くじら島に住む少年ゴン=フリークスは、幼少期に森でキツネグマに襲われている所をハンターの青年カイトに助けられた。
ゴンはこの時、死んだと思われていた父親ジンが生きており、優秀なハンターとして活躍していることを知る。
それをきっかけにハンターという職業に憧れを抱いたゴンは、ハンター試験の受験を希望。
ジンを快く思っていない里親ミトの出した条件をクリアし、ハンター試験会場へと向かうべく故郷を旅立った。
ハンター試験編
No.001 - No.037（単行本1巻 - 5巻）
ゴンは道中、同じくハンターを志すクラピカ、レオリオと行動を共にし、試験開始直後に出会った同い年の少年キルアとも親しくなる。
4人はしだいに信頼関係を築き、協力しながら試験合格を目指す。
最終的にゴン、クラピカ、レオリオの3人は試験に合格するが、キルアは最終試験のルールに自ら違反し不合格となる。
また、ゴンは試験の最中に出会った殺人狂の奇術師・ヒソカとの因縁を残すこととなった。
ゾルディック家編
No.038 - No.043（単行本5巻）
暗殺を家業とするゾルディック家の一員として、生まれた時から暗殺者として育てられ、今まで一人も友達がいなかったキルアは、ハンター試験中に出会ったゴンと友達になりたいと願うようになっていた。
しかし、キルアを連れ戻そうとするゾルディック家の長男イルミはその思いと願いを根本から否定し、ハンター試験から降りるよう強要する。
イルミに逆らって戦っても絶対に勝てないことを理解しているキルアはそれに従わざるを得ず、自ら合格を辞退する形でククルーマウンテンのゾルディック邸へと戻った。
ハンターとなったゴン、クラピカ、レオリオはキルアを連れ戻すためにククルーマウンテンに向かう。
ゾルディック家の敷地に入るための試しの門（黄泉への扉）から屋敷までの幾つかの難関を辛うじて突破した3人は、遂にキルアと再会する。
天空闘技場編
No.044 - No.063（単行本5巻 - 7巻）
ヨークシンシティでの再会を約束し、クラピカ、レオリオと別れたゴンとキルア。
ゴンはヒソカの顔面にパンチをして受けた借りを返すために修行するとして、キルアの提案で小遣い稼ぎを兼ねて格闘施設・天空闘技場に挑戦する。
そこで少年闘士・ズシと彼の師匠・ウイングに出会う。
ズシと対戦したキルアは彼の異常なまでの打たれ強さに疑問を持ち、それがキルア自身の兄・イルミの強さと関係があるのではないかと考え、ゴンと共に闘技場の最上階を目指す。
2人は順調に勝ち上がり200階に到達するが、2人の行動を調べ先に200階に来ていたヒソカは2人を「まだ早い」と威圧し、2人は動けなくなり200階の選手登録を阻まれる。
予想外の早さで200階に達した2人を心配したウィングは2人の前に現れ、念能力の習得なしでは200階クラスの闘士と戦えば命に関わるという判断から、これまで秘していた念能力の教えを2人に授ける。
念能力の基礎を習得した2人にヒソカは今回は登録の妨害はせず、2人は選手登録を済ませる。
ヒソカはゴンに「このクラスで1人でも勝てたら相手になる」と条件を出して去る。
新たな目標となったヒソカとの再戦に備え、闘士達からの「洗礼」を凌ぎながら念の修行に励むゴン達。
一方で、念の習得はハンター試験合格者に対し秘密裏に課された「裏ハンター試験」でもあった。
くじら島への里帰り
No.064 - No.070（単行本8巻）
ゴンはキルアと共に故郷くじら島に戻り、束の間の休息を過ごす。
ゴンの成長を見てハンターとなった彼に一定の理解を示したミトは、ゴンにジンが残していった箱を託した。
