データは2014年に収集したデータに基づいております。
2016年現在朱印をされていない寺社も有る可能性があります。
逆に朱印を始められた、復活された寺社も有る可能性があります。
また、歯抜けもあるかと思いますので情報をお持ちの方はコメントよろしくお願いします。
（単純な記載漏れもあるかもしれません）
※予告なく追加、修正などする可能性がありますのでご了承下さい。
【上京区の朱印が頂ける神社一覧】
・下御霊神社
・厳島神社（池の弁天さん）京都御所内
・宗像神社 京都御所内
・白雲神社（御所の弁天さん）京都御所内
・御靈神社（上御霊神社）
・護王神社（いのしし神社）
・首途八幡宮（内野八幡宮）
・水火天満宮
・菅原院天満宮神社（烏丸の天神さん）
・晴明神社
・大将軍八神社
・白峰神宮
・北野天満宮（天神さん・北野さん）
・梨木神社
・靈光殿天満宮
【上京区の朱印が頂ける神社一覧】
・阿弥陀寺（信長公本廟所）
・引接寺（千本ゑんま堂）
・雨宝院
・華光寺（出水の毘沙門さま）
・慧光寺
・慧光無量山本妙興隆寺（本隆寺）
・護浄院
・光照院
・光明遍照院石像寺（釘抜地蔵）
・広宣流布山本願満足寺（本満寺・寺町本満寺）
・三時知恩寺
・慈受院
・出町妙音堂
・浄光寺
・浄土院
・浄福寺（村雲寺）
・成願寺
・清浄華院
・清和院
・相國承天禅寺（相国寺）
┗ 相国寺(承天閣美術館)
┗ 相国寺慈照院
・大光明寺
・大聖寺
・大報恩寺（千本釈迦堂）
・地福寺
・竹林寺
・東向観音寺
・福勝寺（瓢箪寺・桜寺）
・報恩寺（鳴虎）
・宝鏡寺
・法華寺
・法輪寺（達磨寺）
・本禅寺
・本法寺（小川本法寺）
・本満寺
・妙顕寺（顕山）
┗ 十乗院 妙顕寺塔頭
┗ 本妙院 妙顕寺塔頭
┗ 恵命院 妙顕寺塔頭
┗ 寶成院 妙顕寺塔頭
┗ 教法院 妙顕寺塔頭
┗ 善行院 妙顕寺塔頭
・妙蓮寺
・祐正寺
・立本寺（北野立本寺）
┗ 大輪院 立本寺塔頭
┗ 教法院 立本寺塔頭
・佛陀寺
・廬山天台講寺（廬山寺）