クラミジアに感染すると、男性は尿道炎の症状が現れ、尿道口から透明または白く濁った膿が出るようになり、尿道に痒みや痛みなどの違和感が生じるようになります。
女性はおりものに異常が現れ、おりものが黄色や黄緑色に濁ったり、量が多くなったり、臭いが強くなるなどの変化が起こるようになります。
また、不正出血を起こしたり、性交痛や排尿痛が生じる事もあります。
中には全く自覚症状が現われないため、知らないうちに症状を進行させてしまう場合もあります。
また、喉にクラミジアが感染した場合には、喉の腫れや痛み、咳や痰が良く出る、発熱が起こるなど、風邪に似た症状が現れます。
目に感染者の精液や膣分泌液が入るなどして感染が起こると、目の下まぶた（あっかんべーをした時に見える粘膜）にブツブツが現れ、目の痒みや痛み、まぶたの腫れなどが起こるようになります。