在留期間が長い外国人の方の中には、日本在留中にでパスポートの期限が切れる方もいます。

日本にある母国の大使館で更新ができるのですが、日本を出る予定のない方はパスポートの更新をしない方もいます。

在留資格の更新時には通常パスポートの原本の提示を求められます。
が、パスポートが無いからと言って更新ができなくなることはありません。
パスポートが無いことの理由書も特にいらないそうです。
期限の切れた前のパスポートがあれば、それを提示してくれれば審査がスムーズになる、とのことでした。(入管窓口で確認)