綿という漢字は本来日本において「絹製品」であることをご存知でしょうか。
洋装が主流になり「綿」という表記は「コットン」を指し示す言葉になっていますが、呉服では特に「絹製品」のことになります。
現在多くは「真綿（まわた）」と呼びますが、木綿も「きわた」という読み方があります。
この「木綿」がコットンです。
植物の状態を「棉」。これを綿状にしたものが「木綿」ですが、木綿が日本に入ってきて生産されるようになったのは、江戸時代なんですね。
そのため、それまでの日本では「綿」といえば絹製品を意味していました。
そこで、それまでの「綿」を【真綿】、新しい「綿」を【木綿】と呼び分け、いつしか木綿が【もめん】と読まれるようになっていきます。
コットンと絹（シルクとはちょっと違います）、どちらも綿なんて紛らわしいですね！(笑)