基本的には主人公の銀時達と周囲の面々が繰り広げる1話から3話程度で完結するドタバタギャグコメディが描かれることが多いが、その中に混じって銀時の過去やそれにまつわる因縁を軸にしたストーリーが進められていく形となっている。
『将軍暗殺篇』以降はストーリー本筋に関わる長編シナリオの連続で構成されており、所々にコメディ的な要素を挟みつつも、主要人物の死の明確な描写といった物語のクライマックスを意識した描写が多く、サブタイトルも簡略化されたりと、全体的にシリアスな作風になっている。
第一訓 - 第八十八訓
江戸時代末期、地球は「天人（あまんと）」と呼ばれる宇宙人の襲来を受ける。
まもなく地球人と天人との間に十数年にも及ぶ攘夷戦争が勃発、数多くの侍たちが攘夷志士として天人との戦争に参加したが、天人の強大な力の前に弱腰になった江戸幕府は、天人の侵略をあっさりと受け入れ開国してしまう。
そして幕府は天人による傀儡政権となり、天人達が我が物顔で江戸の街を闊歩するようになった。
一方で国・主君のために天人と戦った攘夷志士達は弾圧の対象となり、他の侍達もその多くが廃刀令によって刀を失い、力を奪われていった。
天人の襲来から20年後、剣術道場の跡取りである志村新八は剣術を生かす道も無く、意に沿わないアルバイトで姉である志村妙と生計を立てていた。
そんな新八の前に風変わりな一人の侍が現れる。無気力な外見だが未だに変わらない侍魂を持った青年、その名も坂田銀時。
銀時の男気に惹かれた新八は、侍の魂を学ぶために彼の営業する万事屋で働き出す。
やがて万事屋には、戦闘種族である夜兎族の少女の神楽や巨大犬の定春が転がり込んでくる。
そして万事屋として江戸のあらゆる依頼事に首を突っ込む銀時達は、江戸の治安を預かる警察組織・真選組や、かつて銀時が攘夷志士として天人と戦った頃の盟友であった桂小太郎・坂本辰馬・高杉晋助、神楽の父の”えいりあんばすたー”・星海坊主など、様々な人間達と関わり合っていく事になる。
第八十九訓 - 第九十七訓（紅桜篇）
桂はかぶき町で近頃横行する辻斬りに遭い、ある日突然姿を消した。
時を同じくして、刀鍛冶・村田鉄矢の父・仁鉄の打ったとされる妖刀「紅桜」が何者かに盗まれる。
行方を追う銀時たちは辻斬りの正体であった人斬り・岡田似蔵の元に辿り着くが、銀時は異様な形をした紅桜を手に入れていた似蔵の前に敗れて重傷を負い、そして似蔵が所属していた高杉晋助率いる攘夷派のテロリスト集団・鬼兵隊一味によるクーデター計画を知る。
実は紅桜は鉄矢によって意思を持った生物兵器へと造り替えられていて、鬼兵隊は鉄矢の力を借り、紅桜を用いて江戸を火の海にしようとしていた。
万事屋と桂一派は計画を阻止すべく、江戸の上空で鬼兵隊と対峙する。似蔵は紅桜に完全に寄生されて自我を失い、最後は鉄矢の妹・村田鉄子の打った刀によって倒され、鬼兵隊の計画は阻止される。
そして桂は実は生存しており、高杉を説得するために一人乗り込んでいた。
その時、鬼兵隊が宇宙最大の犯罪シンジケート・春雨と手を組んでいたことが発覚。
攘夷思想を放棄してまでもこの国と世界を壊すことに執着する高杉に対し、銀時と桂は次に出会った時は敵として対峙する決意を固める。
第百五十八訓 - 第百六十八訓（真選組動乱篇）
破損した愛刀の代わりとして手に入れた妖刀「村麻紗」の呪いで、ヘタレオタクの「トッシー」へと変貌してしまった土方十四郎。
丁度時を同じくして真選組の元には土方とは犬猿の仲である参謀・伊東鴨太郎が帰陣するが、妖刀の呪いで醜態を晒し続けた土方を謹慎処分に追い込み隊内を掌握した伊東は、局長・近藤勲と副長の土方を暗殺して真選組を完全に我が物にせんと画策しており、裏で人斬り・河上万斉を始めとする鬼兵隊と手を組んでいた。
