過剰摂取が招く危険性ヒトにどんな実害があるかはまだはっきりとはされていませんが、動物を使った実験で生殖器官(卵巣や精巣)への有害作用が認められました。そして、女性が過剰摂取した場合、月経期間の延長や周期の乱れ・子宮内膜症などの危険性が高まるとも言われています。食品安全委員会はこれにより「乳幼児・児童や妊婦」の特定保健用食品(トクホ)としての大豆イソフラボンの摂取を推奨していません。