データは2014年に収集したデータに基づいております。
2016年現在朱印をされていない寺社も有る可能性があります。
逆に朱印を始められた、復活された寺社も有る可能性があります。
また、歯抜けもあるかと思いますので情報をお持ちの方はコメントよろしくお願いします。
特にこちらに記載のリストは漏れがかなりあると思われます。
※予告なく追加、修正などする可能性がありますのでご了承下さい。
【京都府下（京都市以外）の朱印が頂ける神社一覧】
【宇治市】
・宇治上神社
・宇治神社
・許波多神社
・橋姫神社
・縣神社
【城陽市】
・荒見神社
・水度神社
【八幡市】
・石清水八幡宮
┗ 高良神社 石清水八幡宮摂社
・飛行神社
【向日市】
・向日神社
・倉掛神社
【長岡京市】
・角宮神社（長岡天満宮にて）
・御谷神社（向日神社にて）
・子守勝手神社（向日神社にて）
・春日神社（長岡天満宮にて）
・神足神社
・赤根天神社（向日神社にて）
・走田神社（長岡天満宮にて）
・大歳神社
・長岡天満宮
【京田辺市】
・棚倉孫神社
【木津川市】
・岡田鴨神社
・岡田国神社
【亀岡市】
・亀岡大井神社
・出雲大神宮
・薭田野神社
・鍬山神社
【南丹市】
・生身天満宮
・摩気神社
【福知山市】
・豊受大神社 元伊勢外宮 （元伊勢三社）
・皇大神社 元伊勢内宮 （元伊勢三社）
・天岩戸神社 （元伊勢三社）
・御霊神社
・大原神社
【宮津市】
・和貴宮神社
・籠神社
【乙訓郡大山崎町】
・離宮八幡宮
・自玉手祭来酒解神社
・小倉神社
【伊根町】
・浦嶋神社
【京都府下（京都市以外）の朱印が頂ける神社一覧】
【宇治市】
・開運不動尊
・興聖寺
・恵心院
・三室戸寺
・平等院
・放生院
・萬福寺
【八幡市】
・泰勝寺
【向日市】
・来迎寺
【長岡京市】
・乙訓寺
・光明寺（粟生光明寺）
・長法寺
・楊谷寺
【京田辺市】
・寿宝寺
・酬恩庵（一休寺）
【木津川市】
・海住山寺
・岩船寺
・浄瑠璃寺
・光明山聖法院（銭司聖天）
【亀岡市】
・穴太寺
・神蔵寺
・聖隣寺
・蟹満寺
・神童寺
【南丹市】
・清源寺
・京都帝釈天
【福知山市】
・観音寺
・長安寺
・天寧寺
・楞厳寺
【舞鶴市】
・金剛院
・松尾寺
【宮津市】
・成相寺
・智恩寺（切戸の文殊・知恵の文殊）
【京丹後市】
・如意寺
【乙訓郡大山崎町】
・宝積寺
【相楽郡】
・笠置寺