写真の場合はRAWで撮影しておけば、WBやピクチャースタイルは後から幾らでも変更できますが、EOS動画の場合は結局はJPG撮影と同等になるので、この辺の融通がききません。
従って、撮影時に決めうちでWBやピクチャースタイルを設定しておく必要があります。
この辺は試行錯誤の連続なのですが、現状は以下のようにしています。
水中動画撮影の場合、とりあえず現状はポストプロダクションの自由度を考えてCinestyleを多く使用しています。
http://bit.ly/xpexZD
WBに関しては、正解は時と場合によって異なるようです。
海の蒼色を全面に出したいときは、「曇り」か「日陰」に設定するとだいたいはうまく行くようです。
それとは別に、たとえば水深10m以内なら青以外の色も数多く存在するので、これらの色を出したい場合はかなり大幅に青を減らすようなWB設定にする必要があります。
陸上であれば白い紙を写してそれを基準にする方法が一般的ですが、水中ではあまり現実的ではありません。その代わりに以下のようにしています。
まず以前撮影した水中写真の白色（フィンやスーツの模様など）を抽出して、これを基準にWBを設定する。
例えば、こんな色が
WBするとこんな白色に写ります。
このWB設定を先ほどの画像に適用すると
かなりカラフルになることがわかるかと思います。（ただし海の蒼色が減少してしまう。）
カラフルな珊瑚礁などを撮るときはこの方法は有効かと思います。
注. 海底の砂が白いと思って、これをWBの基準にしたことがありますが、その場合は撮った映像は赤くなりすぎるようです。あまりお勧めできません。