逃亡エージェントと繋がっている女のアートギャラリーに紛れ込んだニキータとオーウェン。オーウェンが彼女を足止めしている間にニキータが情報を盗むはずが、口下手なオーウェンは四苦八苦。なんとか窮地は脱するものの、マイケルはそんなオーウェンに厳しく当たる。
マイケルはずっと医務室から出れずにいる。
そこへショーンがやってきて、元の生活に戻るのが一番のリハビリだと言うが、マイケルは自分なりに頑張ると言い張る。
ニキータらが持ち帰った情報から、アンジェラは軍事機器をある男に売るつもりであると言う。
その男はレイと言い、元軍人だと。
その男が元の妻ケイトの元に行き、今の彼氏を撃ってしまう。
そして彼女を拉致したのだった。
ニキータとオーウェンが現場を調べに行くが、そこでペンシルベニア警察の今の彼氏と会う。
彼は防弾ベストを着ていた命は大丈夫だったのだ。
ニキータはレイの存在が知れればディヴィジョンの存在も知れると考え、彼氏にはレイは既に死刑執行されているからレイの犯行ではない！と言う。
しかし彼を邪険に扱うのは危険なため、近くに置いておくためにもFBIのアドバイザーとして雇うことに。
その頃、拉致されたケイトはキャッシュカードを使用しペンシルベニアの倉庫施設にいることを知らせてきた。
いち早くそれに気づいたディヴィジョンは、レイとケイトの車を発見。
ケイトの彼氏に協力を頼み、ヘリを要請、道路も封鎖するが、レイは逃げてしまった。
彼はサバイバル術のプロ。森に入って逃げたのだった。
そこでニキータらを出動させ、ショーンにアルファ２チームを指揮して派遣させた。
オーウェンに冷たく当たるマイケルを責めるニキータだったが、マイケルはオーウェンをニキータのパートナーに育てるためには必要なんだと言い張る。
そしてこの手は日常生活では不自由ないが、任務はこなせないことを俺は受け入れた、と言う。
ニキータはバーコフに、どうにか改良できないか？と頼むが、バーコフはコレが限界だと・・・。
しかしそんなバーコフはある科学者を調べていたのだった。
一方、ケイトはレイの隠れ家に連れられ、気を失わされる。
そこにチームが到着。
ニキータらは州警察を一緒に行動を、ショーンのチームは別行動を。
ショーンが罠を見つけ、あちこちの罠に気を付けるようニキータらに警告。
ディヴィジョンがやってきたことに気づいたレイは反撃を開始。
そしてレイが州警察の一人を殺し、無線を奪い、「FBIの立ち入りは許可していない」と言う。
うのみにしたケイトの彼氏は、ニキータらを拘束しようとするが、二人はその場から何とか逃げ出した。
バーコフの調べで、レイの隠れ家が判明。
そこでショーンと合流したニキータとオーウェンだったが、チームのメンバーがどんどん倒されて行く。
そしてショーンも地雷の影響で吹き飛ばされ倒れてしまい、意識がない。
オーウェンを残し、レイを追うニキータは、隠れ家に侵入。
そこで気を失っているケイトを見つけ、ベッドの下に隠れるよう伝えるが、そこにレイが現れ、ニキータはレイを射殺。
ケイトに、レイは存在しない、無かったことにするんだ！と言い、ニキータらはレイの死体を持ってその場を去った。
戻ったオーウェンにマイケルは、ニキータを守ってくれてありがとう！と礼を言うのだった。
オーウェンは「言われなくてもニキータは守る」と。
そしてショーンは傷の手当てを。
そこにアレックスが現れると、ショーンは「俺かディヴィジョンか選んで欲しかった」と話す。
アレックスは私に普通の人を期待しないで欲しいと言う。
そんなアレックスにすまないと謝るショーンは彼女にキスするのでした。
一方のニキータとマイケルは・・・・。
どんどん溝が深まるばかり。
そこにバーコフが、例の科学者の話をしだす。