そしてゴンとキルアは、ジンを探す手がかりと思われるハンター専用のゲームソフト「グリードアイランド」（G.I）の存在を知る。
キルアの兄ミルキからの情報で、「G.I」がオークションに出品されることを知ったゴンとキルアは、オークション開催地のヨークシンへ向かう。
ヨークシン編（幻影旅団編）
No.071 - No.119（単行本8巻 - 13巻）
約束の9月、レオリオと再会した2人は、破格の高額が予想されるG.Iを落札するため、様々な方法で資金稼ぎを試みる。一方クラピカは一族特有の「緋の眼」目当てに盗賊集団「幻影旅団」に虐殺されたクルタ族への復讐を遂げ、奪われた眼を回収するため特殊な念能力を身につける。
そして、マフィア「ノストラードファミリー」の用心棒となり、オークションに参加するノストラードの娘ネオンを護衛してヨークシンを訪れる。
彼女は絶対に当たる占い師であり、人体収集家でもあった。また、幻影旅団の一員に加わっていたヒソカは、自らの目的達成のためクラピカに情報を流す。
時を同じくして幻影旅団の団長・クロロは全旅団員を召集し、オークションの全商品収奪を計画する。
だが、ネオンの占いにより主催者側は商品の保管場所を変えていた。
旅団はその罠に嵌まり、刺客を返り討ちにするもののクラピカの攻撃で団員の一人を失う。
クロロは仲間への鎮魂と計画実行、そしてネオンの能力を奪うため自ら会場に潜入する。
マフィアを背後で操る「十老頭」は旅団員に高額の懸賞金をかけ、キルアの父シルバと祖父ゼノを旅団抹殺のため雇い入れていた。
二人はクロロと壮絶な死闘を繰り広げる。クロロは死亡し会場への襲撃を企てた旅団員も全滅した…という誤報に踊らされたマフィアが警戒を解く中、旅団は誰にも気付かれぬ内に商品を手に入れる。
ゴン、キルア、レオリオは懸賞金目当てで旅団員の行方を追うが、ゴンとキルアが捕まってしまう。
旅団にかけられた懸賞金も、旅団員が流星街の出身であることが判明すると取り消されてしまう。
隙をついて逃亡したゴンとキルアは旅団が血眼になってクラピカを探していることをクラピカに伝える。
合流したゴンたち4人はクラピカの仕事仲間・センリツを仲間に加え、旅団のアジトを探る。
一方、クロロはネオンから奪った能力で旅団に迫る不吉な運命を予知していた。
そのことで旅団内部に内輪揉めが起きる。
ヒソカは自分に与えられた予知を能力で偽装し、旅団を街に足止めする。
だが、ゴンとキルアは仇を目の前にして冷静さを欠いたクラピカを庇い再び旅団に捕まる。
残る3人は奇襲をかけ、クロロの捕縛に成功していた。
クラピカは旅団に人質交換を要求する。
グリードアイランド（G.I）編
No.120 - No.185（単行本13巻 - 18巻）
クラピカ達の尽力によって無事解放されたゴンとキルアだったが、旅団にかけられた懸賞金を入手出来なくなった以上、G.Iの落札は最早不可能だった。
2人は「G.Iを落札した人物にプレーヤーとして雇ってもらう」という方針に切り替え、オークションに出品された全てのG.Iを競り落とした大富豪・バッテラが開催したプレイヤー選考会に参加する。
無事合格したゴンとキルアはプレイ資格を獲得し、G.I世界へ突入する。
そこはカードを巡り駆け引きやバトルがくり返される過酷な世界だった。
初心者丸出しの二人は魔法カードの罠にかかり、折角入手したカードも巻き上げられるなど散々な目に遭う。
また、2人は知らぬうちにプロハンターのビスケット（ビスケ）に目をつけられていた。
ビスケは個人的な興味から2人の仲をかき乱そうと企んでいたが、優れた素質を持ちながらそれを生かせていない2人を歯がゆく思い、無理やり2人を弟子にする。
