登場順。太字は「桃太郎電鉄 昭和・平成・令和も定番！」に登場する駅。地域版は含めない(DSのJAPANを除く)。
北海道地方稚内、釧路、札幌、襟裳、函館、富良野、夕張、旭川、網走、トマム、小樽、ニセコ、苫小牧、長万部、池田、登別、北見、帯広、美瑛、江差、森、阿寒、芽室、浜頓別、留萌、増毛、名寄、興部、厚岸、余市、洞爺湖、室蘭、上川、砂川、中札内、利尻、礼文、根室、ススキノ、天塩、松前、八雲、和寒、紋別、羅臼、遠軽、美幌、摩周、斜里、陸別、足寄、中標津、別海、定山渓
東北地方
青森県
青森、弘前、八戸、五所川原、菜の花、三戸、大間、黒石、田子、むつ、竜飛、三沢、金木
秋田県
秋田、角館、秋田沖、横手
岩手県
盛岡、花巻、遠野、釜石、平泉、大船渡、久慈
宮城県
仙台、鳴子、松島、石巻、女川、気仙沼、登米、名取
山形県
山形、蔵王、米沢、新庄、さくらんぼ、天童、酒田、鶴岡
福島県
福島、喜多方、会津若松、いわき、郡山
関東地方
茨城県
水戸、鹿島、土浦、笠間、北茨城、ひたちなか
栃木県
那須、宇都宮、日光、栃木
群馬県
高崎、草津、沼田、前橋、桐生
埼玉県
さいたま、深谷、熊谷、秩父
千葉県
千葉、浦安、勝浦、銚子、幕張、佐原、館山、鴨川、船橋
東京都
東京、上野、新宿、原宿、渋谷、お台場、伊豆大島、八丈島、後楽園、浅草、池袋、銀座、新橋、秋葉原、大久保、日本橋、八王子、品川、千駄ヶ谷
神奈川県
横浜、小田原、鎌倉、横須賀、川崎、箱根、湯河原、中華街
中部地方
新潟県
新潟、妙高、佐渡、湯沢、長岡、上越、糸魚川、魚沼、村上
富山県
富山、八尾、高岡、氷見、新湊、射水
石川県
金沢、和倉温泉、輪島、加賀温泉郷、小松、茶屋街、香林坊
福井県
敦賀、福井、小浜、鯖江、東尋坊
長野県
松本、長野、軽井沢、白馬、木曽、千曲、駒ヶ根、小布施、上田
山梨県
甲府、小淵沢、清里、富士吉田
静岡県
静岡、浜松、熱海、修善寺、富士宮、磐田、下田、三島、松崎、伊豆高原
愛知県
名古屋、豊橋、瀬戸、岡崎、安城、常滑、豊田、栄、名古屋港
岐阜県
岐阜、高山、大垣、中津川、郡上、美濃、下呂、土岐
近畿地方
三重県
松阪、鈴鹿、伊勢、伊賀上野、鳥羽、亀山、津、四日市
滋賀県
米原、長浜、近江八幡、大津、彦根
京都府
京都、宇治、舞鶴、嵐山、祇園、福知山
大阪府
大阪、岸和田、鶴橋、天王寺、なんば、門真、吹田、京橋、北浜、天保山、堺
兵庫県
城崎、神戸、姫路、明石、出石、有馬、豊岡、淡路島、赤穂、三田
奈良県
奈良、橿原、五条
和歌山県
和歌山、那智、新宮、白浜、南部、御坊
中国地方
鳥取県
鳥取、境港
島根県
出雲、松江、津和野、安来、石見銀山、大根島、浜田
岡山県
岡山、倉敷、蒜山、日生
広島県
広島、尾道、福山、呉、宮島、鞆の浦、生口島
山口県
下関、萩、柳井、岩国、長門、宇部、山口、仙崎、湯田温泉
四国地方
香川県
高松、坂出、さぬき
徳島県
徳島、鳴門
高知県
高知、四万十川、須崎、安芸、土佐清水
愛媛県
松山、宇和島、西条、今治、内子、四国中央、道後、大三島
九州地方
福岡県
博多、太宰府、小倉、門司港、久留米、秋月、飯塚、中洲、糸島
佐賀県
鳥栖、有田、佐賀、唐津、伊万里、小城
長崎県
長崎、佐世保、諫早、茂木、壱岐、対馬、五島
熊本県
阿蘇、熊本、八代、人吉、天草、水俣
大分県
大分、別府、湯布院、豊後竹田、日田、中津
宮崎県
宮崎、飫肥、西都、都城
鹿児島県
鹿児島、桜島、種子島、屋久島、奄美大島、鹿屋、知覧、枕崎
沖縄県
那覇、名護、大宜味、本部、金武、久米島、石垣島、宮古島、うるま
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宝くじ駅
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急行駅
静内、和田浦、佐伯、飫肥
周遊駅
せたな、那智、串本、太地、紀伊姫
?駅
静内、鴨川、佐伯、飫肥、阿蘇