判例タイムズ1484号などで紹介された最高裁判例です(最高裁令和2年9月11日判決)。
請負人が請負代金を請求し(本訴)、注文者が損害賠償請求の反訴を行った場合に、請負人が反訴に対する抗弁として請負代金のうち対当額で相殺する旨の相殺の抗弁をすることが許されるかというのが本件の争点です。
訴訟で請求している債権を相殺の抗弁に供することができるかどうかについてはいくつかのパターンにより肯定、否定の見解があり、いくつかの判例もあります。
相殺の抗弁と重複訴訟の禁止 | 弁護士江木大輔のブログ (ameblo.jp)
本件では、
請負契約における注文者の請負代金支払義務と請負人の目的物引渡義務とは対価的牽連関係に立つものであるところ，瑕疵ある目的物の引渡しを受けた注文者が請負人に対して取得する瑕疵修補に代わる損害賠償債権は，上記の法律関係を前提とするものであって，実質的，経済的には，請負代金を減額し，請負契約の当事者が相互に負う義務につきその間に等価関係をもたらす機能を有するものであり、請負人の注文者に対する請負代金債権と注文者の請負人に対する瑕疵修補に代わる損害賠償債権は，同一の原因関係に基づく金銭債権であるという関係に着目すると，両債権は，同時履行の関係にあるとはいえ，相互に現実の履行をさせなければならない特別の利益があるものとはいえず，両債権の間で相殺を認めても，相手方に不利益を与えることはなく，むしろ，相殺による清算的調整を図ることが当事者双方の便宜と公平にかない，法律関係を簡明にするものである
とした上で、
両債権の一方を本訴請求債権とし，他方を反訴請求債権とする本訴及び反訴が係属している場合に，本訴原告から，反訴において，上記本訴請求債権を自働債権とし，上記反訴請求債権を受働債権とする相殺の抗弁が主張されたときは，上記相殺による清算的調整を図るべき要請が強いものといえる。それにもかかわらず，これらの本訴と反訴の弁論を分離すると，上記本訴請求債権の存否等に係る判断に矛盾抵触が生ずるおそれがあり，また，審理の重複によって訴訟上の不経済が生ずるため，このようなときには，両者の弁論を分離することは許されないというべきである。そして，本訴及び反訴が併合して審理判断される限り，上記相殺の抗弁について判断をしても，上記のおそれ等はないのであるから，上記相殺の抗弁を主張することは，重複起訴を禁じた民訴法142条の趣旨に反するものとはいえない。
したがって，請負契約に基づく請負代金債権と同契約の目的物の瑕疵修補に代わる損害賠償債権の一方を本訴請求債権とし，他方を反訴請求債権とする本訴及び反訴が係属中に，本訴原告が，反訴において，上記本訴請求債権を自働債権とし，上記反訴請求債権を受働債権とする相殺の抗弁を主張することは許されると解するのが相当である。
として、相殺を肯定しています。