テレビ版と違い、紅渡はキバの鎧の伝承者としてファンガイアに、「青空の会」とともに戦っている。ある日渡の元へ民生委員が訪れ、高校へ入らないかと言われ、高校へ入る事となる。渡は、あらゆる部活から引く手あまたなのだが、どうもしっくりこない。同じクラスの少女が弾いていたバイオリンを偶然、耳にしたことから、この少女との接点が浮上する。この少女の母は世界的なバイオリニストであり、教えていたのは父、音弥。そして高校で、囚人杉村が脱走し少女を人質にして、逃走を図ろうとするのだが。渡の機転で事件は解決かと思われたが、これが、これから、起きる大事件の予兆であろうとは、誰一人知らなかった。古代より甦りしレジェンドルガが、キバを倒すため、すでに活動を始めていた。闇の王、仮面ライダーアークを甦らせるために。すでに杉村は、刑務所内で、仮面ライダーアークに身体を乗っとられていたが、いまだ覚醒していないため、レジェンドルガが、脱走と同時に、杉村の身柄を確保しようとしていたのだ。
このままでは、世界は闇に閉ざされる。世界を救うには、過去へ行き、時間軸を変えるしかない。そして、渡は 父、音弥と出会うのだが・・・。
現代に戻って来た渡。破滅は防げたはず。だが、何かが、狂ってしまっていた。
過去から、父、音弥達が渡を心配し駆け付ける。早くに死に別れ、成長を見守る事が出来なかった二組の親子が時空を越え、顔を合わせる。
仮面ライダーアークが覚醒しようかとする頃、新たなる仮面ライダーレイが出現しレジェンドルガと戦い、これをしりぞける。と同時に、ライダーシステムのイクサの廃除を要求する。
実はライダーレイは裏でレジェンドルガと手を組んでいたのだ。
ライジングイクサ対レイ、辛うじてライジングイクサは勝つ。キバと父のイクサでライダーアークを迎え撃つ。アークは3メートルを越える巨大ライダーなのだ。
一度は罠にはまり、捕われの身となった渡。命懸けで助け出した父、音弥 。親子の絆がアークに打ち勝つ。
そして、現実には成し得なかったバイオリンの親子競演が実現し終わると、過去へと音弥達は帰って行った。
・仮面ライダーレイ
雪男をモチーフに作られた人工ライダー。イクサシステムより上を行くのだが、そのため常人には使用できないらしい。
・仮面ライダーアークと杉村
身長3メートル以上。鎧であるため、そのままでは、復活出来ないため、囚人杉村の身体を20年近く前から、乗っ取っていた。覚醒しておらず、意識は杉村のままであった。古代、キバの鎧と戦うが、敗れて封印され、キバの鎧打倒のため復活をレジェンドルガに託していた。囚人杉村は、アークが憑依したため、死刑執行をされても死ぬこともなく、歳も取らなかったため、周囲からは、不思議がられていた。
・レジェンドルガ
ファンガイアより上級の謎の生物。ファンガイアを甦らせ手下にすることも可能なミイラ男や、大食漢のメドウサなど、古代より伝説の怪物がモチーフ。