ビスケの過酷な訓練で以前とは比べ物にならない力を身に着けた2人。
キルアは一時ゲームを離れハンター試験を圧倒的な実力でクリアし、晴れてライセンスを取得する。
一方、旅団員たちもまたG.Iに潜入していた。
クロロの占いにより除念師がグリードアイランド内にいると知った彼らは、ゲーム内でクロロに掛けられたクラピカの念を取り除く「除念師」を探していた。
キルアはG.I参加者の中にクロロの名を発見する。その正体は彼の名を騙って参加したヒソカだった。
ヒソカはクラピカの念により旅団員と接触できないクロロからの依頼で、旅団員と接触する機を伺っていた。
本格的に攻略を進めることになったゴンたちは、G.Iがハンターの念能力訓練を目的として、ジンと仲間のハンターたちが作ったものだと知る。
ゴンは様々な協力者を得ながら、ゲームマスターのレイザー、大量殺人鬼「爆弾魔」（ボマー）を倒し、ついにG.Iをクリアする。
キメラ＝アント編
No.186 - No.318（単行本18巻 - 30巻）
G.Iをクリアしたゴンとキルアはビスケと別れ、クリア賞品として得たゲーム内の呪文カードを使用してジンに会おうとするも、それを読んでいたジンの策によってジンではなくカイトのもとへ飛ばされてしまう。
カイト達の仕事に協力する中で、2人は「キメラ=アント」という生物の存在を知る。
その頃、異常成長を遂げた「キメラ=アントの女王」は兵隊蟻を使って人間を襲い、着実に勢力を拡大していた。
カイト一行はキメラ=アントが爆発的な繁殖を始めた閉鎖国家「NGL」に向かう。
女王が捕食した様々な生物たちの特性を得たキメラ=アントたちは巣を作り、食糧として「人間狩り」を行っていた。
カイト、ゴン、キルアは蟻たちを順調に駆逐していく。だが蟻たちも念能力に目覚め始める。
女王はいずれ生まれる王のため3人の護衛軍を産む。その一人ネフェルピトー（ピトー）によってカイトの片腕が奪われ、ゴンとキルアはカイトを見捨てる形での脱出を余儀なくされる。
事態の深刻さに、ハンター協会のネテロ会長自らが、ノヴ、モラウを連れ参戦する。
カイトの生存を信じて救出を焦るゴンとキルアは二人の弟子ナックル、シュートとの勝負に勝つことが出来たら同行を許されることに。
だが、ナックルの実力は圧倒的だった。
ノヴの弟子パームとビスケの指導で、ゴンとキルアは再修業を行うも、修行を通じてキルアが「実力上位の相手から逃げる」性質を持っていることをビスケに見抜かれ、「このままではいずれゴンを見殺しにすることになる」と忠告される。結局二人はナックルたちに勝てず、ゴンはナックルの念能力で念能力を一時的に封印される。
キルアは無防備になったゴンの護衛を終えたら姿を消すことを心に決めていた。
だが目算よりも早くキメラ=アントの王が誕生してしまう。
出産で重傷を負った女王を王は捨て、護衛軍を引き連れ、「良質な食糧」（=念能力保持者）を求めて隣国の独裁国家東ゴルトー共和国を乗っ取る。
残された蟻たちも、王に従う者、独立する者、女王を慕う者など、バラバラに散る。
女王派の蟻たちは女王延命のため降伏する。
ナックルたちはカイトを保護するが、カイトは無惨なゾンビ人形にされてしまっていた。
ゴンの心に憤りとピトーへの憎しみが芽生える。キルアは兄に刺されていた念の針を抜き取り、縛りを解き覚醒する。
王は東ゴルトー国民の中から「良質な食糧」を選び出す「選別」の作業を開始。
それまでの退屈しのぎとして様々な分野に秀でた者たちを集めて勝負し、勝てたら殺すというゲームに興じていた。
