例えばHA蛋白のG346からA2配列でG346はHAでのG1
とか○○領域の配列番号○の欠失とか
こういうアミノ酸配列の相同性を決まった計算式にコンピューターが入れてくれてお答えしてくれるが
その配列がどんな意味があるかは無視されてる
配列についてだけ

系統樹
鳥の病気だったA型インフルエンザが他の哺乳類、アザラシ、クジラも宿主に広がる系統樹で
NP遺伝子の相同性で系統と枝分かれを決めていった系統樹があったのですが
NP遺伝子の相同性で系統をきめていった?もので
HA遺伝子の系統樹、NA遺伝子の系統樹ではありませんが

H7N9がH9N2(赤い大文字)から派生したウィルスならば
高病原性H5N1鳥インフルエンザ(オレンジ色)に近い
深部の細胞に侵入とか横紋筋融解症とか似ていますし
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NP遺伝子の相同性で系統を決めていった場合