パーシーの計画を阻止するため、ディヴィジョンに侵入し、衛星制御盤を爆破したニキータ。しかし、通信を遮断され、マイケルや司令塔のバーコフと連絡がとれなくなる。その頃、アレックスたちも敵に囲まれていた。果たしてチーム・ニキータの運命は!?
ニキータらはマイケルやバーコフと通信が出来なくなり、自力で対処しないといけない状態に。
その頃、ライアンは、大統領からどうなっているのだ？と追及され、ニキータらがディビジョンに侵入し、衛星を止める任務にあたっていると伝え、爆破により回避されたと報告。
しかし大統領は国民の安全が第一だとし、平和条約交渉の中止を宣言した。
喜ぶパーシーだったが、海兵隊205人がディビジョンを包囲。
ニキータは中でマイケルと合流、アレックスとショーンが外の状況をニキータらに報告。
大統領は何としてでもパーシーを捕えたかったのだ。
パーシーの劣勢に見えたが、そこでパーシーは大統領に電話。
彼は、衛星は全て芝居であり、衛星そのものが武器であるかのように見せかけたのだと言う。
プルトニウムを原子炉に少し注入するだけで、衛星が攻撃したかのように見せかけただけだと。
パーシーは残りのプルトニウムは信頼できるエージェント（ローン）に託しており、私が死ねば、彼がメルトダウンを起こすよう指示してあると言う。
そこで、投降するから、身柄の安全を約束しろと条件に出してきた。
アレックスとショーンはバーコフとソーニャの調べでローンを追い、ニキータとマイケルは指令室を制圧。
ニキータはパーシーを追ってオフィスへ、マイケルが指令室から指示を出すことに。
ニキータはパーシーのオフィスに侵入、パーシーに銃を向けるが、彼が死ねば信号が送られ、ローンがメルトダウンを引き起こすような計画になっていると言う。
ニキータはディビジョンの社員に真実を言えと言い、パーシーはマイクで語り始める。
諸君を捨て駒だと言い、ディビジョンは犯罪組織で、外の海兵隊は我々を捕えに来たと言う。
それでも悔いはない！と言い、火に油を注ぐような演説を行った。
結果的にディビジョンの社員はパーシーに騙されたと思い、彼を狙いに来させるのが目的だった。
そうすることでメルトダウンを防ぎたいニキータはパーシーを守らなければならないのだ。
ニキータの援護で、ニキータとパーシーは海兵隊の待つ外に何とか出て投降。
一件落着かのように思えたが、パーシーはニキータに復讐したい思いで彼女をボコボコに。
しかしニキータが反撃し乱闘の末、ニキータらが侵入した排水管にパーシーが落ちてしまう。
間一髪で手を捕まえたニキータ。
助けてくれと懇願するパーシーだったが、ニキータはバーコフに、信号が発信されるのに備えてくれ！と頼み、パーシーの手を離すのだった。
パーシーが排水管に落ちて死亡し、信号がローンに送られたことでバーコフがその信号をキャッチ。
アレックスとショーンがローンを見つけ、彼を仕留めてメルトダウンを止めることが出来た。
海兵隊はディビジョンへの総攻撃を待っていた。
しかし悲劇が起きると言い、ニキータは私が皆を制圧に行くと、副大統領を説得。
ニキータがディビジョンに入り、社員に話をする。
そこにライアンがやってくる。
ディビジョンを抑えられるのはディビジョンだけだと言い、存続させると言い出した。
パーシーは誰かに操られていたはずだと、しかも、世界中のエージェントがこれからどう動くかもわからないと・・・・。
そしてライアンにディビジョンが託されたと言い、ニキータとマイケルはこの戦いを終えたのだった。
バーコフはディビジョンに戻り、ソーニャにキス。
アレックスとショーンはディビジョンに戻り、傷の手当てを。
ニキータとアレックスは、戦いはまだ終わってない・・・と再確認。
なんで？(笑)
しかもエンディングに、ゲームチェンジ計画を解読した男が、アマンダに殺されるシーンが・・・。
アマンダ、根っからの性悪女(笑)