東京の中心を各駅に停車しながら60分で一周する東京、いや日本を代表する通勤電車。複数の線区（山手線・東北本線・東海道本線）を走ることや、運行形態が環状運転であるため、運行方向は旅客案内上上り・下りではなく外回り・内回りという表現が用いられる。環状線路の複線外側を左側走行する列車が外回り（時計回り：品川駅 → 渋谷駅 → 新宿駅 → 池袋駅 → 上野駅 → 東京駅 → 品川駅）、複線内側を左側走行する列車が内回り（反時計回り）である。明治後期から大正、昭和初期の当時は先に開業した中央線や地下鉄を除き山手線の内側に入り込むのが難しかったため、私鉄各社はこの山手線に接続する形態を取った。ラインカラーは電車の車体の色に使用されたウグイス色（国鉄黄緑6号）である。
205系は103系の後継として山手線を皮切りに総武線、埼京線、横浜線、京葉線、武蔵野線と投入されたが、後継の登場で、首都圏では数が激減した。
東海道本線
東京から神戸まで598.5kmを走破する日本の鉄道の大動脈の一つ。そのうち、東京から熱海までの区間はJR東日本の管轄である。JR東日本の東海道線列車は、東京駅 - 大船駅間では専用の複線の線路を走行する。並行する山手線・京浜東北線や横須賀線の線路よりもホーム設置駅が少なく、この区間では普通列車も含めて事実上、速達輸送の役割を担っている。かつては寝台特急がたくさん走っていたが、全て廃止され、スーパービュー踊り子だけが走る。ラインカラーは通称「湘南色」と呼ばれる車体の色の一部であるオレンジで案内されている。
211系は、113系の後継として1985年に登場した。東海道本線、高崎線、宇都宮線に導入され、最高時速は110km。東海道本線では2階建て車両も連結していた。現在は長野地区で一部が運用されている。
京葉線
JRの前身である日本国有鉄道（国鉄）の末期に一部区間が開業し、のちの国鉄分割民営化後の2度にわたる延伸を経て1990年（平成2年）に全線が開通した、首都圏のJR線の中では最も新しい路線である。全線開業後は東京から千葉・蘇我まで総武線のバイパス的役割を果たすとともに、東京都心と、沿線の東京ディズニーランドや、幕張メッセ・千葉マリンスタジアムなどのある幕張新都心を結ぶアクセス路線となり、また沿線の船橋市・浦安市・千葉市などの生活路線ともなっている。ラインカラーは赤(ワインレッド）。首都圏のJRでは京葉線のみが使用するカラーである。
中央快速線
東京地区の電車特定区間（E電）の運転系統の一つで、東京都心と東京都中・西部の多摩地域の各都市とを結び、また都心部では各新幹線と接続する東京駅と副都心の一つである新宿とを結ぶ役割を担っている。起源は戦前の1393年（昭和8年）に東京駅 - 中野駅間で運行が開始された“急行電車”であり、その後“快速”と改称されている。国鉄時代に投入された101系電車以降の車両にはオレンジバーミリオン（国鉄朱色1号）が車体色に採用され、これが当路線のラインカラーとして旅客案内などにも使用されている。
201系は103系より省エネルギーな電車として電機子チョッパ制御採用で登場したが、チョッパ制御が仇になり、費用がかかりすぎてしまい、両数は増えなかった。
中央・総武線各駅停車
東京地区の電車特定区間内（E電）の運転系統の一つであり、東京の都心部を東西に貫き、東は東京のベッドタウンとなっている千葉県西部の各都市を経由して県庁所在地の千葉市まで、西は東京都中部の三鷹市まで伸びる通勤路線である。走行する電車の車体や旅客案内などに用いられるラインカラーは黄色（国鉄黄1号）であり、このことから東京近郊では「黄色の電車」「黄色い電車」とも表現される。ちなみに三鷹から御茶ノ水までが中央線の電車線、御茶ノ水から錦糸町までが総武線の支線、錦糸町から千葉までは総武線の電車線。
京浜東北線
