ちょっと調べたくなり自分で調べてみたんですが、
なかなか良いページが見つからず。。。
ということで自分でまとめてみました。
ご参考までに。
※2013年3月時点
※他にもあるようでしたら教えてください
【北海道】
・札幌大谷中学（シニア） http://otanisenior.dtiblog.com/
【東北】
・青森山田中学（シニア） http://yamadashinia.89dream.jp/
・弘前聖愛中学（シニア） http://www.seiai.ed.jp/ajnhs/senior/index.html
【関東】
・芝中学（シニア） http://www.shiba.ac.jp/club2.html
・かえつ有明中学（ボーイズ） http://www1.cts.ne.jp/~kaboy/
・東京都市大付属中学（ボーイズ） http://tcubba.web.fc2.com/framepage1.html
【北信越】
・福井中学（ボーイズ） http://www.fukui-ut-fukui-j.ed.jp/gakkouseikatsu/club.php
【東海】
・桜丘中学（ボーイズ） http://www.sakuragaoka-j.ed.jp/j_h/page05.html
・浜松修学舎（ボーイズ） http://www.shugakusha.ed.jp/club/sports/baseball.php
・藤枝明誠中学（シニア） http://fgmeisei.net/club/j001.html
【近畿】
・初芝立命館中学（リトルシニア） http://www.hatsushiba.ed.jp/ritsumeikan/jh/news_jh2.jsp?p_dlineid=00000004&p_dmsgid=00000103【中国】
・英数学館中学（ヤング） https://sites.google.com/site/ejsbbc/
・高川学園（シニア） http://www.takagawagakuen.com/junior/gakkou.html【四国】
・生光学園中学（ヤング） http://www.seikogakuen.ac.jp/junior/club_activity/index.html#baseball
・今治東中等（ボーイズ）
【九州】
・輝翔館中等（レインボー） http://kishou.fku.ed.jp/one_html3/pub/default.aspx?c_id=52
・香楠中学（レインボー） http://www3.saga-ed.jp/school/edq10073/
・長崎海星中学（シニア） http://nkaisei.com/
・神村学園中学（シニア） http://www.kamimura.ac.jp/school_news/jr/cat24/cat29/