされ轟の勝利となった。
出久は大怪我を負い、ベスト8で敗退という結果で終わってしまったが、オールマイトは轟への対処について、余計なお世話はヒーローの本質であり、出久にしか導きだせないものがあると激励する。
第2回戦の他の試合も終了し、轟、飯田、常闇、爆豪がベスト4に駒を進めた。
準決勝と決勝
準決勝第1試合の轟×飯田。飯田がレシプロで場外へ投げ飛ばそうとするが、轟が飯田のマフラーを氷で塞ぎ、動きを止めて氷結で行動不能にして勝利。
第2試合の常闇×爆豪。
常闇の弱点である光をフルカウルで爆豪が戦闘中に暴き、爆発の閃光で常闇を降参に追い込み、爆豪の勝利となる。
決勝の轟×爆豪の戦いは、爆豪が優勢に立って轟を追い込んでいくが、ライバル視している出久には見せた炎は使わないでいる轟に怒りを露わにし、炎を使わせようと大技榴弾砲着弾(ハウザーインパクト)を繰り出す。
轟は炎を使おうとするが、迷いから消してしまって爆豪の技が決まり、轟は場外に吹き飛び爆豪の優勝となるが、爆豪は全力のぶつかり合いではない勝利に不本意から怒りまくった。
雄英体育祭1年ステージの結果は1位爆豪勝己、2位轟焦凍、3位常闇踏影となった。常闇と同じ3位の飯田は、兄のプロヒーローインゲニウムがヴィランにやられたため、体育祭を早退してしまっていた。
こうして体育祭は終了し、轟も自分の迷いの原因である過去を清算するために入院中の母親の元へと向かう。
これを機に出久たちを取り巻く環境が変化を見せ始めていく。
保須市襲撃事件編（第6巻 - 第7巻）
出久は職場体験にて、オールマイトの恩師であるグラントリノに指名され、彼の下で「ワン・フォー・オール」を使いこなす技術を磨き上げる。
一方、飯田は兄のインゲニウムを襲撃し引退に追い込んだヴィラン・ステインを探し出すために、職場体験を保須市に選択し向かう。
夏の林間合宿編（第7巻 - 第10巻）
ヴィランの活動が活発化に伴い、事態を急いだ雄英側は本来2年生で取得する仮免に1年生を合格させるため、夏の林間合宿を敢行する。
しかしその場にもヴィラン連合による襲撃が発生する。
神野区の悪夢編（第10巻 - 第11巻）
オールマイトとヴィラン連合の黒幕オール・フォー・ワンとの全面衝突が起きる。
プロヒーロー仮免試験編（第11巻 - 第14巻）
事件が落ち着き全寮制となった雄英生達に、夏の林間合宿で出来なかった仮免合格のための特訓の日々が始まり、そして遂に仮免試験の日を迎える。
ヒーローインターン編（第14巻 - 第18巻）
仮免試験に合格した出久らは、職場体験の発展型であるヒーローインターンを行うことになる。
出久は説明にやってきたヒーロー科3年の通形ミリオの紹介で、オールマイトの元サイドキックだったサー・ナイトアイの下でインターンを行うこととなるが、同時期に作中では絶滅危惧種とされていた極道「死穢八斎會」の若頭オーバーホールが極道復興のためにある壮大な計画を実行しようと画策していた。
雄英文化祭編（第19巻 - 第20巻）
ヴィランの活動が活発する中、ヒーロー科を除く他科の見せ場となる「文化祭」が開催される。
1-Aもクラス総出で他のクラスを元気付けるため「パリピ空間の提供」という出し物に決めて各々で準備を進める。
しかしその文化祭を狙って、動画界のヴィラン・ジェントル・クリミナルが暗躍する。
偶然ジェントル・クリミナルに出くわした出久は無事文化祭を開催するため単身で戦いを挑む。
