成田国際空港へのアクセス特急「成田エクスプレス」の専用車両として1991年（平成3年）3月19日に運用を開始。色は白が北極の大地、赤が輝く太陽、灰色が成層圏、黒が無限の宇宙らしい。1990年の製造当初は全編成（21本）が3両編成(Tsc-M-M'c)であったが、うち12本は1992年（平成4年）から1996年（平成8年）にかけて中間車(M1-M'-T)を組み込み6両編成となった（詳細は後述）。2002年の増備車（5次車・200番台）は当初から6両編成である。3両編成で残ったものは、リニューアルと同時に全室グリーン車の開放室を普通車に改めた。
札幌～旭川間の輸送改善のため登場。車体は軽量構造のステンレス製で、客用扉は片開き式のものを片側2か所、両車端部に設ける。先頭車前面は傾斜し、中央下部が突出した曲面構成をもつ。正面には貫通扉を設け、増解結に対応する。外部塗色は正面および側面の窓周りが黒色、客室窓上にはラベンダーバイオレット、客室窓下には萌黄色（ライトグリーン）およびラベンダーバイオレットのツートンの帯を配する。客室窓は781系より大型化され、窓柱を黒くした連続窓風のデザインである。
251系スーパービュー踊り子
「乗ったらそこは伊豆」をテーマコンセプトに、伊豆半島への観光輸送に特化した設計がなされている。伊豆急行の「リゾート21」に触発される形で設計・製造したとされることもあるが、旧来の「踊り子」に使用される185系の内装が、普通列車にも運用されることを想定していたために他の特急形車両に比して若干見劣りすることも、このようにハイグレードな車両を製造したきっかけの一つである。
371系あさぎり
御殿場線と小田急電鉄小田原線を相互直通運転するために登場した車両で、JR東海となってから初めて新造された在来線用特急形電車である。内側は小田急との協定によるデザイン。先頭部の形状は、3次元曲線で構成された流線形非貫通構造で、6枚の3次元曲面ガラスで構成し、屋根部分まで一体感のあるデザインとした。先頭部下部には格納式連結器を装備する。
381系スーパーくろしお
1989年7月22日に、381系車両にパノラマ型グリーン車を連結した列車として運転を開始し、同車を使用した列車は「スーパーくろしお」として、パノラマ型グリーン車を連結していない「くろしお」と区別した。天王寺駅構内の阪和短絡線が完成したことで「くろしお」「スーパーくろしお」が梅田貨物線を経由して新大阪駅・京都駅まで運転されるようになった。2012年にくろしおに統合されて廃止。
783系ハイパーサルーン
JR初の新型車両。軽量なオールステンレス車体が採用された。乗降扉とデッキを車体の中央に配置し、各車両の客室を前後に分割しているところが、他の一般的な車端部に乗降扉を設ける他の特急形車両と大きく異なっている。客室側窓の上下寸法は従来の485系に比べてグリーン車は70%、普通車は35%拡大されており、乗客の視野角が広がるよう配慮された。流線型とされた先頭車の前頭部は普通鋼製で、客室からの前面展望を可能とするため、運転台は客室より低い位置に配置し、傾斜角をつけた構造である。
キハ65形エーデル丹後
宮福線開業により登場したエーデル丹後用の車両。展望席は角が完全に無くなり、側面窓は階段状の客席に合わせた形になった。週末のみ運転される臨時列車であったため、キハ65形の気動車が使用されたため、「ゆぅトピア和倉」で前例のあった電車と気動車の併結運転方式が採用され、福知山線内では「北近畿」の最後部に付随車として連結されていた。全車普通車であったが、団体列車として運用できる車内設備を有しており、行楽客からは人気があり、特に展望席の特急券は入手が困難であった。
キハ65形エーデル鳥取
福知山線経由の特急は1986年にすべて電車の「北近畿」で運転されるようになったが、鳥取方面へは「北近畿」の運転開始によって乗り換えが必要になったため、1往復にキハ65形が投入されて、1989年に「エーデル鳥取」として大阪駅 - 倉吉駅間で運転を開始した。エーデル北近畿なる浜坂駅行きの弟もいた。名は、キハ65形の改造車の愛称「エーデル」（ドイツ語で「高貴な」「気高い」を意味する）に行き先名が付されたものである。
