どっちにしてもウィルスに感染しないかぎり大丈夫なわけで。
あとは、ファイルをサーバにアップロードするときの通信は、もともと暗号化されていないので、感染したしない以前に、「盗聴」できるわけだし。
ブラウザFirefoxのアドオン、FireFTPを使う、つまり攻撃対象になってないらしいFTPクライアントソフトを使うという手もある。
あとは暗号化する方式をとっているSFTP（Secure FTP）などに対応したクライアントを使うこと。
って、改竄されるほどの、ターゲットにたるサイトかどうかというのがまずあるけど（爆）
きゃつらも暇じゃないはずなので（笑）、改竄前・改竄後の効果がさっぱりわからんようなサイトは、アタックしないですよ＾＾；