パーシーの核爆弾製造を阻止すべく、ニキータたちはドイツのクーン将軍に接触。パーシーの手に渡る前に、核兵器の起爆装置を買い取ろうとする。しかし、そこをディヴィジョンに襲撃され、ショーンが被弾してしまう。アレックスは、傷を負ったショーンの看病を申し出る。
パーシーが手にする前に買い取ろうとニキータはクーン将軍と取引中。
アジトでは、ライアンとバーコフが待機。
取引現場ではアレックスとショーンが、クーンの手下から起爆装置を確認する。
するとそこにディビジョンが現れ、起爆装置を奪いに来た。
取引中止、交戦し、ニキータらは脱出するが、ショーンが被弾してしまう。
ショーンを助けている間にディヴィジョンに起爆装置を奪われてしまった。
アジトではショーンの看病を続けるアレックス。
パーシーに起爆装置を奪われて焦るニキータだったが、爆弾製造にはまだ時間がある！と言うライアンは、CIAに協力を頼もうと言う。
今のCIAの長官はモーガンと言う個人的なライアンの知り合いだと言う。
しかしその顔を見たニキータは、かつてモーガンがパーシーと知り合いだった事を思いだす。
信用できないというニキータだったが、マイケルとライアンは時間が無いからモーガンの協力を求めると言い張り、二人で動き出した。
モーガンが食事をとっているレストランへ行き、接触するライアン。
葬儀で弔辞を読んだモーガンは、ライアンが生きている事に驚いていた。
何だかんだでやってくるニキータ。
ディビジョンの今の状態、ニキータらと手を組んでいることをモーガンに話をしたライアン。
ブラックマーケットに出る爆弾の話をすると、モーガンは焦りの顔を見せたが、ライアンは携帯を渡した。
モーガンを信用していないニキータは、アジトに戻ってから携帯に仕込んだ盗聴器で彼の話を盗聴。
やはりモーガンはパーシーに連絡を入れ、ライアンに会い、マイケル、ニキータも見たと言っていた。
するとモーガンからライアンに連絡が入る。
モーガンからの電話でディビジョンがライアンら（ニキータら）の居場所を追跡し始めていた。
その電話でモーガンは、「ブラックサンド作戦を覚えているか？」とライアンに告げる。
モーガンが敵だと確信したニキータは、彼も殺すと言い出し、対応している。
その頃、ショーンの手当てをしていたアレックスを口説く彼を見て、席をはずすバーコフ(笑)
ブラックサンド作戦の言葉が気になったライアンは、その作戦の事を思い出した。
ライアンだけがその作戦の時、「脅迫されて」仕方なく仕事をしていたことに気がついたのだった。
もしかしたらモーガンがパーシーに脅されているのではないか？と思い、バーコフと調べるライアン。
またバーコフは、モーガンからの電話を受けた時のノイズが気になると言い出し、調べてみると、モーガンのペースメーカーにパーシーの殺人チップが埋め込まれていることに気づく。
そしてニキータに電話を入れる。
モーガン殺害任務から救出任務に変更となった。
モーガンに接触するマイケルだが、監視しているディビジョンの手下がマイケルを確認し、パーシーに報告。
それに気づいたマイケルはモーガンを連れて逃げる。
パーシーはチップを起動させるが、地下へもぐり、信号が届かないように時間稼ぎ。
ニキータは、ペースメーカーの信号を追跡し、ペースメーカーを止めずに殺人チップをショートさせなければならない。
しかし、殺人チップがペースメーカーに直接つながってるらしく、ショートさせた後、再起動するまで1分ほど自力で呼吸してもらわなければならないと言う。
長官はやってくれとニキータに頼み、ペースメーカーを切り、殺人チップを破壊、そしてまたペースメーカーを再起動し、長官は助かったのだった。
その頃、ソーニャが怪しい信号をキャッチ。
追跡され、バーコフのアジトが知れてしまい、ディビジョンがセキュリティーを突破、乗り込んできた。
バーコフらは爆弾をしかけ、また新しいアジトを探す事に。
それまではライアンの隠れ家に。
何もかも失ったと落胆するニキータだったが、彼女に助けられたモーガンは新しいアジトにライアンと現れ、彼女達に協力してくれることに。