雨の中に倒れるクラーク。ロイスが必死に呼びかけるが応答はない。その頃クラークは、生死のはざ間で父の声を聞いていた。「地球の最強の守護者はお前だ」と言われたクラークは、もう一度ヒーローとして悪と戦うため生き返らせてくれと強く願う。
生と死をさまよっている間、クラークはジョー・エルの声を聞く。
彼は地球を守れるのはお前だけなのに、なぜお前は私の言うことを聞かず殉教者の道を進んだのか？と。
そしてクラークの最大の敵はレックスであることを示す。
その時、ロイスがクラークに刺さった矢を抜き、彼は生き返ることに。
しかしロイスはとっさに隠れて、クラークの傷が治り光のように立ち去るのを近くでみるのだった。
クラークはクロエの元に戻り、レックスと戦わないと！と言う。
二人はレックスが隠れていそうな場所を調べ始める。
クラークがデイリープラネットに戻ると、そこにはロイスが。
ロイスはアフリカに行かないかも・・・と言いだし、影の為に残ると。
ロイスが床にペンを探している間に、クラークは探していた資料を持って帰っていった。
クロエに電話を入れるとクロエはウォッチタワーにはおらず、オリバーを探すためにドクターフェイトの兜をかぶり、居場所を聞いたのだった。
そのまま気を失い、そこにクラークが現れる。
その頃、当のオリバーは何者かに拷問を受けていた。
そしてテスは、カドマス・ラボというレックスの秘密の研究所で目覚め、そこで傷ついた顔の半分が修復されたのに気づく。
またそこでアレキサンダーという少年と出会う。
研究所で水の中に入れられているのは全てアレキサンダーの兄弟だと言う。
レックスのDNAを受け継いだ兄弟を量産して傷を治す研究をしているのだ。
そこにテスを知る凶暴な男が現れ、
クロエは昏睡状態から目覚め、オリバーを見つけにいき、そこでクラークも見たと。
黒のマントではなかったと言う。
そしてカドマス・ラボが燃えているのも見たと。
クラークが慌ててラボに向かうと、繋がれたテスと再会。
テスはレックスのクローンが現れたと言い、他のクローンを皆殺しにしたと。
そしてついに決着をつけると言っていたと。
その頃、クラークと約束していたロイスが納屋で待っていた時、レックスのDNAを受け継いだ凶暴な男がロイスを殴り気を失わす。
ロイスが目を覚ますと十字架に磔にされ、君が死ねばヤツは終わると言い、足元に火をつけた。
そこにクラークが現れる。
クローンに本物のレックスはどこだ？と問い詰めると2年前に死んだと言う。
しかし俺はもうすぐ死ぬと。
そしてデイリープラネットの屋上が爆発すると同時にロイスも失うと言い、息絶えてしまう。
選択を迫られたクラークはロイスの元に行き、火を消してその場をすぐに立ち去った。
その後、デイリープラネットへ向かい、シンボルの屋上の地球儀が落下するのを間一髪防いだのだった。
そして慌てて納屋に戻ると、そこにはロイスが用意した赤と青のマントが。
次の瞬間、クラークは氷の要塞に行き、ジョー・エルに報告。
傲慢、うぬぼれ、カッとなって人を殺しかけたお前が、世界を救えるか？とジョー・エルに言われる。
そしてお前をこの世に連れ戻したのは私ではないと。
そしてお前は地球にとって脅威となると・・・・。
一方で、拷問されているオリバー。
突然、縄をほどかれ解放されるが、クロエとの人質交換だったのだ。
テスは一緒に生き残ったアレキサンダーを屋敷に連れ帰り、一緒に暮らす事に。
ロイスはやっぱりアフリカを諦められず、発ってしまう。
クラークは父の幻想に再開。
父はジョー・エルの事は気にするなと言い、やり直すチャンスをもらったからにはヒーローになれると言う事を証明してやれ！と励ますのだった。
しかし不吉な大きな試練が待っていると言う。
何か来るの？と聞いたクラークの側に父はもう居なかった。
そしてエンディング、
何か来た！(^_^;)