キハ181系はまかぜ
特急形気動車としてその快適性から好評を博していた、在来のキハ80系の設計コンセプトを踏襲しつつ、キハ90系試作車における大出力エンジン開発の成果を踏まえ、国鉄の量産気動車としては初の500PS級大出力エンジン搭載車となった。大出力を利して主に電化前の中央西線や奥羽本線、伯備線、あるいは土讃線など勾配区間が連続する急峻な山岳線区を中心に、特急列車用として投入された。はまかぜは大阪～香住・浜坂・鳥取を結ぶ特急であり、播但線唯一の特急列車でもある。キハ181系が最後まで生き延びることができたのがこのはまかぜだった。
キハ181系あさしお
山陰本線京都駅発着としては最初の昼行特急として宮津線（現在の北近畿タンゴ鉄道）経由城崎駅発着と、福知山駅経由城崎駅発着・倉吉駅発着・米子駅発着の各1往復の合計4往復で運転を開始した。1982年には伯備線の電化により「やくも」から捻出されたキハ181系が使用されるようになり、1986年以降は6往復に増発されて運転されていた。列車名の由来は、「朝に満ちる潮」から採られている。
651系スーパーひたち
名鉄キハ8000系北アルプス
新名古屋と高山を結ぶ国鉄高山本線直通急行北アルプス用に登場した名鉄の気動車。開発コストを抑制し、また国鉄線内では国鉄乗務員が運転するという事情から、運転台と走行性能については1961年から量産されていた国鉄の急行形気動車キハ58系に準じたものとなった。名鉄は直通準急用気動車についても冷房の搭載を決定した。冷房装置は名鉄で初採用のいわゆるポンプレス型で、屋上カバーは排気扇と一体化した連続形に、室内は平ら天井となった。
登場時から常磐線の特急「スーパーひたち」にのみ使用されていたが、2002年（平成14年）12月1日のダイヤ改正で勝田駅始発・終着の「スーパーひたち」は「フレッシュひたち」に変更された。それまで「フレッシュひたち」専用であったE653系と異なり、普通車は、ドアが各車両2か所で乗降がスムーズに行えるためか、その後E653系から651系へ「フレッシュひたち」の運用を替えた列車や、夜間の上野駅発土浦駅行の「フレッシュひたち」といった通勤特急列車にも使われていた。
485系スーパー雷鳥
雷鳥は北陸本線の電化が金沢から富山まで延びたのを機に登場した北陸本線の代表特急列車。1985年からは和風車だんらんなる食堂車改造の和風グリーン車を連結していたが1989年3月10日廃止、翌日から半室ラウンジカーに再改造され、パノラマグリーン車を連結したスーパー雷鳥が登場。湖西線内のみではあるが時速130キロ運転を行った。サンダーバードも最初はこれの派生系だったが、2001年サンダーバードに統一廃止。
「しなの」は、1953年に名古屋駅 - 長野駅間で準急列車として運転を開始し、当初は毎日運転の不定期列車であったが、1956年11月に定期列車化された。1973年5月に中央西線が電化されると、7月からは振り子式車両の381系が投入されて電車化が開始し、1975年3月から全列車が電車で運転されるようになった。名古屋～長野間が主だが、1往復だけ大阪駅発着のしなのがいる。
189系あさま
189系あさま
「あさま」は、1961年10月から1962年12月までの間は小諸 - 新潟間で運転されていた準急連結の列車愛称に初使用された。その後、1962年12月からは1963年9月までは上野 - 長野間の夜行準急列車、また1966年10月から1997年9月までは上野 - 長野・妙高高原・直江津間の特急列車で使用された。189系は、183系に碓氷峠の補助機関車EF63と連結できる機能など碓氷峠通過対策を施した車両。現在は長野新幹線の名称として使用され、北陸新幹線延伸後もそのまま使用される。
183系あずさ
