学校保健安全法では、第6 条に文部科学大臣が「児童生徒等及び職員の健を保護する上で維 持されることが望ましい基準」として「学校環境衛生基準」を定めることが新たに明記されるとともに、「学校の設置者」及び「校長」の責務が明確となった。
学校保健安全法の施行に伴い、学校保健法施行規則（昭和33 年部省令第18 号）が改正され、省令の題名も「学校保健法施行規則」から「学校保健安全法施行規則」に改められた。
文部科学省においては、学校保健安全法の規定に基づき、旧基準である「学校環境衛生の基準」の内容を踏まえつつ、各学校や地域の実情により柔軟に対応し得るものとなるよう必要な検討を進め、告示にふさわしい事項に厳選し、「学校環境衛生基準」（平成21 年文部科学省告示60 号）を策定した。
なお、学校保健法施行規則第22 条の3 において「学校においては、前条の環境衛生検査を行ったときは、その結果に基づき、必要に応じ、施及び設備の修繕等環境衛生の維持又は改善の措置を講じなければならない」と定されていたが、今回の改正で、学校保健安全法第6 条第3 項において、「校長は、学校環境衛生基準に照らし、学校の環境衛生に関し適正を欠く事項があると認めた場合には、遅滞なく、その改善のために必要な措置を講じ、又は当該置を講ずることができないときは、当該学校の設置者に対し、その旨を申し出るのとする」と明確に規定された。
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第1 条 この法律で、学校とは、幼稚園、小学校、中学校、高等学校、中等教学校、特別支援学校、大学及び高等専門学校とする。第12 条 学校においては、別に法律で定めるところにより、幼児、児童、生徒及び学生並びに職員の健康の保持増進を図るため、健康診断を行い、その他その保健に必要な置を講じなければならない。
学校教育法（昭和22 年法律第26 号）において、別の法律で定めるところにより、学校の保健に必要な措置を講じなければならないとされており、これを受けて学校保健安全法が定められている。
学校環境衛生に関する主な学校保健安全法及び学校保健安全法施行規則の規定は、次のとおりである。