2006年4月21日、延暦寺にて指定暴力団山口組の歴代組長の法要を実施した。この件については事前に滋賀県警察から「組織の権力誇示と香典名目の資金集めに利用される」として法要の中止要請がなされていたが、延暦寺側は「これは単なる宗教の行事」として要請を拒絶し、その後、延暦寺内阿弥陀堂において法要式典の中では最高級とされる「特別永代回向」に最高幹部ら100名近い組員が参加し執り行われた。
同寺を含め全国にある約75,000の寺が所属する財団法人全日本仏教会は、約30年前の1976年、全日本仏教徒会議において「暴力団排除」の決議を行っており、また2006年3月13日には全日本仏教会理事長である安原晃が「組織暴力団の義理かけ法要への協力を止めよう」との声明を発表した直後であった。法要後、全日本仏教会は、これらの決議及び声明を無視した延暦寺側に対して遺憾の意を表明した。
警察が暴力団対策法に基づき展開している「暴力団追放三無い運動」の一つである「暴力団を利用しない」という理念に反し、暴力団から布施を受け取る形で「暴力団を利用した」点について、滋賀県警察からの「中止要請を無視」（ここでいう『要請』は官公署としての強制力を持つものではない）し暴力団側の権力誇示に加担した。
後日法要が終わったのち、この式典について延暦寺法務部は報道陣に対し「次からは暴力団の法要は拒否したい」とのコメントを述べたものの批判を避けることはできず、社会的責任を取るべきと判断した同寺は5月18日、大津市内で「一山協議会」を開き、代表役員の執行と、6人の執行局役員全員が責任を取って総辞職した。その中で同寺は寺院関係者及び全日本仏教会への謝罪を表明しており、ホームページにおわびを掲載、宗内の約3000寺に「おわび状」を郵送している。延暦寺が取ったこれら一連の処置の是非については賛否が分かれている。
同寺を含め全国にある約75,000の寺が所属する財団法人全日本仏教会は、約30年前の1976年、全日本仏教徒会議において「暴力団排除」の決議を行っており、また2006年3月13日には全日本仏教会理事長である安原晃が「組織暴力団の義理かけ法要への協力を止めよう」との声明を発表した直後であった。法要後、全日本仏教会は、これらの決議及び声明を無視した延暦寺側に対して遺憾の意を表明した。
警察が暴力団対策法に基づき展開している「暴力団追放三無い運動」の一つである「暴力団を利用しない」という理念に反し、暴力団から布施を受け取る形で「暴力団を利用した」点について、滋賀県警察からの「中止要請を無視」（ここでいう『要請』は官公署としての強制力を持つものではない）し暴力団側の権力誇示に加担した。
後日法要が終わったのち、この式典について延暦寺法務部は報道陣に対し「次からは暴力団の法要は拒否したい」とのコメントを述べたものの批判を避けることはできず、社会的責任を取るべきと判断した同寺は5月18日、大津市内で「一山協議会」を開き、代表役員の執行と、6人の執行局役員全員が責任を取って総辞職した。その中で同寺は寺院関係者及び全日本仏教会への謝罪を表明しており、ホームページにおわびを掲載、宗内の約3000寺に「おわび状」を郵送している。延暦寺が取ったこれら一連の処置の是非については賛否が分かれている。