そんなとき、盤上競技「軍儀」の達人で盲目の少女コムギと出会う。
王はコムギとの勝負に勝つことが出来ず、彼女との対局にそれまでにない感情を覚える。
パームは偵察のために先行して王宮内に潜入する。宮殿突入作戦は、「選別の日」にモラウ隊とネテロが二面から奇襲をかけること。
キメラアント討伐隊は宮殿への侵入に成功し、護衛軍及び王との闘いが始まった。
キルアは、蟻に改造洗脳されたパームと交戦、パームは正気を取り戻す。
ゴンはカイトを治すためピトーと会うが、カイトはもうすでに死んでいて治療はできないと知る。
怒りのゴンは、全てを代償に自分に念をかけ、最盛期の極限まで肉体を成長させ、ピトーを葬り去る。
一方ネテロは王と対峙し、戦闘を申し込む。
王はコムギとの対局を経て、無意識のうちに人間として生きるのか蟻として生きるのかで揺れていた。
ネテロは使命感から王との決闘を望み、自分に勝てば王の名前を教えることを条件に決闘を実現させた。
王は、未だ知らぬ自分の名に「自己」を見出そうとしていた。
ネテロの能力を以てしても王にはダメージが通らず、奥の手にも耐えきられ、ネテロは重傷と消耗により力尽きる。
ネテロは最後の手段として、小型核爆弾「貧者の薔薇（ミニチュアローズ）」で自爆する。
それでも王は即死を免れていた。
死に瀕していたが、シャウアプフとモントゥトゥユピーの働きによって復活をとげる。
爆発のショックから記憶を失ったが、コムギの存在を思い出し、人間“メルエム”となる。
プフとユピーは、討伐隊残党と戦おうとするも、薔薇の毒に蝕まれ死亡する。
メルエムも死を悟り、最期の時をコムギと過ごすことを望み戦いをやめた。
メルエムとコムギは軍儀を打ちながら、薔薇の毒によってこの世を去った。
会長選挙・アルカ編
No.319 - No.339（単行本30巻 - 32巻）
キメラ=アントとの戦いは王の死をもって終わりを告げた。
生き残った蟻たちは人類との共存を模索するため散っていく。
だが、戦いの代償は大きくネテロ会長は戦死し、ピトーとの戦いで限界を超えた力を引き出すため自らにかけた「制約」と「誓約」によりゴンは瀕死の状態に陥っていた。
ネテロはあらかじめ、ハンター協会の次期会長を「選挙」で決めるようにとの遺言を残していた。
投票方法の取り決めのため、会長直属ハンター「十二支ん」のメンバーが集められる。
その中にはゴンの父ジン=フリークスも居た。虎視眈々と次期会長の座を狙うパリストン副会長とそれを阻止しようとするチードルたち。
ネテロの遺言を聞いたジンはあらかじめ選挙の方法について策を練っていた。
会長の椅子を巡る駆け引きが始まり、投票のためハンターたちが一堂に会する。
ヒソカは新たな獲物を物色するため投票会場に現れるが、そこでイルミと再会する。
選挙はなかなか決着がつかず、ハンターたちと十二支んの質疑応答の席で、息子であるゴンの見舞いにも行かないジンに対し、レオリオは激怒して念能力で一撃喰らわせる。
その出来事が、いい加減な態度を取り続けるジンに反感を抱くハンターたちの共感を得てしまい、レオリオ本人の意志をよそに一躍会長候補に祭り上げられる。
一方、ゴンを除念師の力など通常の方法では助けられないと確信したキルアはゾルディック家に里帰りする。
キルアは、幽閉されている妹（弟）のアルカの持つ力だけがゴンを救えると考えた。
他の兄弟と違い、暗殺者として訓練も受けていないただの子供に過ぎないアルカだが、過去に凶悪な「おねがい」の力で67人もの人間を殺していた。
アルカにはナニカと呼ばれる正体不明の存在が憑いており、シルバは我が子でありながら異なる世界から来た「モノ」として扱っていた。
