ブレナンとブースは、何者かにブリーフケースを奪われて殺害された男の遺骨を調査する。男がスパイであるとみた2人の予想は、その後、腐敗しているCIA捜査官の遺体が車のトランクから発見されたことから確かなものとなる。一方で、ブレナンはベストセラー小説の収益金についてブースと衝突し、ウェンデルは奨学金を失い退学の危機に陥る。
空港の駐車場で見つかった遺体は、銃で殺され、手首が切断されており、その後、車でひかれた痕跡があった。
ブースとブレナンは、彼がロシアの外交官窓口から出てきたことを突き止め、彼がスパイであるとみた。
のちに彼はダイヤの運び屋であることが分かり、彼が持ち込んだブリーフケースが行方不明になっていたことが分かる。
その後、その男をはねたと思われる車が発見され、そのトランクからCIAエージェント、グレッグの遺体を発見する。
グレッグの遺体には拷問された後があり、その拷問方法はウクライナのものであると助手ウェンデルが突き止めた。
車ではねられた男を雇ったダイヤモンド会社の責任者リーナに事情を聞くと、拷問はしたが、ブリーフケースのありかは話さなかったという。
しかし、グレッグは付き合っていた彼女に、ブリーフケースのありかを暗号にした写真を送っており、アンジェラの調べで、ブリーフケースを発見する。
そこにあったのは、ダイヤではなく国家の機密情報で、これを守ったためにグレッグは殺されたのだった。
話はウェンデルへ・・・笑
奨学金が止められてしまったウェンデルは、ジェファソニアンで助手として研修にくることができなくなってしまう。しかし、（おそらく）ブレナン、ホッジンズ、カミール？の３人の寄付で、彼の奨学金が確保され、またジェファソニアンで働くことができるようになった♪というほのぼのとしたお話♪
そしてブース＆ブレナンは・・・、
配管修理をするブースを手伝うブレナン。
シーズン５でやっと二人が近づくような予感？(ﾟДﾟ )
ブレナンの魅力が私にはワカランから、ドーデも良いんだけどね～♪