そして武州行きの列車内で近藤の暗殺を企てるが、伊東派に就いたと見せかけていた一番隊隊長・沖田総悟の寝返りにより阻まれる。
しかし鬼兵隊は元より伊東程度の小物と組むつもりはなく、伊東を利用して内乱を引き起こし、弱体化した真選組を伊東ら反乱分子諸共壊滅させるのが真の目的であった。
しかし妖刀の呪いを打破した土方と、その依頼を受けて真選組を守るべく近藤たちと共闘した万事屋たちの活躍により万斉と鬼兵隊は退けられ、内乱は鎮圧。
伊東も最後は土方との一騎討ちに敗れ息を引き取る。
その後篇末にて、鬼兵隊が仕掛けたこの内乱は、春雨が幕府との密約を結ぶ間に中央から目を逸らすための囮の役割も担っていたことが明かされる。
第二百十訓 - 第二百二十八訓（吉原炎上篇）
銀時の財布を擦ろうとしたスリの少年・晴太。
その理由は地下に存在する遊郭「吉原桃源郷」に捕らわれた自分の母である吉原一の花魁・日輪を買い取り、解放するためだった。
銀時達は晴太と共に吉原に赴くが、吉原を支配する夜兎族の男・鳳仙の命を受けた自警団「百華」の首領・月詠の襲撃を受け、さらには時を同じくして現れた神楽の兄・神威と手下の夜兎達により晴太を攫われてしまう。
銀時は晴太と日輪を解放するために夜兎族最強と称される「夜王」・鳳仙に挑む。
最終的には脱出した晴太によって日の光が開放され、それを浴びて弱体化した鳳仙は敗れ、吉原はその支配から解放されることになった。
第二百九十七訓 - 第三百九訓（かぶき町四天王篇）
銀時の元に突如弟子入りを志願してきたヤクザの元人斬り少女・椿平子。
時を同じくしてかぶき町四天王のお登勢・西郷特盛・泥水次郎長・華佗の4人は、近年稀に見るかぶき町の緊張状態の中、全面衝突が起こるのを避けるために互いに私闘を禁じ、破ればその勢力は他の3勢力により取り潰し、という合意を設ける。
しかしその直後、平子は銀時を罠に嵌め、お登勢が次郎長に斬られて意識不明の重体に陥った上に、スナックお登勢と万事屋は取り潰されることになってしまう。
平子は実は次郎長の娘であり、裏で華佗と組んでいた。しかしお登勢の亡き元旦那・寺田辰五郎との約束を胸に店を護ることを決意した万事屋たちと、万事屋やお登勢との絆から彼らを護るために立ち上がった仲間達の前に、平子達は劣勢に立たされる。
次いで春雨・元第四師団団長としての正体を現した華佗の策略により、平子達ごと包囲されたかぶき町の面々は窮地に陥る。
かぶき町を自分達天人のものにせんとする華佗の目論みをいち早く見抜いていた次郎長も、第四師団の精鋭部隊に囲まれるが、次郎長を追って来た銀時と共にこれを殲滅する。
回復して現れたお登勢の叱咤によって戦意を取り戻したかぶき町の面々によって、華佗が町に放った部隊も全滅した。一旦は退くも、負傷により入院していた四天王を抹殺するために再び現れた華佗の軍勢は、姿を見せた平子によって一蹴される。
平子は贖罪の念から落とし前をつけようとするも、万事屋に制止され、彼らの計らいによって次郎長と涙の和解を果たし、共に旅に出る。
後日談では華佗は春雨の地球部隊の役割として江戸に潜伏にしていた鬼兵隊に捕縛されており、その足で春雨の本部に赴いた鬼兵隊に対して春雨の阿呆提督は、自身の地位を脅かしかねない第七師団団長の神威をも捕らえるよう命じる。
そして神威の公開処刑と同時に高杉をも暗殺しようと企むが、それを察していた高杉の寝返りにより神威が解放され、さらに鬼兵隊と第七師団のメンバー達の乱入により十二師団が神威の側に付くなど形成が完全に逆転し、逃げようとした阿呆提督は神威に始末され、十二師団は高杉と神威により乗っ取られることとなる。
第三百六十五訓 - 第三百七十訓（バラガキ篇）
名門佐々木家の不肖の息子・佐々木鉄之助の教育を真選組へ依頼され、彼を小姓に雇った土方。
