ホッジンズとアンジェラの寝室に、皮膚を剥がれて下アゴや内臓を切除された遺体が。息子マイケルのベッド上には血の付いた花びらが並べてあった。連続殺人犯ペラントの仕業だと確信したホッジンズはブレナンとブースを呼び出す。エジプトへ逃れたペラントが戻ってきたのだ。ブースは研究所に情報漏れを防ぐバリアーを張り、必要最小限の人員で再びペラントと対決することに。フリンの情報により被害者は元特殊部隊の兵士と判明する。
ホッジンズとアンジェラの息子マイケルの泣き声で目覚めたホッジンズは、寝室に皮膚を剥がれた男性の遺体が置かれているのに驚愕・・・・。
慌ててアンジェラが息子を見に行くと、ベッドに血の付いた花びらが並べてあった。
ぺラントを犯人とする根拠はなく、アンジェラとホッジンズはブースに殺して欲しいというが、ブースはあくまで司法制度の中で捜査をすると言う。
遺体は皮膚と内臓と下顎骨が取り除かれており、1年以上前から入っていると思われる何かの金属片が胸から採取される。
ホッジンズは血液検査を受けた後、花びらを調べる事になり、エジプト産のクロッカスの一種と判る。
ブレナンが骨を調べると、イラクに派兵された兵士と思われ、特殊部隊の人間ではないか？と考えられた。
ブースとスイーツ、ジュリアン検事が過去のぺラントの犯行を洗い直していると、そこにフリン捜査官が現れる。
そしてフリンは協力すると言い、軍の秘密ファイルを持ってきた。
そのファイルによれば、被害者はアフリカで負傷した兵士だと言い、被害者がザビエル・フリーマンと判明。
ブースとスイーツが自宅を捜索すると、クローゼットの中のロッカーに銃器が多数。
ブースは彼が世界最大の傭兵会社セルベラスで働いていたとフリンに報告する。
セルベラスを訪ね、フリーマンの情報を求めるが、CEOのトムは何も話さず、ぺラントはこちらで探すと言う。
ブレナンの調べで被害者は脊髄に針を刺さされ拷問を受けていたことが分かる。
さらに、ホッジンズの血液検査の結果は毒物のような物は発見されなかったものの、ホッジンズは呼吸の中に毒物のヒントがあると考え、アンジェラと共に薬品を吸い込んで肺の生検を行った。
そんな時、ブレナンにぺラントから電話が入る。
そして君はまだ何も解明できていない！と言い出し、これからヒントを送ると言って電話を切った。
まもなくして、ジェファソニアンに切りとられたサルの人差し指が届く。
ホッジンズはブレナンの使い捨て携帯ですらぺラントに知られているとの事で、彼の祖父が第二次世界大戦で使った暗号機エニグマ使ってアナログでブースと連絡を取ることに。
そして、肺の生検の結果、自分たちの意識を失うのに使われた麻酔ガスを突き止め、扱う会社を特定することが出来た。
ブレナンとカミールがサルの指を調べると、このサルは古代の解剖学者の本でよく使われていたと。
しかし解剖学の父ヴェサリウスはこのサルの解剖の誤りを指摘していたと言う。
ヴェサリウスの解剖学書を見ると、ぺラントが置いた遺体と同じような特徴がある。
そしてぺラントの新しいIDがジャスティン・トリンプルと分かった！とホッジンズからブースに連絡が入る。
そこでアンジェラはぺラントに大量のスパムを送って、その間にジャスティン・トリンプルをネットで検索したらどうか？と考える。
ぺラントがその対応をしている間に、アンジェラがサーバーを突き止め、彼がフリーマンのIDでセルベラスの中にいることが分かる。
ブースとフリンはジュリアンを説得し令状を出してもらう。
そしてブースらは部隊を連れてセルベラスに突入するが、ぺラントはそれに気づき、何かのシステムを起動、脱出を試みる。
ぺラントを追って地下へ行くと、ブースとフリンはぺラントが起動させた自動マシンガンの銃撃にあい、フリンが負傷。
ブースは車で逃走するぺラントを撃つ。
弾は命中したと思われたが、彼はそのまま逃げてしまった。
直後、セルベラスのコンピューターがぺラントに乗っ取られ、謎の文字列が現れる。
ブースは爆撃の際、軍で使う座標だと気付き、座標を入力すると標的がアフガニスタンであることが分かり、無人爆撃機MQ-9が飛んでいることが確認できた。
その頃、ヴェサリウスの解剖図とぺラントの遺体では違う所があり、ぺラントの遺体には無い部分があることが判明。
その解剖図の記号を見ると、M, E, L, Y, C, Uという文字が現れる。
セルベラスのコンピューターはぺラントに乗っ取られてしまったため、アンジェラがジェファソニアンからアクセスを試みるが、パスワードが必要だった。
ホッジンズは解剖図の記号M, E, L, Y, C, Uを並べ替え、「LYCEUM」を入力しろ！と言う。
するとアクセス許可さら、MQ-9はアフガニスタンの小さな学校を攻撃目標としていたことが分かる。
それと同時にホッジンズの銀行口座から金がどんどん引き出されていることに気づき、彼は愕然とする。
アンジェラがサーバーをシャットダウンすればいい！と言うが、そうすれば学校は爆撃されてしまう・・・・ぺラントがホッジンズにどちらか選べ！と言っているのだ。
ホッジンズはアンジェラに爆撃を止めるよう伝え、アンジェラはMQ-9を自爆させたのだった。
さて、ホッジンズは一文無し。
ぺラントは逃げたまま・・・。
エンディング、ぺラントは動物病院を襲い、自分の顔の傷を縫っている・・・。