ネットで見つけたのを参考に、成功させたのでメモっておきます。

旧パソコンの C:¥Program Files(x86)¥Jane Style にあるLogsフォルダ、favorites.dat、jane2ch.brd、NG関連の.txtファイルをUSBメモリやポータブルHDDにコピー。

新しいパソコンにJane Styleをダウンロードして一度起動し、すぐに閉じる。

新しいパソコンの C:¥Program Files(x86)¥Jane Style にUSBメモリやポータブルHDDにコピーしておいたLogsフォルダ、favorites.dat、jane2ch.brd、NG関連の.txtファイルを上書き。 

Jane Styleを起動し、メニュー>板覧>すべての板のインデックスを再構築 をクリックで完璧に移動ができます。