現代日本に暮らす20年近く引きこもる34歳無職の主人公は、親が死去したのに伴い兄弟に見限られて家を追い出されてしまう。
家を出た後、トラックに轢かれかけた高校生3人を助けようとして事故死してしまう。
ところが目が覚めた時、彼は赤ん坊になっていた。
そして剣や魔法を目の当たりにし、異世界に転生したことに気づく。
ルーデウス・グレイラットに転生した主人公は前世での後悔を振り返り、魔法を覚え、家族を大事にし、懸命に生きて、前世のトラウマを乗り越えて成長していく。
幼年期編（書籍1巻）
独自に魔術の勉強をしているうちにルーデウスの魔術師としての才能に気づいた母のゼニス・グレイラットによって魔族の魔術師ロキシー・ミグルディアが雇われる。
ルーデウスを剣士にしたかった父のパウロ・グレイラットから剣術をロキシーから魔術を教わって成長していくルーデウスだったが、未だに不良たちに虐められたトラウマから外に出ることはできなかった。
そんな中、遂にロキシーから卒業試験をすることを伝えられ、ルーデウスのトラウマに気づかないロキシーはルーデウスを馬に乗せて村を走る。
差別の対象である魔族のロキシーが村人に受け入れられている姿を見たルーデウスはトラウマを克服し卒業試験を成功させ、ロキシーは魔術の腕を磨くために旅に出た。
ロキシーのお陰で外に出られないトラウマを克服したルーデウスは、虐められていたシルフィエットを助けて友達になる。
ゼニスの妊娠中に、メイドのリーリャがパウロと浮気をして妊娠するなど家庭崩壊の危機が訪れつつも、なんとか妹のノルン・グレイラットとアイシャ・グレイラットが誕生し平和な日々を送っていた。
そんなある日、魔術師としての停滞を感じたルーデウスは、シルフィエットと共にラノア魔法大学に行くための相談をパウロにする。
しかし、2人が依存関係になったことを心配するパウロはルーデウスを叩きのめし気絶させ、ルーデウスを貴族の家庭教師にしてロアの町で魔法大学の学費を稼ぐように手配する。
気絶している間に決められたことながらしぶしぶ納得したルーデウスは、パウロのかつての仲間で家庭教師先の貴族に仕える剣王ギレーヌ・デドルディアに連れられて、ロアの町に向かう。
少年期編（書籍2巻 - 6巻）
ボレアス・グレイラット家の令嬢であるエリス・ボレアス・グレイラットの家庭教師になったルーデウスは、苛烈なエリスに苦戦しつつも家庭教師の仕事をこなす。
しかし、10歳の誕生日の翌日にロアの町の上空の魔力が暴走する。
『フィットア領転移事件』が発生し、エリスと共に魔大陸に飛ばされてしまう。
ルーデウスは夢に出てくる正体不明の存在ヒトガミの助言に従い、人々から怖れられている魔族の戦士ルイジェルド・スペルディアに助けてもらい、エリスとルイジェルドの3人で冒険者パーティ「デッドエンド」を結成しアスラ王国フィットア領への帰還を目指す。
一方、ロキシーもルーデウスたちが行方不明だと知ってパウロのかつての仲間であるエリナリーゼ・ドラゴンロードと厳しき大峰のタルハンドの2人と共にルーデウスたちの捜索を開始した。
道中の様々なトラブルをパウロのかつての仲間のギース・ヌーカディアや、シーローン王国第三王子ザノバ・シーローンなどに助けられ解決しながら旅を続け3年。
フィットア領に到着し、ルイジェルドと別れたルーデウスとエリスは、難民キャンプでエリスの家族が全員死亡したことを知る。
エリスと一緒に生きていくことを決意するルーデウスだったが、エリスは旅の途中で七大列強第二位の龍神オルステッドにルーデウスが殺されかけた時に何もできなかったことで、今の自分はルーデウスの足手まといにしかならないと修行の旅に出る。エリスが去った理由を自分に愛想をつかしたと勘違いしたルーデウスは、失意のまま行方不明の家族を探す旅にでる。
青少年期編（書籍7巻 - 12巻）
エリスとの別れから2年、未だ行方不明の母・ゼニスを探して中央大陸北部を旅していたルーデウスの下に、エリナリーゼが現れる。
エリナリーゼはベガリット大陸にゼニスがいるとわかり、パウロとロキシーたちが向かったことをルーデウスに伝える。
ゼニスが無事だと知って安心したルーデウスは、エリナリーゼやヒトガミの勧めでラノア魔法大学に入学することになる。
ラノア魔法大学でアスラ王国第二王女の守護術師フィッツと友達になり、フィッツの知恵を借りつつ再会したザノバやミリス教団教皇の孫クリフ・グリモル、ドルティア族の姫リニアーナ・デドルディアとプルセナ・アドルディア、魔大陸の魔王バーディガーディ、前世でトラックから助けようとした高校生の1人であるナナホシ・シズカなどの特別生たちが関わる問題を解決していく。
