クラミジアを予防するには、性交渉の際にコンドームを着用する事で、感染率をかなり低く抑える事ができます。
それでも、クラミジアの感染率を完全な0％にできる訳ではありません。
また、オーラルセックスを行う場合には、性器から口（または口から性器）へと感染が起こるため、オーラルセックス専用のコンドームやシートを使用しない場合には、高い確率で感染が起こります。
感染者が咽頭クラミジアである場合には、ディープキスによって口から口へと感染が起こる可能性がありますので、ディープキスは避ける必要があります。
不特定多数の相手と性的な接触を重ねると、その分だけ感染リスクが高くなります。
そのため、きちんとお互いに検査を受けた性パートナーとのみ、性的関係を結ぶようにする事も重要な事です。