突然、黒服の男たちがジェファソニアン法医学研究所を占拠。一般調達局の職員を名乗るホワイトは、ブレナンたちを拘束し、謎の白骨死体の死因を特定するよう命じる。鑑定の結果、遺骨が暗殺されたジョン･F･ケネディである可能性が浮上。さらに、暗殺犯は1人という政府の公式発表とは異なり、暗殺犯は2人いたという仮説が有力となる。愛国心の強いブースはアメリカ政府への信頼を失いかけ、激しく動揺する。
なぜかブースのいない時を狙って研究所を占拠したと思われるホワイト達。
ブースは上司に、なぜ調達員がこのような事をしたのか？調べてほしいと頼む。
一方のブレナン達は、白骨遺体を調査し始める。
ブレナン達は、この遺体が1963年ごろに死亡したことを特定。
また頭部に銃の跡があり、網目のようなものに押しつけられた跡を見つける。
これらから、ホッジンズは、この遺体がケネディ大統領ではないか？と推測。
ブレナンもそうだと思い込む。
そのころブースは、何とかジェファソニアンに潜入しようとするが、扉があかない・・・。
仕方なく銃でガラスを割って突入するブース。
ブレナン達は、遺体がケネディ大統領である可能性を伝え、しかも、遺体の状態から、狙撃手が二人いないとこの殺人は可能でないことを伝える。
ではケネディ大統領はオズワルド一人に殺されたのではなく、もう一人共犯がいたことになる。
それを聞いてブースはショックを受ける。
自分が今まで信頼し尽くしてきた政府に騙されていたのか？と。
そんな中、ブースとスイーツらは、ホワイトらを出し抜こうと考える。
そしてスイーツの案で彼らを心理的に分裂させ、拘束することに成功。
するとそこにFBIのブースの上司が突入。
ホワイトらは、もう検査は必要ないから帰る！というが、本当にケネディ大統領の骨かどうか？確かめたいブレナンは、骨を再検査。
すると、その骨は骨髄炎を起こしており、ケネディの骨ではないことが判明。
ブースはブレナンに感謝する。