オハイオ州にあるビルの受付嬢ダーリーンに会いに行くマイケル。マイケルは、ハイデッカーが死ぬ前にそのビルに通っていたことを突き止めたのだ。ビルに忍び込み、技術を奪おうとするマイケルとニキータ。一方、ディヴィジョンで誰かがサーバーを破壊しようとする事件が起きる。
マイケルはそのビルからあるサーバーを盗み出す。
実はハイデッカーがベルファーシステムという会社に行っていたことが分かり、ニキータとマイケルが向かった。
しかし二人がエレベーターの中で閉じ込められ、バーコフとの通信が途絶えてしまう。
エレベーターの止まった階で降りると、電源の入っているPCがあり、画面にはハイデッカーのホログラムが。
そしてかばんを開けるよう指示し、人間の手を見せ、マイケルへのプレゼントだと言う。
手を持ち帰ったマイケルら。
今度はバーコフのPCにハイデッカーのホログラムが映し出され、彼はディビジョンのスキルが欲しいと言う。
そしてある品物を取りかえしてくれれば、手の手術をしよう！と言う。
彼の言うようにある品物を取り返すべく、ある研究所に潜入するニキータ。
バーコフがシステムをハックし、マイケルとジェイソンがハイデッカーの望む品「プリオン」を奪う。
しかしそれに気づかれ、ニキータらは脱出口へ向かうが、途中で、ジェイソンが犠牲になってしまう。
その頃、ディヴィジョン内で、何者かがサーバーを破壊しようとする事件が起き、ソーニャが怪我をしそうになる。
ライアンに頼まれソーニャがターゲットのサーバーを探しだす事に。
そしてショーンとアレックスが犯人を突き止めることに。
アレックスの調べで、犯人のターゲットは追跡装置だったことが分かる。
ライアンは、仲間が集まってから後日爆破させようとするディヴィジョン内の反乱であると確信。
アレックスは自分がみんなにバラした事が理由か？と反論するが、ライアンは早急に動かねば！と言い出す。
ジェイソンの死で反乱軍の仲間が増えていた。
一方で、ショーンとアレックスは、爆弾を発見し、ショーンは罠を仕掛けておびき出そうと言う。
アレックスはニキータらがミッションを続ける限り、反乱の規模は膨らむだけだと言うが、ニキータは首謀者を見つけてみんなの前で裁く！と言う。
ニキータとマイケルは、プリオンと交換でマイケルの手のオペをするというハイデッカーに対し、プリオンの容器に爆弾を仕掛け、指定の場所に向かった。
モニターに映ったハイデッカーは、ニキータにビルの下でプリオンを渡せと言い、その取引を確認したらマイケルのオペを完了させると言う。
マイケルは危険を承知でニキータに取引に行くよう説得、手術台に座った。
そしてオペ完了の直前に再びハイデッカーが映し出され、車が来たからプリオンを渡しに行け！と命令。
ビルの下へ向かうと、プリオンを奪われた研究所のリンが銃を持って現れた。
リンとその部下を倒し、ビルの外へ出たニキータは、無人運転の車にプリオンを乗せ、マイケルの元に戻る。
オペは無事に完了しており、マイケルは本物の手を手に入れたのだった。
その後のショーンの仕掛けで、指令室から首謀者がサーバーにアクセスしていることが判明。
ショーンとアレックス、ソーニャが指令室を監視していると、レイチェルが突然逃げ出した。
ショーンが彼女を取り押さえ、尋問室でライアンが尋問。
加担者の名前全てを言え！と問い詰めるライアンに対し、レイチェルは「転機になったりしない」と言い出す。
ライアンが言ったその言葉は、アレックスにしか言っていない・・・。
ライアンはアレックスが首謀者であることをそこで知るのだった。
すると一緒に尋問していたアレックスはライアンに銃を向け、発砲してしまう。
そしてアレックスはレイチェルに、「アレックスから銃を奪い、ライアンを撃ったことにする」と言い、レイチェルに自分を殴らせたのだった。
ディヴィジョンに戻ったニキータとマイケルは、病室のライアンの元に駆けつける。
出血多量でライアンは助かるかどうかわからず、アレックスは、「レイチェルはうんざりだと言っていた。ディヴィジョンの未来を脅かしている。全員を自由にしたいと言っている」と言い、病室を出ていくのだった。