ある日、クロエがウォッチタワーへ戻るとテスが待ち構えていた。侵入者を感知したウォッチタワーは封鎖プログラムを実行し、クロエとテスはタワーの中に閉じ込められてしまう。一方、その頃クラークはゾッドを見つけ出すため、オリバーの協力を得ようとしていた。
どうやらテスはウォッチタワーの管理をクロエがしていることを知り、彼女を襲って来た。
しかしウォッチタワーが封鎖プログラムを実行。
クロエの命令も聞かなくなってしまう。
その頃、クラークは、オリバーと会い、ゾッドを見つけたいと協力を頼む。
ウォッチタワーで見つけろとオリバーが言うが、もう巻き込みたくないと言う。
クロエは、システムがハッキングされたことによってウォッチタワーが封鎖された事を知る。
そう、おそらくチェックメイトがココのデータを盗もうとしているに違いないと・・・・。
テスの体の中に発信器が埋め込まれており、クロエが取りだそうと試みるが、その瞬間、さらに身体の奥に発信器が入り込んでしまい、取り出すのは不可能となってしまう。
やはりウォーラのチェックメイトの手下の白のナイト（キャンベル）がウォッチタワーに向かっており、テスとウォッチタワーの能力者の情報を狙っていたのだ。
しかし液体窒素を使って二人は脱出。
ウォッチタワーのシステムも崩壊してしまう。
ゾッドはオリバーに接触してきた。
チェックメイトの存在を知り、オリバーと手を組んで、チェックメイトを倒そうと申し出てくる。
断ったオリバーを襲ってくるゾッドだったが、オリバーも彼にクリプトナイトの注射針の仕込まれた矢を放ち、彼の力を封じ込める。
フェイオラにゾッドの計画を教えたクラークは、ゾッドが「ラオの聖典」を探していることを教えてくれた。
それを見つけると何をするか分からないと・・・・。
その時、オリバーから電話が入り、ゾッドを捕まえたと言うが、次の瞬間、オリバーの叫び声が聞こえ、クラークが急行。
するとオリバーが瀕死の状態だった。
病院に搬送する途中、チェックメイトが迫っていることを知るクラーク。
その頃、フェイオラは、仲間達にゾッドの悪事を説明するが、その時、ウォーラの部隊が突入してきて、フェイオラは連行される。
他の同胞は、射殺されそうになったが、そこにクラークが助けにくる。
ウォッチタワーから逃げ出した二人は、テスの中にある発信器を停止させるため、テスを一旦死亡させることに。
シグナルが途絶え、ウォーラの手下は二人を見失った。
その後、クロエは彼女を蘇生させる。
フェイオラは、ウォーラから尋問を受ける。
ゾッドの逮捕を手伝うと言うフェイオラの元にゾッドが現れ、ウォーラを投げ飛ばした。
そこにクラークも現れるが、フェイオラがさらわれてしまう。
そして怒りにまかせてフェイオラを殺してしまうが、彼女のお腹に自分の子供がいることに気づき、後悔するのだった。
その頃、ウォーラは、チェックメイトに戻り、テスの居場所を突き止めようとしていたが、そこにゾッドが現れて組織をほぼ壊滅状態にしていた。
ニュースにその情報が流れており、クラークとクロエもそれを知る事に。
氷の要塞で動きを感知したと情報が入り、クラークが向かうと、力を手にしたゾッドとその部下達が、集結しており、ゾッドについて行くと誓うのだった。