盛り土をしていないが、結果的に問題なかったとして、それは問題ないのか？というと問題があります。
専門家が意見をして、決定機関で決定したことは、たとえそれが誤りでも、実行しなければなりません
（誤りなら、本来は、上申すべきですが）
それに従わずにうまく行ったからいい、ということは決してありません。
たとえば、円建て国債で運用するという決断をしたのに、担当者が勝手に外国の株式で運用したとしましょう。
その株価が上がって、円安にもなったという状況になれば、円建ての国債で運用するよりずっと利益が得られますが、それを誉めることは、まともな企業ではありえません。
それが判明した時点で即クビでしょう。
それはもしそれで状況がうまくいかなかったときに、企業に悪い状況を与えてしまうためで、場合によっては、それによって経営破たんすることすらあります。
今回の豊洲市場においては、どういう意思決定で盛り土をしないことになったのかが、これからわかるのでしょうけど、もし、正式な機関決定をしていないのであれば、上の例と同じことで、責任者が追及されることになるでしょう。