互いに譲れない想いをぶつけ合い、出久はジェントル・クリミナルに勝利し、文化祭は無事開催される。
出久はその足ですぐさまAM10:00に始まる1-Aの出し物に参加。1-Aの全員で考え抜いたパフォーマンスによって観客の度肝を抜き会場を沸かせた。
その場に来ていた壊理も笑顔となった。
新たな驚異・脳無：ハイエンド編（第20巻 - 第21巻）
オールマイトがいないヒーロービルボードチャートJPが発表されエンデヴァーがNo.1ヒーローとなった。
エンデヴァーは福岡を拠点に活動するNo.2ヒーロー・ホークスの誘いを受けて福岡に足を運ぶ。
ホークスから脳無の目撃情報が全国に出てると話を聞いてた矢先、突如2人の前に言葉を交わすことが出来る脳無：ハイエンドが現れ交戦する。
再生等の強“個性”を持つ脳無：ハイエンドにエンデヴァーは苦戦するも辛勝し、新たなNo.1ヒーロー誕生の幕開けを飾った。
B組との合同戦闘訓練編（第21巻 - 第23巻）
出久はある夜、不思議な夢を見る。
それは“オール・フォー・ワン”と弟が過ごした過去の世界だった。
そこで初めて出久は「ワン・フォー・オール」の歴代の継承者達の姿を目視する。
その翌日オールマイトに夢の事を話した後、出久達A組はB組と共に合同戦闘訓練を行う。
A組とB組が相対する中、ヒーロー科の編入を目指す心操が相澤先生に連れて来られた。
彼も編入への試験を兼ねて合同戦闘訓練に参加する事となった。
第一試合
A組：蛙吹・口田・上鳴・切島・心操 vs B組：塩崎・宍田・鱗・円場。
第二試合
A組：青山・八百万・葉隠・常闇 vs B組：小森・拳藤・黒色・吹出。
第三試合
A組：飯田・障子・轟・尾白 vs B組：角取・骨抜・回原・鉄哲。
第四試合
A組：爆豪・耳郎・瀬呂・砂藤 vs B組：鎌切・取陰・泡瀬・凡戸。
第五試合
A組：緑谷・麗日・芦戸・峰田 vs B組：物間・小大・庄田・柳・心操。
敵（ヴィラン）連合 vs 異能解放軍編（第23巻 - 第25巻）
黒霧を失い今後の活動も危うくなった貧乏な状態の敵（ヴィラン）連合に、突如としてギガントマキアが襲撃を行う。
その戦闘後に敵連合はとある場所にワープさせられた。
そこにいたのは脳無の開発を行っていたドクターだった。ドクターは死柄木に対してオール・フォー・ワン無き後の彼の人間性を問いた。
一方でかつて異能の解放を目的に活動していた異能解放軍が、デストロの遺児の四ツ橋力也（よつばし りきや）と解放軍の意思やデストロの理念に賛同する者達により、異能解放軍は再び結成され活動を再開する。
泥花市にて解放の先導を解放軍にする為に敵連合の壊滅を目論む、異能解放軍と敵連合の戦争が始まる。
冬休みインターン編（第25巻 - 第26巻）
雄英も二学期が終了し、冬休みへと入る。
そしてA組は年明け後の一週間、公安委員会からの要請によりインターンを再開することになった。
それぞれの都合で行く宛が無い出久と爆豪は、轟からの誘いで彼と共に現No.1ヒーローのエンデヴァーの事務所に行くことになる。
当初は2人を歓迎していなかったエンデヴァーは、ホークスから渡された本の暗号を解読し、ホークスと公安が既に秘密裏に動いている事を知り、インターンの真意を理解。
エンデヴァーが3人全員の面倒を見る事になり、それぞれが課題克服に挑戦する事になる。
ヒーロー全員出動編（第27巻 - ）
ホークスが二重スパイとなったことで密かに超常解放戦線の情報を手に入れることができたヒーローが全員動き出す。