京浜東北線は、東京の電車特定区間内の運転系統（E電）の一つであり、東京の都心を南北に縦貫し、北は埼玉県さいたま市、南は神奈川県横浜市・鎌倉市まで結んでいる。ラインカラーはスカイブルーで、車両の車体帯の色や駅施設などにおける案内に使用されている。京浜東北線は正式な路線名ではなく、これは旅客案内上の通称であり、正式な線路名称は東京駅 - 横浜駅間が東海道本線、東京駅 -大宮駅間が東北本線、横浜駅 - 大船駅間が根岸線である。この電車も東京をまたいで走るために上り、下りではなく、北行、南行と呼んでいる。
103系は、101系の後継として山手線、中央線、京浜東北線、総武線、東海道本線、大阪環状線などに投入された通勤電車の代表。現在は関西に一部の103系が残る。
埼京線は東京地区の電車特定区間内の運転系統の一つであり、渋谷・新宿・池袋など都心の山手線西側の各地、埼玉県南部の都市とを結んでいる。路線案内に用いられるラインカラーは緑が使用されている。埼京線」は、複数の鉄道路線にまたがって直通運行される本路線の案内上付与された運転系統名であり、「埼京線」という線路名称が正式に制定されているわけではない。埼京線を構成する鉄道路線の正式名称は、大崎駅から池袋駅までが山手線（山手貨物線）、池袋駅から赤羽駅までが赤羽線、赤羽駅から大宮駅までが東北本線の支線である。
横浜線
横浜線は東京地区の電車特定区間（E電）の路線のひとつであり、横浜市から町田市および相模原市を経由し、八王子市に至る全長42.6kmの路線である。起点の東神奈川駅で京浜東北線（『鉄道要覧』などの書類に記されている正式な路線名称は東海道本線）、終点の八王子駅で中央本線と八高線に接続する。起点の東神奈川駅から先には京浜東北線の横浜駅および根岸線方面に日中の多くの電車と、朝夕の一部の電車が乗り入れている。
横須賀線
横須賀線は、東京地区の電車特定区間（E電）の路線・運転系統の一つであり、東京都心と、鎌倉市や逗子市・横須賀市などの三浦半島内の各都市とを結ぶ路線である。正しくは大船からが横須賀線で、東京から大船の間は東海道本線(品川～鶴見間は品鶴線)。車体の色は青とクリーム色の通称「横須賀色」と呼ばれるカラーリングが伝統的に使用され、旅客案内でのラインカラーはこの車体色の一部に近い色である青が使用されている。
信越本線
元は高崎～新潟間の路線だが、相次ぐ新幹線の開業により、高崎～横川、篠ノ井～長野、直江津～新潟間で分断されている。横川～軽井沢間はJRバス、軽井沢～篠ノ井間、長野～妙高高原間はしなの鉄道、それ以降はえちごトキめき鉄道が代行している。
115系は、高崎、新潟エリアで使用されている近郊電車。113系に耐寒耐雪構造や半自動ドア、横軽対策など、寒冷地での使用を前提にした設備を加えた電車。
常磐線
東京から仙台までを、水戸・いわき・相馬など太平洋沿岸地域を経由して結ぶ路線である。首都圏と沿線各都市を結ぶ特急列車や、日本貨物鉄道（JR貨物）による貨物列車が運行されている。また首都圏側では東京への通勤輸送の役割も担う。名称については、令制国の常陸（ひたち）と磐城（いわき）の頭文字を合わせたものである（常磐自動車道も同様）。なお、磐城国は明治令制国（戊辰戦争後の令制国）である。
415系は、115系をベースに交直流両用に開発した近郊電車。このタイプのほかに211系そっくりな1500番台がある。
奥羽本線
かつては福島から青森まで1つの列車で行くことができたが、現在は不可能。福島から新庄までは山形新幹線、大曲から秋田までは秋田新幹線。秋田から青森までは日本海縦貫線の一部であり、2015年3月まで寝台特急トワイライトエクスプレスが羽越線から乗り入れて青森へ向かっていた。
719系は211系の車体に交流モーターや耐寒耐雪構造を取り付けた電車。東北本線、仙山線のほか、標準軌の山形線の普通電車用の標準軌仕様5000番台がある。