彼の性根を叩き直した一方で、街の見回り途中に彼の兄であり真選組と並ぶ江戸の警察組織・見廻組局長の佐々木異三郎との間に諍いを生じ、さらに鉄之助は、かつて自身が所属していた攘夷グループ・知恵空（ちぇけら）党に捕えられ、人質となってしまう。
人質に構うことなく知恵空党を潰し、さらに鉄之助を預かった真選組に責任を取らせて取り潰しに追い込もうとする見廻組だったが、潜入していた銀時の加勢もあって見廻組を制した真選組は、鉄之助の奪還に成功する。
一方の異三郎は事態の終息後、瓦礫の山となった現場に現れた高杉と接触する。
第三百八十六訓 - 第三百九十九訓（一国傾城篇）
かつての伝説の花魁・鈴蘭が老いた今も待ち続ける客を探す銀時達は、その客が先代将軍・徳川定々であるという情報を掴み、江戸城へと乗り込む。
しかし殿中で銀時達は定々の罠に嵌まり、将軍暗殺未遂の罪を着せられて牢に捕らえられてしまう。
そこで銀時達は鈴蘭の本当の想い人が誰であるのかを知らされ、真選組の手引きにより脱獄し鈴蘭の無念を晴らすために大量の護衛達を退けて定々の元に向かうが、その前には暗殺組織・天照院奈落とその頭目・朧が立ちはだかる。
かつての師・吉田松陽の怨敵である定々と朧を前に追い詰められる銀時達だったが、真選組と見廻組の協力を始めとして将軍・徳川茂々の命で江戸中の全ての警察組織が定々の敵に回ったことにより、形成が逆転する。
天導衆の元に逃れようとする定々に対し、茂々は天導衆の介入を制するべく自らも将軍の座を辞すことを宣言。
定々は過去の数々の謀略を暴かれたことにより失脚し、投獄され、後に銀時と同じく松陽の弟子であった高杉の手によって暗殺される。
一方の天導衆は、敵対する一橋派を封じるべく茂々に将軍職の続投を命じるが、茂々はそれ以降天導衆と一橋派の本格的な対立に巻き込まれていくこととなる。
第四百六十三訓 - 第四百六十九訓（死神篇）
自らを「死神」と称する少女・池田朝右衛門と出会った銀時達は、出奔していた彼女の実家である幕府お抱えの処刑執行人一族・池田家にて、当主である十八代目・池田夜右衛門から巷で相次ぐ辻斬り事件の真相を伝えられる。
朝右衛門は、父同然の存在であった先代・夜右衛門が、処刑されるはずの罪人達を秘かに逃がしていたという事実を闇に葬るため、彼を内々に処刑し、主人殺しの謀反人の汚名を背負って一族を抜けたのである。
そして辻斬りを行っていたのは、その罪人達を葬ろうとしていた十八代目・夜右衛門であった。
罪人の中には銀時の名も含まれていた事を知った銀時達は、池田家に救われたその命を以て朝右衛門を守り、逃がすように頼まれる。
だが夜右衛門の真の目的は、かつて一橋派の恨みを買って弾圧の憂き目に遭った罪人達の生き残りである銀時の首を売り渡し、幕閣入り間近と謳われる一橋派に取り入って池田家の名を守ることだった。
しかし銀時の過去を知った朝右衛門は、先代・夜右衛門の処刑人としての矜持を守るべく夜右衛門を打ち破り、銀時らと共に船から脱出する。
己の過ちを悟った夜右衛門は銀時らと朝右衛門を逃がすべく一橋派の追っ手を足止めするも重傷を負い、一連の様子を見ていた一橋喜々によって首を刎ねられて始末される。
そして残された朝右衛門は、彼の後を継いで十九代目・池田夜右衛門を襲名する。
第五百二訓 - 第五百二十四訓（将軍暗殺篇）
殿中で将軍・徳川茂々の暗殺未遂事件が発生。
暗殺を画策した喜々率いる一橋派と手を組んだ高杉と神威は、天子のいる京へと向かう茂々一行を鬼兵隊と春雨、それに一橋派についた伊賀の忍達を率いて次々と襲撃する。万事屋や真選組、そして茂々との絆を胸に再結集したお庭番衆らと共に忍の里・伊賀へと向かった茂々達一行は、一橋派と内通していた裏切り者を始末した百地乱破ら将軍派の忍達と共に、追ってきた鬼兵隊や春雨の第七師団と激闘を繰り広げ、そしてついに銀時は宿敵の高杉と、神楽は兄の神威との一騎討ちに突入する。