父の許しを得てアルカと再会したキルアはアルカを連れてゾルディック家を出る。
だが、キルアへの倒錯した愛情からアルカを危険視するイルミはヒソカの協力を得てアルカ抹殺を目論む。
ゴトーらゾルディック家の執事たちがキルアとアルカの監視と警護に就く中、イルミとヒソカによる襲撃が始まり、アルカを連れたキルアは決死行を余儀なくされる。
キメラ=アントとの戦いの最中にキルアはイルミが埋め込んだ「針」を抜き取ることは出来たが、イルミの呪縛から完全に逃れることが出来たわけではなかった。
キルアはアルカを守るため、イルミと対峙することになった。
会長選挙は意外な幕切れとなる。
ゴンの回復をも利用したパリストンが選挙戦を制したがその直後に会長を辞任、チードルが第14代ハンター協会会長となった。
ナニカの力で奇跡の復活を遂げたゴンは「赤毛の少女」として再誕したカイトの元に謝罪に向かう。
その後、ジンと話す約束をしていたゴンは「世界樹」のてっぺんで待つジンと話すため、世界旅行に行くキルア、アルカと別れる。
ようやく念願が叶いジンと会うことが出来たゴンは父からハンターになった経緯や目指すものを聞かされる。
暗黒大陸・王位継承編
No.340 - （単行本32巻 - ）
カキン帝国のホイコーロ国王が、世界の外側「暗黒大陸」への進出を突如宣言した。
しかも探検隊の責任者は、故ネテロ会長の息子を名乗るビヨンド=ネテロであった。
外の世界への進出は人類最大のタブーとされており、近代5大陸の代表V5は外世界不可侵を保つための同盟である。
外の世界には危険に相応のリターンが存在するため、V5の本音としては新興のカキン国に先取りされる事をなんとしても防がねばという思惑がある。
ビヨンドは自らハンター達に身柄を拘束されるも揺るがない。
ハンター協会のチードル会長は、V5からの依頼とネテロの遺言に従い、ビヨンドの監視と暗黒大陸攻略を決定、協会の総力を挙げてリスクの克服とリターン獲得に挑む。
レオリオとクラピカは十二支んに加入した。チードルはハンター試験で暗黒大陸攻略のための人員を補充する。
ビヨンド不在の探検隊は、十二支んを脱退したパリストンが中心となり暗黒大陸攻略計画を進めていた。
己こそがいずれはと考えていた、同じく十二支んを脱退したジンは、ほとんど殴り込み同然で探検隊に加入したが、探検隊のメンバーが自分と同じように夢を追う者達であった事実を理解し、改めて自分を仲間に加えて欲しいと申し出る。
カキンのツェリードニヒ第四王子が「緋の眼」を所有している事を知ったクラピカは、接触のためにワブル王子と契約し渡航船中での警護に就く。
しかしその船旅は、次期王の座をかけた全14王子達によるサバイバルであった。
クラピカは念能力が介在する戦いであることを船内アナウンスで護衛ハンター達に周知させたことで、他勢力から注目を集めることになる。
一方、クラピカの鎖を除念したクロロは天空闘技場でヒソカと対決、仲間から借りた念能力と闘技場の群衆を利用して、ヒソカ抹殺を成し遂げる。
次にクロロはカキンの国宝を狙うと決め、幻影旅団に渡航船へと招集をかける。
しかしヒソカは蘇生の賭けに成功し、次の標的を旅団全員と宣言する。旅団員は2人がヒソカに殺され、あと10人。
渡航船BWは、8月8日に出航した。乗員数は20万人である。
クラピカ追憶編
No.000 （単行本0巻）
本編の前日譚。
親友パイロの不自由な目を治す医者を探すため、外の世界へ行きたいと願うクラピカに、クルタ族の長老から出された条件は3つの試験に合格することだった。
