ブレナンやホッジンズ、ブースを襲った誘拐殺人犯、“墓掘人”ことヘザー・タフェットの裁判が開廷。ブレナンはいまだに恐ろしい悪夢に悩まされていたが、ブースや研究所の仲間と共に法廷に臨む。一方、元検事のタフェットは自ら弁護を展開し、ジュリアン検事と戦う。予備審問でこれまでの証拠が不当と見なされ、新たな証拠を捜すスクインツたち。しかし、なかなか劣勢を覆すことができず、ブレナンは精神的に追い込まれていく。
自ら弁護をするタフェットは、スクインツ達が得た証拠が、違法な令状によって得たものだと指摘し、証拠は取り下げられた。残る証拠は現場の泥と身代金要求のテープだけだった。
それでもジュリアンは起訴する！と決める。
タフェットは、「どうして数字のような単純なものが見つけられないの？」と去り際に笑みを浮かべながら言った。
『数字』が気になるブレナン。
何かを見落としている。
ジェファソニアンでは、数字に関わるものを全て調べなおした。
するとタフェットは逮捕後にソルトレイクシティーにだけ電話をかけていることが分かる。
アンジェラの分析で、その番号がGPS座標であることが分かり、そこへ行くと行方不明になっていた少年テランスの遺体が埋められていた。
ジュリアンは、タフェットの被害者がその証拠に触ることはできない！と言う。
だからタフェットはあえてブレナン達に見つけさせたのだろう。
ブレナン達は自分達の起訴を取り下げ、このテランスだけの罪で改めてタフェットを起訴しよう！と考える。
いまだ悪夢にうなされているホッジンズは起訴を取り下げることなど許せない！と怒るが、タフェットを有罪にするには、新しい証拠で起訴するしかない！
ブレナン自身も、苦しんでいるホッジンズを助けてあげられないことに苦しんでいた・・・。
そして遺体の調査が始まると、首を絞められた跡があり、激しく抵抗した跡があるという。
ブースは、この年頃の少年は、噛みつくことが多い！と言うと、ブレナンはテランスの歯を調べた。
一方で、身代金要求のテープの変調方式を戻していくアンジェラ。
すると次第にタフェットの声が出てくる。
それを持って法廷に立つアンジェラだったが、音響工学の学位を持っていないことを指摘され、逆にタフェットが雇った音響分析の専門家によって分析されたそのテープがアンジェラの声になったことから、改ざんはいくらでも出来ると指摘されてしまう。
また遺体の傷から、犯人像を割り出しアニメーションで見せるブレナン。
犯人はタフェットと同じくらいの身長と体重の者であり、私も埋められたから分かる！というが、その言葉をタフェットは逆手にとり、その事がトラウマになりセラピーを受けている人の証言を信用できるか？と反論する。
一方で、歯を調べていたホッジンズは、ホコリダニを見つける。
ホコリダニは人間の皮膚に付着し、その人間の皮膚を食べたりするという。
そのダニからタフェットのDNAが見つかり、テランスが彼女を噛んだことを証明した。
最終弁論が終わり、判決を待つ彼らに、ホッジンズとアンジェラは結婚の報告をする。
しかしブレナンは、こういった犯罪に関わることに疲れた・・・とブースに漏らしていた。
判決。
テランス殺しに関する全ての罪でタフェットは有罪。
みんなはホッジンズとアンジェラのお祝いにバーに集まる。
解散後、ブレナンはブースに、私に必要なのは、短い休暇じゃない・・・と言いタクシーで帰って行った。
次回は最終話、二人の別れが来ますねぇ。
シーズン６はまた一緒に仕事できるとは言え、お互いになにかまた違った考え方を持って再会できたらいいですが(^。^)