だがあと一歩で脱出しようとしていた茂々達の前に、突如天導衆に連れられた喜々が現れる。
喜々は天導衆から、自身は高杉達に利用されているに過ぎなかったことを聞かされて激怒し、高杉達を将軍の命を狙った賊として切り捨て、次期将軍の座を見返りに天導衆に鞍替えしたのだった。
そして両陣営の潰し合いによる消耗を待って現れた天導衆は、先の一件で茂々から預かっていた解官詔書を突き付けて茂々に退位を命じるが、茂々は最後の将軍として国を護るために京で新政権を樹立することを宣言。そして京でかつての仲間達を集め再起を図ろうとするも、喜々の差し金によって裏切った旧友・友之介によって毒針を刺される。
死を悟った茂々は、何も知らない妹のそよの膝の上で眠るように息を引き取るのだった。
第五百二十五訓 - 第五百五十一訓（さらば真選組篇）
新将軍に就任した喜々の下で改革が始動。
手始めに茂々の暗殺を阻止できなかった責務により、近藤と警察庁長官・松平片栗虎に死罪が言い渡され、真選組は解散の上、これまで行われてきた警察行為は代わって見廻組に任せられることになる。
銀時は市井視察において蛮行を働いた喜々を殴り飛ばして捕縛されそうになるが、突如現れた桂が自ら身代わりとして捕えらえ、収監された牢獄で同じく囚われていた近藤に接触。
共闘するべく、彼と同じく捕らわれていた松平を牢獄から救出する。
これに伴って宿敵であった真選組と桂一派は手を組み、近藤と桂を救い出すために彼らが収監された監獄島・黒縄島へと向かう。
待ち受けていた異三郎率いる見廻組および奈落と対峙する真選組と桂一派、そして万事屋。
しかし異三郎は、かつて自身の妻子を守れなかった国と自分自身への悔念から、倒幕勢力の決起を煽り、自身ごとこの国を終わらせようとしていた。
異三郎の真意を見抜いていた奈落は、見廻組ごと黒縄島にいる全ての者を葬るべく島への砲撃を開始し、さらには奈落最強の先代首領・虚が黒縄島に降臨する。虚の圧倒的な力を前に手も足も出ない一行。
なぜかその太刀筋を知っており互角に渡り合った銀時は、その仮面の下の素顔を前に茫然自失となるも、なんとか一太刀を浴びせてその場を逃れることに成功する。
だが彼らの向かった先には、倒れ伏す異三郎と近藤の姿があった。
その姿に絶望する真選組だったが、銀時の叱咤で戦意を取り戻し、最後は仮死状態から活性した近藤や一命を取り留めていた異三郎らと共に脱出を目指す。
後一歩のところで異三郎は見廻組副長・今井信女と自身の弟・鉄之助を庇い、飛び立つ飛行船から落下して死亡。
しかし彼の抗いによって生まれた倒幕の火は国中へ広がり、喜々政権の強引な手法に疑問を抱く家臣は次々と幕府を去ることになる。
そして辛くも脱出に成功した真選組は喜々政権の魔の手を逃れるべく江戸を離れ、倒幕運動に転じるために下野することを決意する。
第五百五十二訓 - 第五百九十五訓（烙陽決戦篇）
喜々政権の指名手配から逃れ地下都市・アキバへと潜伏した銀時達。一方、裏で春雨を掌握した虚の策により兵力の大半を失った鬼兵隊と第七師団は散り散りになり、信女を追って万事屋の元を訪れた鬼兵隊の来島また子と武市変平太は助けを求める。
銀時達は、万斉ら鬼兵隊の残員と桂一派を救出した快援隊と合流し、家族である星海坊主と神威の行方を追うために鬼兵隊の船に乗り込んだ神楽を追って、その一家の故郷である惑星・烙陽へと向かう。
銀時達は待ち受けていた虚の私兵部隊と化した春雨十二師団と交戦し、「三凶星」と称される十二師団きっての実力者、馬董・范界・猩覚をも撃破する。