千葉駅、東京駅または新宿駅と松本駅や南小谷駅を結ぶ中央本線の代表的な特急列車。原則として、新宿駅 - 松本駅間を約1時間あたり1本の割合で運行している。2008年（平成20年）3月15日のダイヤ改正で、あずさとスーパーあずさは、一部の時間帯を除いて交互に運転され、停車駅や一部の時刻が大幅に変更された。一部列車は東京駅や千葉駅まで乗り入れる。あの狩人の大ヒットデビュー曲のタイトルにまでになった、鉄道ファン以外の知名度の高い特急。某◯◯にゃんとは関係はない。
183系かいじ
基本的に、新宿駅 - 甲府駅間を約1時間間隔で運行されているが、一部列車は運転区間を延長し、東京駅や竜王駅発着で運転されている。なお、竜王ゆき列車であっても、行先を利用者にわかりやすくするため行先表示器では「甲府 - 竜王」と甲府を主とする形（ただし竜王は甲府より小さく表示）で表示している。昔はあずさだったが、梓川由来のあずさでは甲府発着の列車に相応しい名でないためこの名がついた。
183系わかしお
特急「わかしお」は、 1972年に総武線快速の東京駅乗り入れと、房総東線（現外房線）蘇我駅 - 安房鴨川駅間が電化されたことにより、東京駅 - 安房鴨川駅間を総武本線・外房線経由で運転を開始し、下り6本と上り5本（このほか季節列車3往復が設定された。「わかしお」の名称は、小潮の時期から大潮の時期に掛けて干満の差が大きくなる潮のことで、黒潮の別名とも言われる「若潮」が由来となっている。
183系さざなみ
特急「さざなみ」は、1972年に運転を開始し、当初は、新宿駅・東京駅 - 館山駅・千倉駅間を中央本線（新宿駅始発・終着列車のみ）・総武本線・外房線・内房線経由で運転された。沿線である東京湾内湾の小さく立つ波を表す「漣」「小波」「細波」（いずれも読みは「さざなみ」）が由来となっている。2005年のダイヤ改正以降本数が大幅に削減され、現在日中帯の列車は臨時列車に変更されている。
特急「あやめ」は、東京と千葉県北東部・茨城県鹿行地域を結ぶ列車として、成田線成田駅 - 松岸駅間の電化完成後の1975年3月から東京駅 - 鹿島神宮駅間で運行を開始し、エル特急に指定された。当初は4往復であったが、1982年11月に急行「鹿島」の1往復を統合し5往復体制となった。一時は1往復にまで減少したあやめだったが、銚子行きのすいごうと成田行きのホームタウン成田を吸い込んで今に至る。
183系北近畿
1986年11月、福知山線の新三田～福知山間と山陰本線の福知山～城崎間の電化により、それまで運転されていた気動車特急「まつかぜ」や急行「丹波」に替わる特急列車として登場。車両は485系を改造した183系800番台を使用。現在はこうのとりと名を改めての運行。
485系白鳥
大阪駅から京都駅、福井駅、金沢駅、富山駅、新潟駅、酒田駅、秋田駅、弘前駅を経由して青森駅に至る、総運転距離1013kmの日本最長距離の昼行特急。このカラーはJR東日本の上沼垂所属車でこのようにボンネット車にまで波及した。2001年廃止、津軽海峡に名を残す。
トワイライトエクスプレス
「ブルートレインを越えた寝台特急列車」をコンセプトに、北斗星を軽く上回る内装、ダークグリーンの見た目など、すべてのことを今までのブルートレイン達とは考えを変えた新しいデザインで大阪駅～札幌駅間に現れた。内装はオリエントエクスプレスをモチーフとして空間作りがなされていて、食堂車、サロンカー、展望席などを連結している。
ブルートレイン北斗星
1988年、青函トンネル貫通に伴う東京～北海道間の寝台特急列車として北斗星が登場。今までのブルートレインよりもトワイライトエクスプレスほどではないが豪華な車内が特徴で、フランス料理が食べられる食堂車グランシャリオ、A寝台ロイヤル、ツインデラックスなどを連結。
ブルートレイン日本海
大阪駅と青森駅を結ぶ寝台特急。日本海縦貫線を白鳥と同じルートで走る。客車はJR東日本の青森車両センターに所属する24系客車が使用されていた。2008年3月14日までは、1号・4号がJR西日本の宮原総合運転所に所属する24系客車で、2号・3号が青森車両センター所属車両で現行と同じ組成編成で運転されていた。運用状況によっては、オハネ24形・オハネフ24形はオハネ25形・オハネフ25形を使用する場合もあった。