奈落の攻勢により窮地に陥る万斉らだったが、意識を取り戻した高杉と銀時らかつての攘夷戦争時代の盟友達が再集結したことにより、形勢が逆転。
一方の星海坊主は姿を現した神威と激闘を繰り広げ、駆け付けた神楽が止めに入る中、そこへ突如現れた虚の襲撃を受ける。
星海坊主は死闘の末、虚を退けることに成功するも重傷を負い、それに止めを刺そうとする神威だったが、銀時の妨害に遭って再び激闘を繰り広げる。
止めに入った神楽に一瞬躊躇した隙を突かれて倒されるも、その直後に夜兎の血の覚醒に呑まれてしまった神威。
しかし銀時と新八の加勢もあり、神楽の一撃を受けて自我を取り戻す。
なおも兄として対峙しようとするも妹を攻撃できず、崩れ落ちた神威を、神楽は優しく膝元に抱きかかえる。
そして己の敗北を悟った神威は、馬董ら取り残された春雨の残党らと共に再び海賊として宇宙へと飛び立つ。
一方鬼兵隊を率いる高杉は、朧と互いの信念を賭けた一騎討ちを繰り広げ、撃破する。
朧は高杉に対し、地球ごと自らを滅ぼさんとする虚の最後の計画を伝え、松陽との過去を回想しつつ彼の弟子達に後を託して息を引き取る。
第五百九十六訓 - 第七百四訓（銀ノ魂篇）
ついに地球への侵攻を開始したアルタナ解放軍の兵士達。その傍若無人な振る舞いに、江戸では各地で住民達の蜂起が相次ぐ。
解放軍提督の一人・紫雀と、将軍・喜々らの間で持たれた交渉の末に一度は停戦協定を取り付けた地球側だったが、虚率いる奈落の、地球住民の仕業を装った解放軍駐屯地への襲撃によりそれが潰えてしまう。
紫雀に代わって解放軍の指揮を掌握した提督の一人・圓翔の指示により、ついに解放軍による地球への総攻撃が開始、艦隊の大軍を率いて江戸城を砲撃し、多数の兵士達や破壊兵器が投下され、さらには王蓋・蒼達・孫老師らが率いる荼吉尼・辰羅・夜兎の傭兵部隊までもが動員される。
一方の宇宙では解放軍母船・天鳥船に搭載された惑星破壊兵器・火之迦具土神の起動を阻止すべく、高杉・桂・坂本らが天鳥船船内にて激闘を繰り広げ、馬董や万斉らが戦死するなど多くの犠牲を経ながらも火之迦具土神の起動装置を破壊することに成功。
しかしなおも復讐の憎悪をぶつけるべく、天鳥船ごと地球に落下させるという手段に及ぼうとする圓翔だったが、坂本・桂・高杉との死闘の末についに敗北。
だが喜々の制止により、己の過ちを悟って船の落下の阻止に動こうとした圓翔は、反発した解放軍の兵士に撃ち抜かれて絶命し、巻き込まれた喜々も命を落としてしまう。
地球では江戸の住民達が解放軍の傭兵部隊を撃破することに成功したものの、直後に再び現れた虚により、ついに地球中のアルタナが暴走を始める。
定春や阿音・百音姉妹の奮闘により一時は収まったものの、直後に奈落の襲撃による足場の崩落に巻き込まれた定春がアルタナの奔流に呑みこまれてしまう。
しかしなおもアルタナの内側から暴走を鎮めるべく験力を振るう定春、そしてついに虚との決戦に挑む銀時たち。
真選組監察方・山崎退が首に致命傷を負うなど、多くの者が命を落とすが、亡き父・剣の言葉を胸に戦う意志を取り戻した新八の一撃が皆の戦意を回復し、さらにはアルタナの流れによる供給が途絶えたことで不死の力を失った虚を追い詰める。しかし、後一歩のところで定春が力尽きたことでアルタナの暴走が再開し、虚の回復を許してしまう。
だが戦場に集った江戸の住民達が己の命を験力に変えて定春の命を繋ぎ留め、剣を持つ者も持たぬ者も一つとなって戦う姿に初めて虚の中に「恐れ」の感情が芽生える。
そして銀時らの一斉攻撃によりついに虚を倒すことに成功するが、「君は松陽を救えなかった」と言い残した虚は自らアルタナの奔流に飛び込み、消滅する。
そして瓦礫の山となった戦場の跡に、制御を失った天鳥船の船体が空から落下し、辺りは光に包まれる。
